Церковь, стоявшая так далеко от своего идеала и так небрежно относившаяся к своим обязанностям, очутилась перед новыми опасностями, грозившими подорвать в корне все ее могущество. Новый страшный враг выступил против нее; этим врагом было пробуждавшееся сознание. Непроницаемый мрак невежества Х в., наступивший за мимолетным блеском цивилизации эпохи Каролингов, начал рассеиваться в XI в. перед первыми лучами умственного возрождения. И уже с начала XII в. началось широкое развитие, которому суждено было сделать Европу родиной искусств и наук, образования и высокой культуры. В то же время родились Сомнение и критика. Стало колебаться и то слепое благоговение, с которым прежде относились ко всему, исходившему от Церкви. Сочинение Абеляра «Да и нет», освещавшее противоречия между преданием и папскими декреталиями, угрожало Церкви большими опасностями, порожденными пробуждением критической способности ума. Все усилия глоссаторов, магистров логики, докторов богословия и теологов-схоластиков и толкователей канонического права не могли вернуть человеческому разуму его былую непоколебимость и спокойную веру в божественность учения воинствующей Церкви. Дух пытливого исследования стряхнул с себя долгий сон и получил могучий толчок в Толедской школе, пришедшей к живому источнику арабской, греческой и еврейской науки. Уже в Х в. папа Сильвестр II (Герберт д'Орильяк) прославился как чародей потому только, что изучал запрещенные науки в этом центре умственного движения. Около середины XII в. Роберт Ретинский по просьбе Петра Клюнийского перевел Коран, чтобы дать Петру возможность написать опровержение заблуждений ислама. Сочинения Аристотеля, Птолемея, Абубекра, Авиценны, Альфараби и Аверроэса были переведены на латинский язык и переписывались по всему христианскому миру. Крестоносцы также приносили с Востока обрывки античной мысли. Церковь понимала, какую опасность представлял для нее зарождающийся интерес к наукам, поэтому Парижский университет неоднократно запрещал чтение произведений Аристотеля.
Еще более опасным для Церкви было возрождение римского гражданского права; начиная уже с середины XII в. римское право изучалось во всех научных центрах Европы. Эта система основывала свой авторитет на идее непреложной справедливости, представленной Верховным Повелителем, а не на каноне или декреталии, не на словах папы или собора и даже не на текстах Священного Писания. Св. Бернар в 1149 г. жаловался, что суд стал отголоском законов Юстиниана, а не законов Бога, т. е. Церкви.
Распространение просвещения и умственный прогресс утвердили контроль разума и уменьшили гибельное влияние эмоции и импульса. Но тем не менее безумие легко может овладеть народом и разум может быть заглушен страстью. Проявления безумных душевных движений быстро переходили из одной страны в другую: крестовые походы, усеявшие Палестину костями верующих; самобичевание флагеллантов; бесцельное шатание с места на место шаек пастухов.
Условия жизни тогдашнего общества, терзаемого постоянными войнами и давимого тяжелой пятой феодализма, были так ужасны, что у простого человека являлась вера в близкое наступление царства Антихриста. Среди впечатлительной массы, доступной самым крайним порывам и суевериям, вспыхнула война между Церковью и ересью, т. е. между силой консервативной и силой прогрессивной; долго длилась эта война, и ни та, ни другая сторона не одержала в ней полной победы.
Ересь первоначально распространялась среди массы простого народа, а уже затем ее принимали люди благородного происхождения; так было в Лангедоке и Ломбардии. Удары, поставившие существование церковной иерархии в действительную опасность, были нанесены людьми темными, проповедовавшими между бедными и угнетенными, которые чувствовали, что Церковь не выполняла своего назначения, видели, что служители ее суетны, понимали, что в ее учение вкралось немало заблуждений.
Ереси, привлекавшие к себе толпы последователей, делились на два разряда: секты, твердо сохранявшие все основные положения христианского учения, но отрицавшие священство; и манихеи, или дуалисты. Почти всегда все сведения о них мы черпаем из сочинений противников ереси; за исключением нескольких вальденских трактатов и служебника катаров, вся литература еретиков погибла. Один инквизитор, объясняя причины успеха ереси, отмечает нравственную грязь духовенства, его невежество и заблуждения, бессодержательность его проповедей, презрительное отношение к таинствам и ненависть, которую питали к нему почти все верующие. Излюбленными аргументами еретиков были гордость, алчность и распущенность духовенства и прелатов.
