В Томск вернулся уже вполне сложившийся ученый, с широким кругозором, познакомившийся с новыми идеями в систематике. В отличие от своего учителя, он не блистал красноречием, был суховат, по высоким научным материям не распространялся, да и времена были уже другими. Ко всем «старорежимным» специалистам относились с подозрением. Одни завидовали должности, другие успехам, не понимая, что они основаны на тяжелом, ежедневном, изнурительном труде.
П. Н. Крылов к этому времени уже жил в Томске. В Санкт-Петербурге он прожил три года. Революция, сложная суетная жизнь столицы, ухудшение материального положения, а самое главное, отсутствие родного Гербария заставили его вернуться, к радости своих учеников и последователей.
17 сентября 1918 года совет Томского университета избрал его сверхштатным ординарным профессором по кафедре ботаники без содержания. Источником существования были лекции на Высших женских курсах и заведование ботаническим кабинетом и оранжереей. Жизнь в этот период была для Крылова очень трудной. В 1921 году он потерял жену, в 1922 году сгорел его дом, который находился рядом с оранжереей.
Это была большая утрата, поскольку сгорел его личный архив, письма, документы, научные наброски. Сохранились только полевые дневники, которые хранились в Ботаническом кабинете. Он переехал в другой дом на территории университета, который сохранился и поныне.
В октябре 1920 года П. Н. Крылов обратился в совет физико-математического факультета с просьбой об освобождении его от чтения курса ботаники, чтобы дать ему возможность работать над «Флорой Западной Сибири». Обсудив это заявление, совет факультета на своем заседании постановил:
Казалось бы, жизнь пожилого ученого, прославившего Томский университет сорокалетней плодотворной деятельностью, должна быть окружена почетом и уважением, но и у него были тайные недоброжелатели. Историограф К. В. Зленко приводит «политическую» характеристику на профессора Крылова в 1925 году:
В это время Крылов вынужденно остается в городе, не имея возможности и средств организовать новые экспедиции. Этот период он всецело посвятил составлению «Флоры Западной Сибири».
Активность П. Н. Крылова была связана с поиском средств для издания первых выпусков «Флоры Западной Сибири». Задача была не из легких: во?первых, ему было уже70 лет, и, несмотря на хорошее здоровье, возраст давал о себе знать. Во-вторых, найти деньги для печати в разрушенной стране было нелегко. Даже Российская академия наук и Главный ботанический сад в Петрограде практически прекратили всю издательскую деятельность и централизованно начать издание этого масштабного труда не могли.
Благодаря усилиям томских историков во главе с С . Ф. Фоминых, мы имеем возможность узнать, через какие трудности пришлось пройти Крылову, прежде чем его основной труд увидел свет. П. Н. Крылов предвидел эти трудности и уже в октябре 1920 года уведомлял ректора Томского университета А. П. Поспелова, что работа потребует для своего завершения несколько лет, но уже в 1921 году он будет готов предоставить материал по однодольным растениям. В обращении к ректору Крылов просит его взять расходы на издание этого труда, хотя бы обеспечить этот проект бумагой. «Других расходов, — писал П. Н . Крылов, — не предвидится, за авторский труд платить не придется, так как выполнение этой работы входит в обязанность автора как профессора университета и оплачивается выдаваемым ему жалованьем». Осенью того же года Крылов разослал от своего имени и университета заинтересованным организациям письма с просьбой поддержать это издание. Откликнулись многие учреждения, в том числе Алтайский губернский советский музей, который решил выделить на издание 125 тыс. рублей; музей Приенисейского края, Лекарственная секция Усть-Каменогорского экономического отдела, Бийский краеведческий музей, Пермский университет, Управление мелиоративных исследований и работ по Западной Сибири. Заявки на готовящееся издание поступали из разных городов, в том числе из Москвы и Петрограда. Поступившие деньги в сумме 102 тыс. рублей П. Н. Крылов передал казначею факультета на хранение. Однако дело об издательстве первого тома шло очень медленно. Тем не менее при поддержке факультета к 1924 году было собрано почти 6 млн рублей.
Начался период составления многочисленных проектов, писем, предложений, повседневная работа с Томским издательским трестом, которая растянулась еще на год. Крылов сам ищет наиболее дешевую типографию, обосновывает необходимость большого тиража в 10 тыс. экземпляров для снижения себестоимости, в конечном варианте тираж уменьшили до 2 тыс. экземпляров, но и он по тем временам казался очень большим.
Мы должны быть благодарны прозорливости П. Н. Крылова, что он не сдался на милость обстоятельств и добился большого тиража. Вот уже 90 лет выпуски «Флоры Западной Сибири» на газетной бумаге, в бумажном переплете остаются настольной книгой каждого сибирского ботаника. Растрепанные, заново переплетенные, с затертыми страницами, они до сих пор верно служат, оставаясь иногда единственной ариадниной нитью в мире растений.
Выпуск «Флоры…» не начался ни в 1924, ни в 1925, ни в 1926 году. Через пять лет с начала кампании по изданию своего труда в октябре 1926 года Крылов издает листовку. В ней он пишет горестные слова, надеясь только на поддержку подписчиков: «Многократные попытки, предпринимавшиеся мной для изыскания средств для напечатания этого труда, не увенчались успехом. Решаюсь теперь попытаться собрать нужную сумму с помощью подписки на это издание… Открывая подписку в настоящее время только на один первый выпуск, прошу имеющих в нем потребность лиц и учреждений обращаться по следующему адресу: Томск, Университет, Томскому отделению Русского ботанического общества, которому я передал право на издание «Флоры Западной Сибири», с условием — всю вырученную от продажи ее сумму, за исключением израсходованной на печатание, обратить в фонд на расширение Гербария Томского Университета, целью которого является служить учреждениям для научных работ по изучению растительности Сибири…».
Остается удивляться, как хватало энергии 75?летнему ученому ходить по инстанциям, писать все возможные бумаги, работать с гербарием, рукописями, завершая свой титанический труд.