Длительный период согласования требований к пикирующему фронтовому бомбардировщику Туполева был вызван техническими амбициями Берии, которого боялись как летчики, так и конструкторы и который узурпировал положение блюстителя высших государственных интересов.
Затем переезд группы Туполева в ЦКБ-29, которое уже работало над машинами Петлякова и Мясищева.
К марту 1940 года организуется новый СТО-3 для проектирования двухмоторного фронтового пикирующего бомбардировщика по предложению Туполева. Руководителем назначается майор НКВД Балашов. Его заместителем — майор НКВД Крючков. Главным конструктором проекта «103» назначают заключенного Туполева.
К тому времени начальника всех «шараг» генерала НКВД Давыдова посадили и на его место назначили генерала Кравченко. К нему-то и обратился Туполев с требованием предоставить доказательство, что его жена и дети живы, и предложил в качестве такого доказательства передачу ему записки от жены Юлии Николаевны. В противном случае он от работы отказывается. Записку организовали. Она была написана арестованной в одно время с ним Юлией Николаевной в тюрьме под диктовку.
В команду А.Н. Туполева вошли зэки:
Н. И Базенков — заместитель, С М Егер — общие виды и компоновка, А.Э. Стерлин — аэродинамика, А.М. Черемухин — прочность, Н.А. Соколов — аэроупругость и вибрации, А И. Некрасов — теоретические расчеты, С П. Королев, которого потом заменил Б.А Саукке, — крыло, В.А. Чижевский — центроплан, И.Г. Неман — фюзеляж, Д С. Марков — оперение и система управления, Т.П Сапрыкин — шасси, М Н. Петров — гермокабины и кондиционирование, А.Р. Бонин — гидросистема, Л.Л Кербер — радио- и электрооборудование, Г.С. Френкель — приборное оборудование, А В. Недашкевич — вооружение, С.А. Викдорчик — технология сборки, Г.А. Озеров — административно-хозяйственное обеспечение. Два вольнонаемных инженера А.П Балуев и Б.С. Иванов руководили бригадами установки двигателей и их оборудования.
Такие специалисты высочайшего класса, как А.М. Черемухин, А.Э. Стерлин, А.И. Некрасов, М.Н. Петров, Т.П. Сапрыкин и А.В. Недашкевич, продолжая доводку проектов «100» Петлякова и «102» Мясищева, переключились на разработку проекта «103» Туполева.
Осенью 1940 года в цехах завода № 156 кипела работа по всем трем проектам ЦКБ-29, отрабатывали системы на ПБ100, заготавливали детали для «102» и устанавливали двигатели и оборудование на «103».
В конце января 1941 года новый фронтовой пикирующий бомбардировщик «103» взлетел с двигателями Микулина АМ-37 по 1400 лошадиных сил. Летчик-испытатель полковник Нюхтиков и штурман Акопян машиной очень довольны Она легко управляется, устойчива и не склонна ни к рысканию, ни к раскачке. В феврале провели замер максимальной скорости. Оказалось 643 км/ч. Ни один бомбардировщик с такой скоростью не летал. Сталин на радостях сразу приказал запустить бомбардировщик «103» в серию с началом поставок в феврале 1942 года. Но военные летчики настояли на перекомпоновке машины. Объединить штурмана с летчиком в одной кабине, как у немецкого «Юнкерса 88», увеличить емкость топливных баков, еще один ствол сзади и наружная подвеска двух бомб по одной тонне. Эту модифицированную, а по сути, новую машину, которую обещали запустить в серию, обозвали «ЮЗУ».
Для коллектива заключенных конструкторов Туполева это был удар ниже пояса. Ведь они так надеялись на освобождение по примеру петляковцев. После проникновенного выступления Андрея Николаевича на конспиративном собрании в спальне заключенные конструкторы начали работать над новой машиной с удесятеренной энергией и до глубокой ночи. Весной 1941 года взлетела и она. Максимальная скорость уменьшилась на 50 км/ч.
Новый удар — катастрофа этой машины. Загорелся в полете правый двигатель. Нюхтиков покидает горящий самолет, а Акопян погибает. Из-за прекращения производства высотных двигателей АМ-37 Туполев переделывает самолет под двигатели воздушного охлаждения Швецова М-82. Самолет «103В» находился на начальном этапе сборки, когда началась война.
Государственные испытания бомбардировщика «103» успешно закончились, но для него, как и для разбившегося «ЮЗУ», двигателей нет. Теперь вся надежда только на вариант «ЮЗВ».
