Первыми с ними в бой вступили солдаты русской лейб-гвардии егерского полка. Они упорно защищали свои позиции и схватки переходили в рукопашный бой. Впоследствии Кутузов особо отметит мужество этих солдат, которые на виду у всей армии сдерживали натиск превосходящих сил неприятеля. Тем не менее, русским пришлось отойти за реку Колоча. На помощь отступающим подоспел 1-й егерский полк. Произошла непродолжительная, но жаркая схватка, в результате которой русские пошли в контратаку, ворвались на французские позиции и прогнали противника обратно за реку. Но затем егеря все же вынуждены были отойти и сжечь за собой мост через Колочу. Так закончилась французская атака на село Бородино, которая носила скорее демонстративный и отвлекающий характер.
Одновременно с корпусом Богарне на левом фланге начали свою атаку и войска маршала Даву. Около ста орудий стали массированно бить по Багратионовым (Семеновским) флешам. Те оборонялись сводной гренадерской дивизией М. С. Воронцова и 27-й пехотной дивизией Д. Н. Неверовского. Французы в три раза превосходили по численности эти войска, но, несмотря на это, под натиском русских отступили, оставляя груды убитых и раненых. Но это была только первая атака на Семеновские флеши.
В это же время на крайнем левом фланге у деревни Утица русских атаковал польский корпус князя И. А. Понятовского. Только к 8 часам утра он смог выйти к деревне, но обойти позицию русских ему так и не удалось. Генерал Тучков вынужден был отойти за Утицкий курган и закрепиться там.
Но главные события вновь разворачивались у Семеновских флешей. В новой атаке ценой невероятных усилий французам удалось захватить левую часть укрепления, но несколько русских батальонов по приказу Багратиона контратаковали их и отбросили за его пределы. И следующая атака французов не увенчалась успехом. Обе стороны несли большие потери. Маршал Даву и два его командира были контужены в этом бою. Наполеону доложили о невероятном упорстве русских, и он усилил войска Даву корпусом Нея и кавалерией Мюрата. Но и русские предприняли меры по усилению обороны: Багратион выдвинул на передовые позиции войска из резерва, в частности 8 батальонов из 7-го корпуса Раевского. А у села Семеновское была поставлена 3-я пехотная дивизия Коновницына.
В 8 часов утра последовала третья по счету атака на Багратионовы флеши. Наступавших поддерживали 160 орудий. Но и русские артиллеристы вели постоянный картечный огонь по густым и плотным колоннам неприятеля. Противники ни в чем не уступали друг другу, но когда дело дошло до рукопашной и граф Воронцов со своими гренадерами пошел в штыки, французы в замешательстве отступили.
Кутузов внимательно следил за ходом сражения и, заметив опасность, угрожающую армии Багратиона, направил ей на помощь часть сил общего резерва. Вовремя подошедшие войска лейб-гвардии Измайловского, Литовского и Финляндского полков, ощетинившись штыками, отразили несколько атак французской кавалерии. Но так или иначе главную тяжесть удара приняла на себя дивизия Воронцова. Она просто исчезла, нет, не с поля сражения, а на поле сражения: и командир, и весь его штаб были либо перебиты, либо жестоко изранены в штыковом бою, не говоря уже о массовой гибели солдат.
Между тем войска Понятовского еще несколько раз пытались овладеть Ушицким курганом, но гренадеры генерал-лейтенанта Тучкова заставили их отступить и укрыться в ближайшем лесу. Сам командир дивизии был тяжело ранен пулей в грудь, и его заменил генерал-лейтенант Алсуфьев.
Так закончился первый этап этого сражения. У французов были незначительные успехи на направлениях вспомогательных ударов, но на главном они потерпели неудачу. В связи с этим Наполеон решает ввести в бой свежие силы из корпусов Даву, Нея, Мюрата и Жюно. Теперь атаки на флеши ведутся силами шести пехотных дивизий, а часть конницы Мюрата пытается зайти русским в тыл. На этот раз удар французов был настолько силен, что им удалось захватить все три укрепления. Вся местность вокруг них была завалена трупами. На последнем этапе этого боя против 18 тысяч солдат Багратиона и 300 орудий на фронте в 1,5 километра Наполеон двинул в атаку 45 тысяч солдат и около 400 орудий. Русские встретили французов сокрушительным штыковым ударом. Командир 8-го корпуса Бороздин повел в контратаку 2-ю гренадерскую дивизию и восемь батальонов корпуса Раевского. Удар оказался настолько стремительным, что французы были опрокинуты и обращены в бегство. Поспешившая им на помощь кавалерия Мюрата также была смята, а сам маршал едва не попал в плен.
