времена, когда Имперским научным советом руководил министр Руст, было отменено ограничение призыва ученых на действительную военную службу. Ряды ученых редели; все больше и больше их становилось в ряды отправлявшихся на фронт. В 1943 году профессор Карл Рамзауэр обратился к руководству со словами, что, если потеря трех тысяч солдат никак не ослабит армию, три тысячи физиков могут решить исход всей войны. Его поддержал профессор Вернер Озенберг, занимавшийся исследованиями для германских ВМС. Он направил меморандум, адресованный ряду министров, генералов, адмиралов и гаулейтеров. В документе подчеркивалась необходимость поддержать германскую научную мысль даже в нелегкое военное время.
Главной целью Озенберга было вернуть ученых с фронта. 18 декабря 1943 года Верховное командование согласилось освободить от военной службы примерно пять тысяч ученых. Этому пытался воспротивиться министр Альберт Шпеер, который не был согласен с позицией, занимаемой по данному вопросу Герингом, Борманом и Гиммлером. В июле 1944 года Гиммлер вновь подтвердил, что ученые не подлежат призыву в армию. Он писал генералу СС Отто Юттнеру:
«Я слышал о попытках включить в списки призывников около 14 600 лиц, занятых в научных исследованиях в интересах Германии, ранее получивших освобождение от военной службы (директива SE-IV).
Я приказываю Вам немедленно прекратить призыв на военную службу военного научного персонала, поскольку считаю такие шаги безумием, которое может уничтожить нашу науку.
В середине августа профессору Озенбергу сообщили из партийной канцелярии, что он одержал победу и к его рекомендации прислушались. Еще через несколько дней он получил распоряжение Геринга создать военно-исследовательское бюро. Это был первый верный шаг на пути к созданию устойчивой связи между военными и учеными Германии. 3 сентября Мартин Ворман издал специальный декрет, согласно которому все ученые, включая вернувшихся с фронта, не должны были направляться на выполнение вспомогательных работ вдали от их местожительства. Копии этого декрета получили все гаулейтеры.
Ухудшающаяся с каждым днем военная обстановка практически парализовала работы в рамках германского атомного проекта. Авиация противника разрушала предприятия, лаборатории подлежали эвакуации.
В середине сентября бомбардировщики британских ВВС вновь бомбили Франкфурт. Предприятие «Degussa», на котором производилась очистка урана, было уничтожено огнем. Сохранившееся оборудование отправили в город Рейнсберг, близ Берлина. Спустя еще некоторое время оставшееся урановое сырье было также переправлено из Франкфурта в Рейнсберг и Грюнау, где с декабря прошлого года работал еще один завод по производству урана. Однако, прежде чем на предприятии в Рейнсберге смогли возобновить выпуск продукции, его снова пришлось эвакуировать в связи с началом наступления советской армии на Восточном фронте. Оборудование погрузили на грузовики и отправили в поселок Штадтилм в Тюрингии, куда оно так и не прибыло.
В конце лета 1944 года доктор Курт Дибнер, соперничавший в работах над проектом с профессором Гейзенбергом, также был вынужден эвакуировать своих ученых из Готтова в Штадтилм в Тюрингии. Его группа разместилась в помещении школы, где имелся подвал, который должен был надежно защитить ученых от бомб союзников. В середине подвального помещения был вырыт котлован для реактора, работавшего на тяжелой воде и графите. В качестве ядерного топлива применялись брикеты оксида урана, примерно десять тонн которого было изготовлено компанией «Degussa» согласно предоставленному ей в мае прошлого года контракту. Лаборатории доктора Дибнера размещались в помещениях на первом этаже.
В ноябре 1944 года пришлось остановить работы и на опытном предприятии по выделению урана-235, размещенном на «мебельной фабрике Фоллмера» в Кандерне. Такую возможность предвидели заранее, с самого начала работ. Поэтому еще в начале сентября там были заблаговременно приняты меры по подготовке эвакуации дорогостоящего оборудования. Гартек и Бейерль с самого начала понимали «необходимость учитывать возможность того, что район Фрайбург-Кандерн может оказаться в опасной близости от фронта». Несмотря на это, было решено еще на какое-то время оставить во Фрайбурге ультрацентрифугу «Марк-III-A» и продолжить строительные работы в Кандерне на тот случай, если обстановка на фронте изменится к лучшему. И все же 24 ноября Гартек согласился отправить во Фрайбург механика, которому поручили собрать все необходимое для строительства новой лаборатории, на этот раз около Ганновера. Только была завершена эвакуация из Фрайбурга, как в ночь на 27 ноября практически весь город был уничтожен вражеской авиацией. Предприятию компании «Hellige», где хранились запасы сырья, предназначенного для серийного производства нового прототипа ультрацентрифуги «Марк-III-B», был нанесен серьезный ущерб.
