Несмотря на периодические конфликты с "реакционным" университетским начальством, в результате которых учёба время от времени прерывалась, его академическая карьера протекала в целом весьма успешно. В 1864 году, прочитав реферат о Дарвине в студенческом кружке, который вёл Бекетов, он получил от последнего рекомендацию для представления статьи с обзором дарвинизма в "Отечественные записки". Осенью 1864 года вышла первая книга студента Тимирязева "Краткий очерк теории Дарвина". В 1866 году он закончил университет и получил степень кандидата. Через некоторое время ему, по рекомендации того же Бекетова, была предоставлена двухгодичная научная стажировка за границей, сначала в Гейдельберге, потом во Франции.
Несколько ранее состоялась весьма важная для его дальнейшей академической карьеры встреча с П. А. Ильенковым, одним из основателей Московской сельскохозяйственной академии (МСХА). Впоследствии Тимирязев описал эту встречу следующим образом:
Очевидно, молодой выпускник университета понравился маститому профессору, поскольку вскоре был приглашён занять должность преподавателя МСХА, которая на длительный срок стала его основным местом работы.
В 1871 году К. Тимирязев защитил магистерскую диссертацию "Спектральный анализ хлорофилла", а в 1875 году ? докторскую диссертацию "Об усвоении света растением".
Все эти годы Тимирязев продолжал самым активным образом и в разных аудиториях пропагандировать дарвинизм, притом представляя это чисто умозрительное и отвергаемое на тот момент многими ведущими авторитетами в биологии учение, как "несомненную истину". В июле 1878 г. он прочитал лекцию о Дарвине в Московском университете; в те же годы написал ряд статей и книг о дарвинизме. Следуя стилистике тогдашних жёлтых леволиберальных журналов, он не стеснялся заниматься диффамациями оппонентов, рисуя их шаржированно-карикатурные образы: "жалкие, смешные","бессильная злоба" и тому подобное. О фундаментальной работе видного русского биолога и культуролога Н. Я. Данилевского "Дарвинизм. Критическое исследование" (1885-89 гг.) он отзывался так: "самодовольно-самоуверенные фразы", "хитросплетённые софизмы", "мелкая изворотливая софистика дилетанта",…
Небезынтересно сопоставить эти
Деятельная пропаганда Тимирязевым теории дарвинизма в 1860-х гг. и позже не осталась незамеченной
В конце 1870-х гг. Тимирязев сблизился с кружком В. И. Танеева, в который входили А. Г. Столетов, М. М. Ковалевский, С. А. Муромцев и другие представители леволиберальной интеллигенции. По приглашению Ковалевского он начал публиковаться в "Вестнике Европы"; стал там руководителем отдела науки.
В 1892 году Тимирязев перешёл из Московской сельскохозяйственной академии в Московский университет.
В феврале 1911 года Тимирязев, вместе с группой других профессоров и преподавателей Московского университета выступил с решительным протестом против
Все эти годы, будучи и студентом, и профессором, и заслуженным профессором, и действительным статским советником (гражданский аналог в табели о рангах генерал-майора), и обучаясь за государственный счёт в зарубежных лабораториях, и принимая участие за тот же счёт в международных конгрессах, К. А. Тимирязев продолжал испытывать самое глубокое отвращение к "душившему любое проявление свободной мысли деспотическому режиму".
После Октябрьской революции он, наконец, нашёл близкий к своим идеалам образ правления, как можно было понять из его заявления: "Всякий беспристрастный русский человек не может не признать, что за тысячелетие существования России в рядах правительства нельзя было найти столько честности, ума, знания, таланта и преданности своему народу, как в рядах большевиков".
Почтенный учёный стал членом Социалистической (позже переименованной в Коммунистическую) академии, депутатом Моссовета. В. И. Ленину он послал в дар свой объёмистый сборник публицистических статей "Наука и демократия".
На проблемы