Первые официальные комментарии Ястржембского по делу Бабицкого, зафиксированные государственными агентствами, относятся к 26 января: «корреспондент Радио «Свобода» Бабицкий пропал без вести в районе Грозного». Другая его фраза в отношении Бабицкого может поразить юристов, но не чиновников: «У меня есть два варианта развития событий».
29 января Ястржембский заявил, что узнал о задержании журналиста из сообщений средств массовой информации. «До этого момента о местонахождении Бабицкого никакими сведениями не располагал», — подчеркнул Ястржембский. В интервью телекомпании ОРТ он подчеркнул, что вопрос о судьбе корреспондента РС Бабицкого находится под контролем федеральных властей и уже к понедельнику они будут располагать всеми подробностями этого дела. По словам Ястржембского, уже сейчас ясно, что у журналиста не было в момент задержания необходимой согласно принятому порядку аккредитации. Помощник и. о. президента считает, что по этому случаю нельзя судить о «закрытии окна возможности» для освещения событий в Чечне.
31 января Ястржембский сообщил журналистам, что в ходе поездки Владимир Устинов в том числе познакомится на месте с делом корреспондента Бабицкого, задержанного в Чечне. Возможно, будет принято решение о дальнейших действиях в отношении журналиста, сказал Ястржембский.
1 февраля на своем брифинге Ястржембский заявил, что «задержанному в Чечне журналисту Радио «Свобода» Андрею Бабицкому было предоставлено право пригласить адвоката, а в понедельник он смог воспользоваться услугами окулиста».
2 февраля Ястржембский докладывал журналистам о встрече Путина с Мадлен Олбрайт, и, отвечая на вопрос о судьбе Бабицкого, и обсуждался ли он сегодня, Ястржембский отметил, что эта тема на встрече в Кремле не рассматривалась. Он не согласился с заявлением Уполномоченного по правам человека в РФ Олега Миронова, в котором высказывалась критика в адрес властей из-за «гонений на журналистов». В качестве примера в заявлении Миронова приводится ситуация с Бабицким. По словам помощника и. о. президента, ситуация с этим журналистом ни по одному пункту не соответствует обвинениям Миронова.
3 февраля Ястржембский сообщил об обмене Бабицкого, отметив, что инициатива по обмену на российских военнослужащих была проявлена со стороны чеченских «полевых командиров». По словам Ястржембского, «Бабицкий принял это предложение, и теперь ответственности за дальнейшую судьбу корреспондента Радио «Свобода» федеральный центр и руководство России не несут. Все это, несомненно, затруднит Бабицкому дальнейшее пребывание в статусе «независимого журналиста», каковым он выглядел до сих пор».
Ястржембский сообщил, что имеется заявление самого Бабицкого и одного из полевых командиров — Саида Усаходжаева — из отряда, ранее возглавляемого полевым командиром Исрапиловым. Ястржембский подчеркнул, что инициатива обмена исходила со стороны боевиков. Он назвал фамилии этих военнослужащих, находившихся в плену у боевиков: Заварзин, Дмитриев и Васильев. Юрий Щекочихин, заместитель главного редактора «Новой газеты», провел собственное расследование и выяснил: такого человека по имени Саид Усаходжаев не существует. («Новая газета», 7 февраля 2000 г., статья «Обменный пункт Кремля. Меняем президента, курс, журналистов на все, что угодно власти»).
7 февраля Ястржембский, отвечая на вопрос о месте нахождения Бабицкого, заявил: «Меня этот вопрос тоже крайне интересует, и мы со своей стороны предпринимаем определенные шаги для того, чтобы найти какую-то информацию».
10 февраля Ястржембский сказал, что Бабицкий жив и здоров, сославшись при этом на данные радиоперехватов. На брифинге в Москве он подчеркнул, что «существуют обстоятельства, которые по тем или иным причинам не позволяют отвечать на вопросы корреспондентов о судьбе Бабицкого. В настоящее время расследование обстоятельств обмена журналиста на российских военнослужащих, а также того, где находится корреспондент Радио «Свобода», ведет МВД». По словам Ястржембского, появились данные о машине, на которой привезли видеопленку, где Бабицкий говорит о том, что он жив.
