Как?то утвердилось что В. В. Сапожников учеников не оставил, частью это справедливо, поскольку весь фактический гербарный материал передавался в Ботанический музей, который курировал П. Н. Крылов. И там происходило окончательное образование молодых ботаников. И как-то забылось, что инвестором, финансирующим их путешествия, почти всегда был В. В. Сапожников. И среди «золотой» ботанической молодежи был и его ученик, а в последствии преемник Борис Константинович Шишкин.
Б. К. Шишкин родился в 1886 году в многодетной семье священника. Как и положено сыну священника, он поступил в духовную семинарию, но карьера духовного пастыря его не устраивала, и в 1906 году он поступает в Томский университет на медицинский факультет. И, конечно же, он тут же попал под обаяние В. В. Сапожникова. Профессор увлекал студентов своей страстной яркой речью, которая не оставляла равнодушных. Буквально недавно, в конце 2006 года, в университетской газете «Alma-mater» были опубликованы письма двадцатилетнего студента Николая Люберова своему приятелю, написанные осенью 1896 года, которые раскрывают живое впечатление об этих лекциях.
Под влиянием лекций Б. Шишкин хотел знать все растения, которые его окружали. Этому способствовала великолепная память, развитая в духовной семинарии. Ботаника как никакая наука требует запоминания большого объема образов, которые должны соотноситься с печатным диагнозом. Кроме того, она требует большого внимания при написании латинских названий, знания обширной ботанической литературы. Все свободное от учебы время он посвящал изучению гербария и был практически первым членом негласного ботанического кружка молодых ботаников, бескорыстно работающих в Гербарии.
После первого курса он принял участие в экспедиции П. П. Орлова — профессора Томского университета, занимающегося поиском радиоактивных элементов в Сибири. Исследования проводились в Хакасии, обследовалась радиоактивность озер и окрестностей рудников. Б. Шишкин проводил качественный и количественный состав воды озер Иткуль и Шира, а также изучал окрестную растительность и собирал гербарий. Его первая научная работа «Материалы к вопросу о химическом составе воды озер Шира, Иткуль и некоторых других озер» была удостоена золотой медали медицинского факультета. Полевые исследования, особенно ботанические, очень понравились молодому врачу, и на следующий год он вновь отправляется в путешествие. По рекомендации В. В. Сапожникова он сопровождает купца Г. П. Сафьянова по Урянхайскому краю (часть территории современной Тувы), а также югу Минусинского уезда. В зимний период с помощью П. Н. Крылова он определил собранные растения — оказалось 306 видов. Но он понимал, что собранный материал не отражает настоящего флористического богатства этой практически неизученной территории. На следующий год Б. Шишкин, опять же заручившись поддержкой Сапожникова, получает деньги от совета Томского университета и на три месяца отправляется в Урянхайский край для продолжения своих исследований. За два года список растений увеличился до 900 видов. Эта поездка навсегда определила дальнейшее ботаническое направление деятельности молодого врача. По результатам экспедиции Б. Шишкин подготовил к печати большую работу «Очерки Урянхайского края», которая была признана лучшей работой молодых ученых университета и удостоена премии профессора Селищева.
После окончания университета в 1911 году он был оставлен Сапожниковым на кафедре, где работал лаборантом. В том же году он с П. Н. Крыловым едет в экспедицию на Алтай. В следующие три года он участвует в качестве ботаника при экспедиции В. В. Сапожникова от Переселенческого управления, изучавшей природные условия Семиреченской области (в настоящих границах это огромная территория, включающая часть Восточного, Южного Казахстана и Киргизии). Два отчета были опубликованы в предварительных отчетах о ботанических исследованиях в Сибири и Туркестане, третий отчет, посвященный растительному покрову Зайсанской котловины, увидел свет в 1918 году в Томске. В этом отчете Б. К. Шишкин приводит 1265 видов. Осенью 1913 года случилось неслыханное — П. Н. Крылов решил уехать из Томска и по приглашению Петербургской академии наук переехал в Санкт-Петербург, где устроился в качестве младшего ботаника Ботанического музея.
По рекомендации В. В. Сапожникова хранителем ботанического музея Томского университета становится Б. Шишкин. В этой должности он был недолго, в августе 1914 года началась Первая мировая война, и молодого врача в 1915 году мобилизовали в армию. Ему посчастливилось, он попал на Кавказский фронт, где боевые действия велись на чужой территории и не слишком активно. Так невольно Б. К. Шишкин имел возможность познакомиться с богатейшей флорой Кавказа. И конечно же, он не мог не собирать растения. Более того, в 1916 году он приглашает своего учителя В. В. Сапожникова для проведения совместных ботанических исследований. Отчет об этой поездке напечатан в трудах Переселенческого управления.
Революция 1917 года застает Шишкина в Тифлисе, он демобилизуется и поступает на работу в лабораторию С. Г. Навашина, крупнейшего русского ботаника, открывшего и изучившего двойное оплодотворение у цветковых растений. Занятия цитологией не доставляли удовольствия, и как только освободилась вакансия в Кавказском музее, Шишкин переходит туда на должность ботаника. Надо сказать, что в это время здесь работал его хороший знакомый по томским «ботаническим чаям» Л. А. Уткин. Шесть лет продолжался кавказский период жизни сибирского ботаника. За это время он значительно расширил свой кругозор, определил свои интересы. Они у него лежали в области систематики растений, особенно интересовали семейства гвоздичных и зонтичных. Надо сказать, что систематика этих семейств одна из наиболее сложных среди цветковых растений. На Кавказе он увидел совершенно другую флору, непохожую на сибирскую, с другим набором видов, поскольку в Закавказье даже наша обыкновенная береза уже не растет, а разводится только в ботанических садах.
А самое главное, он познакомился с ботаниками других ботанических школ. Он познакомился с молодым ботаником А. А. Гросгеймом, и они вместе опубликовали список новых видов для Тифлиса и еще несколько статей, в том числе первую часть «Флоры Тифлиса». В этот период проявляются качества Шишкина как редактора, которые в дальнейшем определили его роль в советской ботанике. Возможно, Б. К. Шишкин остался бы на Кавказе еще некоторое время, но в 1924 году после смерти своего учителя он был приглашен возглавить кафедру морфологии и систематики растений Томского университета, одновременно он заведовал ботаническим кабинетом. П.Н. Крылов без выдачи дополнительного вознаграждения после смерти В. В Сапожникова заведовал ботаническим музеем.