В конце июля Туполева освобождают из-под стражи. Его зама Базенкова освободили раньше вместе с петляковцами. Заключенные авиаконструкторы ЦКБ-29 в теплушках с зарешеченными окнами и в сопровождении конвоя эвакуируются в Омск. Уже в эвакуации в Омске в августе были освобождены из-под стражи 18 туполевцев, Мясищев, Томашевич и Склянский. Следующая партия заключенных конструкторов была освобождена только весной 1942 года. А в конце 1944 года ЦКБ-29 перестало существовать.
К середине декабря 1941 года начинаются летные испытания самолета «103В». К началу войны фронтовой бомбардировщик Туполева не успел. Но был создан прототип самого эффективного бомбардировщика Второй мировой войны. В конце марта 1942 года после запуска в серийное производство в Омске самолету присваивается наименование Ту-2. Он существенно превосходил находящийся на вооружении Люфтваффе пикирующий бомбардировщик Ju 88 А-1 по всем параметрам. И по некоторым характеристикам был лучше разработанного в 1941 году Ju-188.
ОКБ Андрея Николаевича Туполева превратится во всемирно прославленную фирму. Под его руководством будут разработаны выдающиеся образцы самолетов. Он закончит жизнь в славе и звании генерал-полковника. Но всю оставшуюся жизнь он будет ненавидеть другого генерал-полковника, авиаконструктора и референта вождя.
Основным же результатом предвоенной разработки фронтовых бомбардировщиков явилось создание самолетов Пе-2 и Ту-2 заключенными авиаконструкторами. Всего было построено около 11 тысяч бомбардировщиков Пе-2 и пятьсот тяжелых истребителей Пе-3 и разведчиков Пе-2Р. Самолетов А.Н. Туполева Ту-2 в разных модификациях с апреля 1943 года было построено 2527.
Перед войной дела в Военно-Воздушных Силах Красной Армии шли из рук вон плохо. Увеличение числа поставляемых промышленностью новых самолетов, ускоренная подготовка и переучивание летчиков сопровождалось большим числом потерянных самолетов в летных происшествиях. За год было потеряно около 900 самолетов всех типов. При этом основной летный состав имел небольшой налет, не осваивал ночные и высотные полеты, стрельбу по воздушным целям, маневренный воздушный бой и бомбометание с пикирования.
Сталин решил основательно «встряхнуть» своих «соколов». По постановлению Политбюро ЦК ВКП(б) от 9 апреля 1941 г. снят начальник ВВС Красной Армии генерал-лейтенант авиации Рычагов, занимавший этот высокий пост всего восемь месяцев. (В июне он будет арестован, а в октябре — расстрелян.) Сняты и привлечены к суду помощник начальника ВВС по авиации дальнего действия генерал-лейтенант авиации Проскуров (арестован в июне) и начальник отделения оперативных перелетов полковник Миронов. Нарком Тимошенко получил выговор.
10 мая 1941 г. снова решение Политбюро: командующие ВВС двух центральных военных округов — Московского и Орловского, Герой Советского Союза генерал-лейтенант авиации П И Пумпур и генерал- майор авиации П.А. Котов снимаются с должностей вместе с заместителями и потом арестовываются. Их места занимают дрожащие от страха полковники.
27 мая 1941 г. СНК принимает постановление о работе НИИ ВВС, а четырьмя днями позже появляется приказ народного комиссара обороны о предании его начальника, выдающегося летчика-инженера, генерал-майора авиации А.И. Филина, суду военного трибунала.
В это же время Наркомат государственной безопасности СССР разрабатывает дело о новом антисталинском заговоре военных. С 18 мая по 12 июля 1941 года арестовали: начальника Научно- испытательного полигона вооружения ВВС полковника Г.М. Шевченко и двух начальников отделов С.Г. Онисько и В.Я. Цилова; заместителя командующего ВВС МВО Героя Советского Союза генерал-майора Эрнста Шахта; наркома боеприпасов И.П. Сергеева и его заместителя А.К. Ходякова; начальников планового отдела и управления снабжения Наркомата боеприпасов Д.А. Ирлина и Г.А. Толстого, начальника Управления военно-учебных заведений ВВС генерал-майора А.А. Левина; помощника генерал- инспектора ВВС (Смушкевича), комдива Н.Н. Васильченко; заместителя начальника штаба ВВС генерал- майора П.П. Юсупова; начальника Управления ПВО страны Героя Советского Союза генерал-полковника Г.М. Штерна; бывших главкомов ВВС, генерал-полковника авиации А.Л Локтионова и дважды Героя