Руденко пользовался довольно высоким авторитетом в среде партийных и исполкомовских функционеров, был членом горкома партии и горсовета (в Бориславле и Макеевке), членом ревкомиссии в обкоме партии (в Сталино) и депутатом горсовета. В качестве делегата принимал участие в районных и областных партийных конференциях. Был делегатом XVIII съезда ВКП(б) с правом совещательного голоса (съезд состоялся 10—21 марта 1939 года). Его знал и ценил Н. С. Хрущев, ставший в феврале 1938 года первым секретарем ЦК компартии Украины, а в марте следующего года — одновременно и членом Политбюро ЦК ВКП(б). Роман Андреевич был на хорошем счету и в Прокуратуре Союза ССР. Когда в июне 1939 года встал вопрос о назначении нового Прокурора СССР, Вышинский, уходивший на должность заместителя председателя Совнаркома СССР, предложил оставляемую им должность Руденко, но Хрущев «заартачился», не желая отпускать с Украины толкового прокурора, и назначение тогда не состоялось. Прокурором Союза ССР стал, как известно, М. И. Панкратьев.
Понимая, что без прочных юридических знаний ему не обойтись, Руденко поступил на заочное отделение Харьковского юридического института, однако из-за жесточайшей загруженности по работе сумел закончить только один курс.
15 сентября 1940 года Роман Андреевич стал слушателем Высших академических курсов Всесоюзной правовой академии. Одновременно зачислен в экстернат Московской юридической школы Наркомата юстиции РСФСР. Таким образом, учиться ему пришлось на «два фронта» — очно на высших курсах, а также самостоятельно готовиться к экзаменам в Юридической школе, причем сразу же за двухгодичный курс обучения. Программа школы все же существенно отличалась от той, которая была на высших курсах. Наряду со специальными юридическими дисциплинами, такими как уголовное право и процесс, гражданское право и процесс, криминалистика, трудовое право, являвшимися обязательными и на курсах, в юридической школе преподавали историю народов СССР, математику, географию, балансоведение. На курсах же он изучал основы марксизма-ленинизма, политическую экономию, теорию государства и права, судебную психологию. Словом, предметы высших курсов и школы как бы дополняли друг друга, давая более обширные знания по специальным и общеобразовательным дисциплинам.
Роман Андреевич успешно справлялся с учебными планами и, по отзывам преподавателей, был дисциплинирован, выдержан и учился на «отлично». Это не мешало ему быть хорошим активистом. Почти сразу же после зачисления на курсы его избрали в партбюро и он стал первым заместителем секретаря парторганизации. Нагрузка, конечно, возросла, так как по поручениям Московского городского и Краснопресненского районного комитетов партии ему часто приходилось выступать с лекциями и беседами на предприятиях и в организациях столицы.
Выпускные экзамены на высших курсах совпали с началом Великой Отечественной войны. Свидетельство об окончании курсов Руденко получил 27 июня 1941 года. Оценки по всем предметам у него были отличные. А еще через три дня, 1 июля, Роман Андреевич успешно выдержал экзамены за двухгодичный курс юридической школы. Из 17 изучаемых дисциплин по 12 ему были выставлены оценки «отлично», а по двум — «хорошо».
После окончания курсов и юридической школы 26 июня 1941 года Руденко приказом Прокурора СССР назначается начальником отдела по надзору за органами милиции Прокуратуры СССР. В Москве он работал до весны следующего года.
Вот как оценивалась его деятельность на этом участке в официальном заключении, подписанном заместителем прокурора СССР Кругликовым и начальником сектора управления кадров Бибиковым: «За период военного времени отделом значительно активизирована работа по надзору за милицией. Силами отдела была проверена работа в 13 областях, выявленные недостатки на месте исправлялись, давались конкретные указания по вопросам оказания всемерного содействия военным властям в использовании всех сил и средств для нужд обороны и обеспечения общественного порядка и безопасности. По этим вопросам издано 3 приказа прокурора Союза ССР и поставлен вопрос перед НКВД Союза ССР об улучшении работы органов милиции. Прокуроры на местах проверяют в органах милиции следственные дела в процессе расследования и дают по ним указания. В результате указанных мероприятий мы имеем уменьшение прекращенных и возвращенных на доследование дел, сокращение сроков расследования».
Отдел также проводил проверки в Азербайджанской, Грузинской, Узбекской, Казахской и Карело-Финской союзных республиках.
В коллективе Прокуратуры СССР Руденко прижился быстро, пользовался большим авторитетом, его уважали за выдержанность, спокойствие, трудолюбие. Он был избран в партбюро аппарата прокуратуры.