Гартек и Грот перенесли лабораторию и соответственно ультрацентрифугу в здание завода по производству парашютного шелка в Целле. Гартек предусмотрительно распорядился никогда не сосредоточивать в одном здании несколько образцов ультрацентрифуги одновременно. Для того чтобы избежать потерь в результате последующих авиационных налетов, несколько прототипов планировалось хранить в бомбоубежище в Гамбурге. Осуществлявшие совместное руководство работами над этим проектом Гартек, Грот, Бейерль и Зюр, собравшись в конце года в Гамбурге, приняли решение, что «предприятие в Целле должно начать работу на «Марк-III-A» так скоро, как только позволят человеческие возможности». 13 декабря ученым позвонил доктор Дибнер. Сославшись на профессора Герлаха, он сообщил, что тот будет ходатайствовать о присвоении проекту ультрацентрифуги новой, высшей степени приоритета Z-1.
В середине декабря Гейзенберг, фон Лауэ и некоторые другие сотрудники лабораторий в Хехингене, Хайгерлохе и Тайлфингене были призваны в фольксштурм, подразделения народной милиции, последний оплот Третьего рейха. 16 декабря профессор Герлах обратился с письмом к Мартину Борману, где опротестовал это решение. Разве не сам Борман подписал приказ, в котором говорилось, что немецкие ученые не подлежали призыву для выполнения подобных «особых задач»? Конечно, писал он, его сотрудники сами «добровольно» стали членами фольксштурма, однако в данном случае их намеревались отправить на фронт, что противоречило приказу, запрещавшему забирать ученых для выполнения задач вдали от их дома и места работы:
«Персонал лабораторий сведен к минимуму, а последняя мобилизация автоматически приведет к прекращению работ над программой. Выполняемые ими исследования относятся к числу наиболее важных, от них зависит судьба проекта. Я считаю, что они должны при любых обстоятельствах беспрепятственно продолжать выполнять свои обязанности. Вы, несомненно, понимаете, что речь идет о работах, имеющих решающее значение для достижения победы в войне. Вам также должно быть известно о том, какие энергичные усилия предпринимаются в этой области в Америке. Однако я уверен, что в настоящее время, несмотря на то что по сравнению с США мы привлекаем к данным исследованиям гораздо меньше средств и людских ресурсов, мы все еще значительно опережаем американцев в этой области».
Герлах просил Мартина Бормана, чтобы тот предупредил местное партийное руководство и особенно гаулейтера Штутгарта Мурра проследить за тем, чтобы на подразделение, в котором состояли ученые, не возлагалось выполнение «специальных задач». Борман не ответил на это письмо, однако он, несомненно, передал Мурру просьбу Герлаха.
В конце ноября 1944 года Страсбург был захвачен союзниками столь стремительно, что его гаулейтер едва успел предупредить нескольких видных немецких жителей о необходимости срочно эвакуироваться. Полковник Паш с передовой партией миссии «Alsos» находился в рядах наступавших и вместе с ними 25 ноября вступил в город. Гаудсмит остался в Париже для встречи с доктором В. Бушем. В своем первом сообщении из захваченного города Паш сообщал, что его группе не удалось захватить никого из входящих в список миссии ученых. Не успел Гаудсмит передать это неприятное известие Бушу, как пришла вторая депеша от Паша: часть здания городской больницы занимала физическая лаборатория. Захватившие ее солдаты сначала приняли ее персонал за медиков, однако вскоре выяснилось, что на самом деле это были физики. Гаудсмит и Варденбург немедленно отправились в Страсбург. В то время в Европе стояла необычно холодная погода, и ученые, которым выделили для поездки открытый командирский джип, вынуждены были надеть под армейское обмундирование свои пижамы. Их поездка началась 2 декабря, а в Страсбург они прибыли только через два дня. В то же время не могло быть и речи о том, чтобы отправиться