Вот как описал впоследствии этот бой офицер Ф. И. Глинка: «…Ужасная была картина той части поля Бородинского около деревни Семеновское, где сражение кипело, как в котле. Густой дым и пар кровавый затмили полдневное солнце. Какие-то тусклые, неверные сумерки лежали над полем ужасов, над нивой смерти. В этих сумерках ничего не было видно, кроме грозных колонн, наступающих и разбитых, эскадронов бегущих… Даль представляет вид совершенного хаоса: разорванные, изломанные французские эскадроны крушатся, волнуются и исчезают в дыму, уступая место пехоте, выступающей стройно!.. Приказания отданы, и все левое крыло наше во всей длине своей двинулось с места и пошло скорым шагом в штыки. Сошлись!.. У нас нет языка, чтобы описать эту свалку, этот сшиб, этот протяжный треск, это последнее борение тысяч. Всякий хватался за чашу роковых весов, чтобы перетянуть их на свою сторону… И русские не уступили ни вершок места».
В этом бою был тяжело ранен Багратион. Ему в ногу попал осколок вражеской гранаты и раздробил берцовую кость. Солдаты заметили, как он тяжело падает с коня. Этот момент и оказался переломным, но не последним в борьбе за флеши. В русских войсках возникло замешательство, и ценой огромных потерь французам удалось занять эти укрепления. В образовавшийся прорыв тут же бросилась конница и корпус Нея. Русские были вынуждены отойти к Семеновским высотам. Рвущегося вперед неприятеля попытался задержать Коновницын, который принял на себя временное командование левым крылом русских войск. Ему удалось остановить беспорядочно отступающую пехоту и собрать остатки артиллерии. У Семеновского оврага французов задержали, но силы у русских были на исходе, и они отступили. Потеря Багратионовых флешей поставила русскую армию в тяжелейшее положение. Кутузову доносили о больших потерях в войсках. Русские солдаты погибали тысячами. Среди погибших были и генералы: братья Тучковы, Кутайсов, Горчаков и Буксгевден.
Наполеон тем временем решил нанести удар по Курганной высоте, где мужественно оборонялась батарея Раевского. Барклай де Толли попытался помочь ей и выделил из резерва подкрепление. Однако французы, наступая превосходящими силами, опрокинули 26-ю русскую дивизию. Вновь сложилась угрожающая ситуация. И в этот критический момент Кутузов послал в обходный рейд корпуса Платова и Уварова, которые должны были разгромить тылы французов. Наполеону доложили о неожиданном появлении русских на его левом фланге, и он был вынужден приостановить наступление в центре. На выяснение обстановки было потрачено около двух часов. Этого времени хватило на то, чтобы Кутузов сумел перегруппировать свои войска и усилить левый фланг и центр.
Около 14 часов французы вновь атаковали батарею Раевского. Позднее Ермолов вспоминал: «Телами неприятеля покрылась батарея и отлогость холма до вершины. Все сопротивлявшиеся заплатили жизнью, один только взят в плен бригадный генерал Бонами, получивший двенадцать ран штыками. Потерянные наши орудия все возвращены, но урон со стороны моей по части людей был ужасный». К 17 часам защитники батареи Раевского были полностью уничтожены, и французам удалось взять Курганную высоту.
Положение 2-й русской армии, буквально истекающей кровью, было очень тяжелым, но она продолжала сопротивляться, пока огромные потери не вынудили генерала Дохтурова оставить село Семеновское. Наполеон же берег резервы – свою гвардию и приказал действовать наличными силами. Как не просили подкреплений Даву и Ней, все было тщетно. В целом этот этап сражения все же закончился крупным успехом французов на главном направлении. Фронт русских был прорван, но не окончательно, так что тяжелым было положение обоих противников. Требовались резервы и подход свежих войск. Казалось ни у французов, ни у русских уже не было больше сил продолжать сражение.
К 18 часам русские войска прочно укрепились на позиции от Горок до старой Смоленской дороги, отойдя от главной позиции лишь на 1–1,5 километра. При этом русская армия не уходила с поля боя, а ее артиллерия, напротив, усилила свой огонь по противнику. Ядра начали падать даже возле Наполеона и подкатываться к его ногам. Очевидцы вспоминали: «Он их тихо отталкивал, как будто отбрасывал камень, который мешает во время прогулки». Император был угрюм, и ему плохо удавалось скрывать свое беспокойство и раздражение. Уже сильно стемнело, а с обеих сторон продолжала греметь артиллерийская канонада. Русские и не думали покидать свои позиции. Заморосил мелкий дождь. Когда Наполеон поинтересовался, не ушел ли противник с поля боя, ему ответили, что русские по-прежнему стоят на месте.