ния исключительно задач ПЛО было выделено три отдельные эскадрильи МБР-2:18-я, 60-я и 82-я, базировавшиеся соответственно в Геленджике, Туапсе и на озере Палеостоми вблизи Поти. Они вели противолодочное охранение боевых кораблей и конвоев непосредственно на подходах к военно-морским базам, в обязательном порядке сопровождали на переходах все крупные конвои, патрулировали 40-мильную прибрежную зону. МБР-2 вылетали на поиск лодок вплоть до окончания боевых действий на Черном море, однако, несмотря на активные поисковые действия и многочисленные случаи атак субмарин, ни одну из них потопить не удалось.
Не оставляли без внимания экипажи «амбарчиков» и другие корабли противника. В 1942 г. на их счету были немецкий сторожевой катер типа MFK и плавучий док, потопленные 20 июля при налете 15 МБР-2 и 5 СБ на Мариуполь. В ночь на 22 июля при налете 15 МБР-2 и МТБ-2 был потоплен сторожевой катер из 17-й немецкой флотилии охраны водного района. 26 сентября 5 ДБ-3 из 5-го минно-торпедного полка, 3 СБ из 40-го бомбардировочного полка и 7 МБР-2 из 119-го МРАП совместными усилиями потопили у Керчи немецкий пароход «Naunburg». 28 октября 18 МБР-2 из 119-го полка потопили в бухте Сенной немецкий лихтер JPR54605.
В 1943 г. с поступлением в ВВС флота новой авиатехники МБР-2 постепенно стали уходить на вторые роли. Летающие лодки продолжали вести поиск немецких торпедных катеров, при этом предвечерний поиск «шнелльботов» в 50-мильной зоне района Геленджик-Феодосия был задачей МБР-2 18-й эскадрильи, а «амбарчики» 119-го МРАП вели ночной поиск в Керченском проливе. Эти меры несколько снизили активность противника, так как немецкие торпедные катера, как правило, заблаговременно обнаруживались воздушной разведкой, что позволяло вовремя принимать необходимые контрмеры. Бывало, что дело не ограничивалось одной разведкой. Например, 20 апреля МБР-2 из 119-го полка при ночном налете на Анапу потопили итальянский торпедный катер MAS574 из 4-й флотилии MAS. 20 мая 10 Ил-2 из 8 -го и 47-го штурмовых авиаполков, а также 14 МБР-2 из 119-го МРАП атаковали немецкие торпедные катера в 100 милях западнее Туапсе. В результате «шнелльботы» S49 и S72 получили повреждения, а их экипажи понесли потери.
Черноморцы стали единственными, кто решился использовать МБР-2ВУ по прямому назначению. В течение 1943 г. они несколько раз пытались применить это оружие. 22 февраля из Геленджика в набег на порт Камыш-Бурун отправился ТКА-61 волнового управления, который сопровождали ТКА-13 и ТКА-91. Однако следующим утром операцию пришлось прервать, так как самолет-водитель разбился в районе сухопутного аэродрома в Геленджике. Его экипаж погиб. Еще одна попытка была предпринята 22 июля, когда тот же ТКА-61 вышел для атаки порта Анапа в сопровождении ТКА-12 и ТКА-81. После того, как с отрядом встретился МБР-2ВУ, с ТКА-61 был снят экипаж, а управление передано на самолет. Под огнем немецкой артиллерии катер удалось вывести на цель, но в 300-400 м от головы мола он взорвался, вероятно, столкнувшись с каким-то препятствием, так как команда на взрыв с самолета не подавалась. Последний оставшийся в распоряжении флота радиоуправляемый торпедный катер ТКА-41 решили использовать 16 декабря в еще одном набеге на Камыш-Бурун. Для обеспечения атаки были выделены значительные силы. ТКА-41 сопровождали ТКА-81 и ТКА-62, которых на переходе из Тамани в точку встречи с самолетом-водителем прикрывали пять Як-9 и восемь ЛаГГ-3. Еще пятерка Як-9 прикрывала МБР-2ВУ. Шесть Ил-2 в сопровождении восьмерки Як-9 подавляли береговые батареи противника. Но и на этот раз успеха достигнуть не удалось – в полутора милях от косы Камыш-Бурун ТКА-41 взорвался и затонул.
Еще одной задачей МБР-2 стали поисково-спаса- тельные операции. 16 июня 1943 г. летающие лодки вели поиск команды погибшего базового тральщика «Защитник». С 6 по 10 октября 1943 г. МБР-2 вылетали на спасение членов экипажей лидера «Харьков» и эсминцев «Беспощадный» и «Способный», потопленных немецкими «штуками». Один из матросов «Способного» был подобран МБР через двое суток после гибели своего корабля. Во время Крымской операции весной 1944 г. «амбарчики» вели поиск сбитых летчиков, подбирая их самостоятельно или наводя торпедные катера. 15 апреля пара МБР-2, выполняя поисково- спасательный полет, обнаружила звено наших торпедных катеров, накануне ночью потерявших в тумане ориентировку и выработавших к тому времени все топливо. Летающие лодки вывели на них два катера из Анапы, которые доставили неудачникам горючее, после чего вся группа благополучно вернулась на базу.
Смена заслуженным, но окончательно устаревшим ветеранам в лице «Каталин» стала поступать только в июне 1944 г, когда с Северного флота были переброшены 8 машин, принятых на вооружение 18-й эскадрильи. Но все равно основу парка гидроавиации флота продолжали составлять МБР-2, которые нередко действовали вместе с «Каталинами». Так, 21 августа, после массированного удара авиации флота по Констанце, четверка PBN-1 из 18-й эскадрильи и три МБР-2 из 60-й под прикрытием истребителей вели поиск экипажей, не вернувшихся на свои аэродромы в предыдущие дни. А в сентябре 1944 г боевые действия на Черном море закончились.
В июне 1941 Г. ВВС ТОФ располагали 218 МБР-2, что было больше, чем на других флотах. Естественно, что в ходе войны основной поток новой техники шел на фронт, поэтому к лету 1945 г. «амбарчики» оставались основными морскими самолетами-разведчиками авиации на Тихом океане. В преддверии войны с Японией флот усилили, в частности, перебросив туда 70 «Каталин», но все равно МБР-2 продолжали количественно доминировать среди гидросамолетов – в авиации ТОФ служили 146 машин такого типа, в т. ч. раритетные МБР-2ВУ. Они были распределены между тремя полками (117-м и 48 -м морскими дальнеразведывательными и 115-м морским разведывательным), а также отдельными эскадрильями. Еще 10 МБР-2 числились во 2-м отдельном морском бомбардировочном авиационном пограничном полку Приморского погранокруга (ОМБАПП), базировавшемся на Камчатке и находившемся в оперативном подчинении 128-й смешанной авиадивизии 10-й воздушной армии.
В скоротечной военной кампании на Дальнем Востоке МБР-2 использовались не только и не столько как морские разведчики и самолеты ПЛО (тем более, что японцы не вели активных боевых действий на море), а преяеде всего, как дневные (японские истребители в воздухе были тоже большой редкостью) и ночные бомбардировщики, а также как транспортные самолеты. В дальневосточных условиях с капризной погодой очень кстати оказались меньшие ограничения по погоде МБР-2 и более высокая летная подготовка