11 февраля Ястржембский заявил, что журналист «сам выбрал то место и тех людей, с которыми он сейчас находится». «Это подтверждают документы, которые содержатся в его уголовном деле», — подчеркнул он. «Некоторые обстоятельства операции по освобождению двух российских военнослужащих, их обмена на корреспондента Радио «Свобода» Андрея Бабицкого мы держали в секрете, пока не получили еще двух офицеров — лейтенанта Александра Казанцева и капитана третьего ранга Андрея Астраницу», — подчеркнул Ястржембский. По его данным, «5 февраля эта операция и эти договоренности были выполнены до конца». «О том, что предстоит освобождение двух офицеров, мы не говорили, пока не были выполнены определенные условия», — сказал Ястржембский.
15 февраля: «опираясь на информацию, которую спецслужбы получают из радиоперехватов и агентурных источников, «Андрей Бабицкий жив и здоров».
17 февраля Ястржембский заявил, что РС использовала ситуацию со своим корреспондентом в Чечне Андреем Бабицким для «поднятия своего товарного знака». Ястржембский назвал «некорректными» большинство выступлений руководителей «Свободы» по вопросу об Бабицком. «Они грешили большим количеством дезинформации, в том числе распространяя разные небылицы вокруг Бабицкого», — сказал он в интервью газете «Московский комсомолец». По мнению помощника и. о. президента РФ, РС «давно переживает не лучшие времена» и «потребность в ее существовании уменьшалась с каждым годом». Поэтому, считает Ястржембский, руководство радиостанции использовало ситуацию с Бабицким «по максимуму, чтобы показать свою необходимость тем кругам, которые ее финансируют».
22 февраля, отвечая на вопрос о судьбе Бабицкого, Ястржембский отметил, что «пока нет никакой новой информации». Вместе с тем он опроверг появлявшуюся ранее информацию, что журналист находится в селении Дуба-Юрт. Заметив, что селение в настоящее время перешло под контроль федеральных сил, помощник и. о. президента сказал, что Бабицкий не был там обнаружен.
26 февраля, после задержания Бабицкого в Махачкале, Ястржембский официально подтвердил, что в отношении Бабицкого возбуждено уголовное дело по статье «Подделка документов» (ст. 327-1 УК РФ).
Оценок работы Ястржембского в связи с делом Бабицкого давалось много. Вот некоторые из них:
Газета «Сегодня», 1 февраля 2000 г., статья «Андрей Бабицкий стал жертвой информационной войны»:
Следующим этапом закручивания информационных «гаек» стало возвращение в администрацию Президента Сергея Ястржембского. По словам сотрудников аппарата помощника и. о. президента, Ястржембский сейчас занят тем, что пытается перекрыть каналы утечки информации из силовых структур. Правда, пока не совсем ясно, какие методы работы с журналистами будет использовать Ястржембский. Как показывает случай с тем же Бабицким, арсенал воздействия на работников СМИ достаточно широк и включает использование государственного карательного аппарата и сбор компромата на неугодных журналистов.
Газета «Вечерняя Москва», 11 февраля 2000 г., статья «Ястржембский не лжет, а умалчивает»:
На вчерашнем брифинге Сергей Ястржембский попросил оставить вопросы о Бабицком на конец встречи. Нежелание отвечать на них, пока не иссякнут остальные, он объяснил просто: «Не хочу участвовать в спектакле Радио «Свобода». Обиду Ястржембского можно понять: присутствовавший на брифинге корреспондент этой радиостанции первым же вопросом обвинил помощника Путина в умышленной лжи. Ястржембский заявил, что, по соглашению с террористами, у которых выменяли военнослужащих на Бабицкого, федеральная власть может говорить далеко не все, что знает. Власть сдержала свое слово (то есть язык за зубами), и боевики чуть позже освободили еще двоих офицеров. Однако договоренность выполнена не до конца, поэтому Ястржембский пока не волен открыть всего. Уже после брифинга слово о Бабицком сказало МВД: он находится в селении Алхазурово в 20 километрах к югу от Грозного, и его готовят к переправке за границу.
Газета «Новые известия», 12 февраля 2000 г., статья «Сегодня Бабицкий, завтра — ты!»:
Господин Ястржембский, названный на митинге Сусловым наших дней, на Пушкинскую площадь не пришел, но свое отношение к судьбе Андрея Бабицкого в этот же день выразил на пресс-конференции,
