Выбор пал на дома Франсишку ди Алмейду, хотя вначале король планировал назначить командующим бывалого морехода Триштана да Кунью, но того поразила внезапная слепота — вероятно, вследствие авитаминоза. И хотя через некоторое время зрение восстановилось, этот случай был воспринят как знак свыше, и экспедицию возглавил Алмейда.
Франсишку ди Алмейда стал первым из аристократов, кому поручили командовать эскадрой. К своим 55 годам он имел обширный военный, дипломатический и морской опыт, а кроме того был наделен качествами, которые, по мысли Мануэла, отличали людей, достойных доверия в делах государственной важности. Алмейда был альтруист и одинокий вдовец, человек скрупулезно честный, презирающий роскошь, набожный и рассудительный. Многие, как братья Содре, стремились в Индию ради личного обогащения, но Алмейда был не из таких. Он ценил титулы больше, чем мешки с перцем и корицей, и знал толк в военном деле.
Алмейда не только командовал эскадрой. Мануэл присвоил ему также титул вице-короля, то есть право распоряжаться от своего имени. Более конкретные разъяснения последовали двумя неделями позже в руководстве из сотни с лишним страниц, исписанных убористым почерком. Руководство содержало 143 части с главами и подглавами и давало подробнейшие справки насчет действий в той или иной ситуации. При всех гигантских амбициях Мануэла ни одна мелочь не ускользала от его внимания.
Алмейде предписывалось, обогнув мыс Доброй Надежды, захватить побережье Суахили и хитростью овладеть портами Килва и Софала — где находился центр золототорговли. Португальцы прибывали якобы с дружескими намерениями, а затем неожиданно открывали огонь по городу, уничтожая и пленя мусульманских торговцев, а их имущество конфисковывали. Близ побережья надлежало возвести форты и взять под контроль источники золота, чтобы затем покупать в Индии пряности. Такова была война под маской мира. Выполнив миссию в Африке, эскадре надлежало без промедления следовать через Индийский океан, по пути возводя еще четыре форта: на острове Анджедива, где планировалось обустроить перевалочный пункт с продовольственной базой, и в дружественных городах Каннанор, Куилон и Кочин. Место для постройки следующего форта было определено много севернее, близ Красного моря и царства пресвитера Иоанна. Так Мануэл планировал окончательно задушить мусульманскую торговлю и дать понять индийцам, что «торговля возможна только с нами, и никем более». В этих же целях два корабля должны были постоянно патрулировать побережье Африки вплоть до мыса Горн.
Не осталась без внимания и проблема Каликута. С заморином — действующим либо наследником — следовало заключить мирный договор, при условии, что он согласится изгнать мусульман. А иначе — «война и полное уничтожение его имущества на море и на суше всеми доступными средствами».
Согласно стратегии короля, Алмейда, перекрыв Красное море, являлся в исламские города-государства Чаул, Камбей, Ормуз у Персидского залива и требовал ежегодной дани в португальскую казну, а также прекращения деловых отношений с арабскими купцами из Каира и берегов Красного моря, все суда которых следовало по пути задерживать. Место мусульман должны были занять португальские купцы, и регулярное курсирование их кораблей надлежало обеспечить Алмейде.
Но этим амбиции Мануэла не ограничивались. По его приказу новая эскадра «расширяла границы» за счет Цейлона, Китая, Малакки и прочих «не изведанных доселе земель». На новых землях, список которых был составлен заранее, возникали столбы — в знак принадлежности португальской короне. По сути, Алмейда имел свободу действий лишь в не предвиденных Руководством случаях, а иначе должен был действовать сообразно инструкциям. Мануэл никогда не посещал и не собирался посещать свои колонии, но Руководство ясно отражало его геополитические амбиции и имперский авторитаризм.
Учились португальцы быстро. За семь лет, минувших с первой экспедиции, они успели сформировать довольно верное представление о том, что представляют собой и как функционируют 28 миллионов квадратных миль Индийского океана. Изучив главные порты, режим ветров и муссонов, особенности навигации и коммуникации, они постоянно расширяли свои познания. Как и прежде у берегов Африки, португальцы вели этнографические и географические наблюдения, учили языки, общались с местными жителями, нанимали местных лоцманов и штурманов и создавали карты, стремясь к подробности и точности. В состав каждой экспедиции входили астрономы, чья работа по определению долготы являлась делом государственной важности. Люди, подобные Дуарте Пашеку Перейре, отвергая древние аксиомы, верили лишь очевидцам и собственным глазам и ушам, как истинные исследователи эпохи Возрождения. Информация о новом мире поступала в центральный штаб — Индийский дом в Лиссабоне, где хранилась в строгой секретности, под контролем самого короля, и передавалась следующей экспедиции. Система обратной связи действовала быстро и эффективно.
К составлению Руководства для Алмейды король привлек небольшую группу советников, среди которых выделялся польский еврей Гаспар — мнимый венецианец, прибывший в Лиссабон с первой экспедицией Васко да Гамы. В первое десятилетие португальской экспансии этот человек, менявший личность и имена в угоду обстоятельствам, был незаменим как эксперт и переводчик. Вначале Гаспар да Гама (крестник Васко да Гамы, «Гаспар Индийский») стал теперь Гаспаром «де Алмейдой» — «из любви к вице-королю». Он умел говорить то, что хотели слышать его патроны, но в то же время действительно
