Низ фюзеляжа между шп. № 9 и № 13 представляет собой откидные панели для ТО, демонтажа и монтажа двигателей.
Воздухозаборник каждого двигателя автономный, прямоугольного переменного сечения. Оснащен двухстворчатым регулируемым клином, передняя створка которого имеет отверстия для отсоса погранслоя, а на задней установлен турбулизатор, а также регулируемой нижней створкой, которая может занимать три фиксированных положения.
Хвостовой кок фюзеляжа приклепан к сил. шп. № 14. Он включает внутреннюю (стальную) часть и наружные (титановые) панели: ниши верхнего и нижнего тормозных щитков и контейнер тормозных парашютов с дюралюминиевой крышкой. Тормозные щитки отклоняются на угол 45°. Общая площадь тормозных парашютов – 50 м
Крыло – свободнонесущее, трапециевидное, имеет аэродинамическую крутку. Удлинение крыла – 2,94, сужение – 3,1, угол поперечного «V» – 5°. Стреловидность крыла по передней кромке – 41°02' (разведчики- бомбардировщики) либо переменная – от 42°30' до 41°02' (перехватчики). Угол стреловидности по задней кромке – 9°29'. Профиль крыла в корневой части – П-44М (относительная толщина 3,7%), в концевой – П- 101М (4,76%). Угол установки крыла +2°.
Консоль крыла крепится к фюзеляжу в пяти точках. Основными силовыми элементами консоли являются передний, средний и задний лонжероны, а также передний и задний стрингеры. Продольный набор, нервюры и обшивка выполнены в основном из стали и соединены с помощью сварки. Внутреннее пространство консоли представляет собой два герметичных отсека, образующих передний и задний крыльевые топливные баки. Носок крыла – съемный, сварной из титанового сплава. Внутри носка проходят топливопровод и электрожгуты. На законцовках закреплены противофлат- терные грузы.
Двухсекционный элерон – клепаной конструкции из Д19АТ с сотовым заполнителем, углы его отклонения до +/- 25°. В носке элерона расположен противофлаттерный груз. Закрылок клепаной конструкции с сотовым заполнителем. Угол отклонения – 25°. На самолетах первых серий до №840СЧ09 (перехватчики) и №020СЛ04 (разведчики) закрылки оснащались системой сдува погранслоя и отклонялись при посадке на угол 47°.
Хвостовое оперение. Кили – трехлонжеронные, каркас выполнен из стали ВНС-5, обшивка – из Д19АТ. Киль крепится к фюзеляжу в четырех точках. Руль поворота – клепаной конструкции, отклоняется на угол до 25° в обе стороны. Горизонтальное оперение – цельноповоротное, дифференциально отклоняемое. Углы отклонения на взлете и посадке – от -32° до +13°, а при максимальной скорости – от -12,5° до +5°. Самолет оснащен двумя симметрично установленными подфюзеляжными аэродинамическими гребнями клепаной конструкции. Каждый гребень состоит из двух частей: передней, присоединенной к откидной панели обслуживания двигателя, и задней, закрепленной на хвостовой части фюзеляжа. Задняя часть левого гребня оснащена отклоняемой штангой, являющейся датчиком касания земли и управляющей автоматическим выпуском тормозных парашютов.
Шасси – трехопорное с носовым колесом, убирающееся по направлению полета. Передняя опора – полурычажного типа, управляемая, оснащена двумя спаренными колесами КТ-112/2 или КТ-112А с пневматиками 700x200 мм. Основные опоры – рычажного типа, на них установлено по одному тормозному колесу КТ-111 /2А или КТ-111А с пневматиком 1300x360 мм. Уборка и выпуск шасси производится от гидросистемы, аварийный выпуск – от воздушной системы.
Силовая установка самолетов ранних выпусков включала два турбореактивных двигателя Р-15Б-300. Позднее устанавливались Р-15БД-300. Двигатель – одновальный, с осевым пятиступенчатым компрессором, индивидуальными камерами сгорания в общем корпусе, одноступенчатой турбиной, форсажной камерой и двухстворчатым трехпозици- онным эжекторным соплом. Для облегчения обслуживания двигатели развернуты наружу относительно продольных осей на 13о, благодаря чему коробки самолетных агрегатов разведены во внешние стороны. Реактивные сопла отклонены на 2°30' вверх и на 1°46' – наружу. Топливо – керосин марок Т-6 и Т-7П, размещается в шести фюзеляжных и четырех крыльевых баках. Общее количество топлива на перехватчике – 14750 кг. Под фюзеляжем разведчиков- бомбардировщиков и МиГ- 25ПД может подвешиваться ПТБ емкостью 5300 л (4370 кг). МиГ-25Р, выпущенные до середины 1970-х гг., имеют два дополнительных топливных бака в килях.