Все ереси, отрицавшие священство, были направлены против злоупотреблений, при помощи которых духовенство старалось удержать за собой господство над душами верующих. Исходным пунктом всех этих ересей было учение Доната, что таинства оскверняются от прикосновения к ним порочных рук, так что священник, живущий в смертном грехе, не может и не должен совершать никаких таинств. В XII в. Альберо, священник из Мерка близ Кельна, учивший, что принесение бескровной жертвы, совершенное порочным или преступным священником, не имеет силы, был вынужден отречься от своих слов, так как отцы Церкви держались противоположного взгляда; тогда он создал новую теорию, по которой таинства, совершаемые недостойным священнослужителем, приносят пользу тем, кто не знает о недостойном поведении священника. Эта теория была признана еретической. Тогда Альберо предложил доказать справедливость своего учения посредством испытания огнем, но его предложение было отвергнуто: колдовство могло бы здесь доставить торжество ложному учению. В 1230 г. папа Григорий IX постановил, что всякий священник, впавший в смертный грех, временно отрешается от исполнения своих обязанностей в отношении лично самого себя, пока не раскается и не получит отпущение греха; но отправляемые им службы имеют силу, так как он не отрешается от исполнения обязанностей по отношению к другим, если грех его не сделался общеизвестным благодаря его признанию или судебному решению или если он очевиден. Похожего на это учение взгляда еще в 1396 г. держался Иоанн Варенский, священник из Ремуа, но его заставили отречься от своего учения. Альфонс де Спина отметил в 1458 г., что это учение разделяется вальденцами, уиклифитами и гуситами.
Противоцерковные ереси появлялись и ранее. Около 1108 г. на острове Зеланде появился проповедник Танхельм. Он отрицал всю иерархию, начиная от папы и кончая последним священником, учил, что евхаристия (причащение) осквернена прикосновением нечистых рук, и призывал к неплатежу десятины. Центром его деятельности стал Антверпен. Этот город был в то время уже многолюдным, богатым и торговым, но тем не менее в нем был только один священник не пренебрегавший своими пастырскими обязанностями. Население города последовало за Танхельмом. Без труда собрал он войско в три тысячи человек, при помощи которых захватил в свои руки власть в окрестностях. Герцог и епископ были бессильны пред ним. Танхельм с несколькими из своих единомышленников совершил путешествие в Рим, где ходатайствовал о разделении обширной Утрехтской епархии. На обратном пути из Рима он и его спутники были схвачены в Кельне и по приказанию епископа заключены в тюрьму; был созван суд, чтобы судить их. Одни из них оправдались испытанием водой, другие бежали. Трое из последних были пойманы и сожжены живыми в Бонне. Отлученному от Церкви Танхельму удалось добраться до Брюгге, но духовенство добилось его изгнания из города. Верным остался ему только Антверпен, где он продолжал учить до 1115 г., когда один священник размозжил ему голову. Но смерть Танхельма не остановила распространения его учения. Католичество в Антверпене окончательно было восстановлено только в 1126 г. Немного позднее Эон де Этуаль выступил в Бретани с проповедью подобной же ереси. И однажды, пораженный словами писания: «грядущий судить живых и мертвых», он возомнил себя Сыном Божиим. Скоро вокруг Зона образовался кружок поклонников, с помощью которых он начал отбирать у церквей богатства и раздавать их бедным. Папский легат в 1145 г. выступил против этой ереси с проповедью в Нанте. Против еретиков послали войска. Многие сектанты, не отрекшиеся от своей ереси, были сожжены в Алэ, а Эон скрылся в Аквитании. В 1148 г. он явился в Шампань; по распоряжению реймсского архиепископа он и ученики его были схвачены и отправлены на Руанский собор. Здесь раскрылось безумие Эона, и его заключили в аббатство С.-Дени, где он скоро умер. Многие его ученики погибли на костре.