Противопожарные системы двигателей – автономные, каждая включает в себя две подсистемы: сигнализации о пожаре и пожаротушения. Огнегасящий состав – фреон 114В2.
Оборудование, за исключением аппаратуры специального назначения, на перехватчиках и разведчиках унифицировано. Оно состоит из: связной КВ-радиостанции Р-847РМ (позднее – Р-864); связной УКВ-радиостанции Р-832М «Эвкалипт»; радиостанции Р-802; радиокомпаса АРК-10; радиовысотомера больших высот РВ-19 (позднее – РВ-18);
радиовысотомера малых высот РВ-4 (РВ-4А); станции предупреждения об облучении СПО-Ю «Сирена- ЗМ» (позднее – СПО-15 «Береза»); маркерного радиоприемника МРП-56П; ответчика системы управления воздушным движением СО-63Б (позднее – СО-69); ответчика системы государственного опознования СРО- 2П; радиосистемы ближней навигации РСБН-6С «Коралл»; антенно-фидерной системы «Пион-ЗП»; переговорного устройства СПУ- 7; защищенного накопителя информации «Тестер УЗЛ»; аппаратуры речевой информации П-591 с магнитофоном РИ- 65; магнитофона МС-6 «Лира»; приемника воздушного давления ПВД-7; системы автоматического и ручного управления воздухозаборником СРВМу-2А и др.
Кроме того, на всех перехватчиках установлена автоматизированная пилотажно-навигационная система -Полет-1И», включающая в себя: систему ближней навигации и посадки «Ромб-1 К»; систему автоматизированного управления полетом САУ- 155П1 (на разведчиках – САУ-155Р1); курсовертикаль; систему воздушных сигналов СВС-ПН-5, Система «Полет-1 И» обеспечивает полет в любое время суток, в простых и сложных метеоусловиях, в автоматическом, полуавтоматическом (директорном) и ручном режимах управления. При взаимодействии с наземными азимутально- дальномерными и курсо-глиссадными радиомаяками система обеспечивает: программный набор высоты; маршрутный полет по заранее запрограмированным трем промежуточным точкам и четырем аэродромам; возврат на аэродром вылета или один из трех запасных аэродромов; привод самолета на незапрограмированный аэродром и посадку в ручном режиме; заход на посадку до высоты 50 м; повторный заход на посадку; полет на радиоориентир. Система «Полет-1 И» сопрягается с аппаратурой бортового наведения и бортовой РЛС и обеспечивает вывод самолета в зону обнаружения и атаки цели.
Ключевым элементом бортового электронного оборудования перехватчиков является система управления вооружением (СУВ), предназначенная для обеспечения перехвата и поражения воздушных целей днем и ночью в простых и сложных метеоусловиях с применением ракетного вооружения. Основу СУВ составляет РЛС «Смерч-А», а с середины 1970-х гг. – ее улучшенный вариант «Смерч-А2». Перехватчики МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС оборудовались РЛС типа «Сапфир-25», которая также обозначалась как РП-25М или РП-25МН. Кроме РЛС, в состав СУВ входят: теплопеленга- тор ТП-26Ш (на МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС); аналоговая вычислительная машина АВМ-25; аппаратура объективного контроля ПАУ-473. СУВ сопрягалась с запросщиком системы государственного опознования. Дальность обнаружения среднеразмерной цели РЛС «Сапфир-25» превышает 100 км. Перехватчики МиГ-25П оборудованы радиокомандной системой наведения с земли «Лазурь». На МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС установлена новая аппаратура наведения и целеуказания БАН- 75, взаимодействующая с наземным комплексом наведения «Луч-1».
Разведывательно-бомбардировочные модификации оснащены прицельно-навигационной системой «Пеленг-Д» (или «Пеленг-ДР», «Пеленг-ДМ»), в состав которой входят: инерциально-курсовая система ИКС- 8; доплеровский измеритель скольжения и угла сноса ДИСС-Зс «Стрела» (позднее – ДИСС-7 «Поиск»); цифровая вычислительная машина ЦВМ-10-155 «Орбита-155». Самолеты несут станции постановки помех СПС-141, СПС-142, СПС-143 или СПС-151. На МиГ-25БМ установлен прицельный комплекс «Ягуар» со станцией обнаружения и целеуказания «Сыч-М».
Электрическая система самолета включает: два канала электроснабжения постоянным током с напряжением 28 В и две сети трехфазного переменного тока частотой 400 Гц и напряжением 208 В (для перехватчиков) или 115 В (для разведчиков). В каждом канале постоянного тока основными источником энергии является генератор ГСР-12КИС, а резервным – аккумуляторная батарея 15СЦС-45Б. Источники переменного тока – генераторы СГК-11/1,5КИС (или СГК-11/1,5КИС-М), вращающиеся от приводов постоянных оборотов ППО-20 (по одному на каждый двигатель). Так как ряд потребителей требует питания