В феврале 1942 года встал вопрос о направлении Руденко в Прокуратуру Украинской ССР на должность заместителя прокурора республики вместо Беляева, утвержденного прокурором Узбекской ССР. Наверное, это было сделано не без инициативы тогдашнего первого секретаря ЦК компартии Украины Хрущева, хотя официально вопрос согласовывался с секретарем ЦК Спиваком. 25 февраля 1942 года Прокурор Союза В. М. Бочков обратился с такой просьбой к секретарю ЦК ВКП(б) Маленкову. В ЦК партии не возражали, и 12 марта 1942 года Бочков издал приказ о назначении Руденко заместителем прокурора Украинской ССР по общим вопросам с окладом 1600 рублей в месяц. В августе того же года по приказу Бочкова он возглавил специальную оперативную группу республиканской прокуратуры, став одновременно исполняющим обязанности прокурора Украинской республики. Руководимая Руденко оперативная группа немедленно организовала работу органов прокуратуры в освобожденных от немцев городах и районах. Здесь восстанавливались советский правопорядок и законность. Вскоре таких групп стало несколько. Прокуроры и следователи входили в освобожденные местности Украины вместе с частями Красной Армии. В Киеве, например, они стали работать уже в первый день его освобождения.
В одной из характеристик Романа Андреевича этого периода сказано: «Будучи и. о. прокурора УССР, товарищ Руденко в сложных условиях работы в освобожденных от оккупации районах сумел правильно организовать прокурорскую и следственную работу периферии. Органы прокуратуры УССР в специфических условиях прифронтовой обстановки активно способствовали правительственным органам и военному командованию в выполнении сложных и серьезных задач, стоящих перед ними в деле использования сил и средств для разгрома врага, восстановления народного хозяйства, ликвидации последствий оккупации».
Далее в характеристике отмечается, что Р. А. Руденко «своевременно и правильно ориентировал периферийные органы прокуратуры на разоблачение изменников Родины, их сообщников и дезертиров, на организацию надзора за соблюдением социалистической законности, охрану соцсобственности».
По мнению заместителя прокурора СССР Каховского, подписавшего характеристику, Р. А. Руденко «принципиален, настойчив, во взаимоотношениях с работниками выдержан, требователен к себе и подчиненным». Он отмечает также оперативность Руденко, его авторитетность и постоянное стремление, несмотря на условия военного времени, к повышению своей квалификации. Сразу же после окончания высших курсов и юридической школы Роман Андреевич поступил в экстернат Московского юридического института, чтобы самостоятельно подготовиться к государственным экзаменам.
В марте 1943 года Р. А. Руденко был присвоен чин государственного советника юстиции 3 класса, а 23 июня того же года он назначается на ответственный пост прокурора Украинской ССР вместо Л. И. Яченина, который в то время был прокурором фронта. Спустя еще четыре дня Руденко становится государственным советником юстиции 2 класса, что соответствовало тогда воинскому званию генерал-лейтенанта. Роману Андреевичу было тогда 37 лет.
Забот у руководителя прокуратуры крупнейшей республики, серьезно пострадавшей от фашистского нашествия, было предостаточно. Он лично возглавил работу по расследованию злодеяний нацистов на украинской земле, их бесчинств и террора против мирных жителей. Собранный по этому вопросу огромный документальный материал немедленно передавался в созданную Правительством Чрезвычайную государственную комиссию.
26 марта 1945 года Роман Андреевич Руденко получил свою первую правительственную награду — орден Ленина, которого он был удостоен за «выдающиеся заслуги в деле осуществления социалистической законности и укрепления советского правопорядка». Всего ордена и медали были вручены 711 прокурорам и следователям. Так Родина оценила вклад, который внесли прокурорско-следственные работники во время Великой Отечественной войны.
С 20 по 22 июня Военная коллегия Верховного суда СССР под председательством Ульриха рассматривала дело по обвинению генерала Л. Б. Окулицкого и других лиц (всего 15 человек), руководивших польским подпольем, действовавшим в тылу Красной Армии. В результате террористической деятельности так называемой «Армии Крайовой» было убито и ранено около 500 советских солдат и офицеров. По предложению Сталина процесс проходил в Колонном зале Дома Союзов с широким привлечением как советской, так и зарубежной прессы, с трансляцией по радио. На нем присутствовали дипломаты и корреспонденты из многих стран. Основным обвинителем был утвержден Главный военный прокурор Афанасьев. Когда при обсуждении этого дела у Сталина возник вопрос, кто будет помогать обвинителю, Афанасьев назвал прокурора Украинской ССР Руденко. Сталин с ним согласился.
Роман Андреевич сумел показать себя на этом процессе хорошим оратором — красноречивым, настойчивым, находчивым. Поэтому нельзя считать случайным тот факт, что при определении главного государственного обвинителя от СССР на Нюрнбергском процессе выбор пал именно на него. Прокурор Украинской ССР блестяще справился с поставленной перед ним задачей. Участие Руденко в Нюрнбергском процессе — ярчайшая страница его биографии. Молодого советского прокурора (ему было тогда 38 лет) узнал и услышал весь мир.
Вот что писал о нем бывший руководитель советского секретариата на этом процессе Аркадий Иосифович Полторак в своей книге «Нюрнбергский эпилог»: «Р. А. Руденко — высококвалифицированный юрист, человек, от природы щедро наделенный чувством юмора, очень живой собеседник; умеющий понимать и ценить тонкую шутку, он импонировал всем своим партнерам, и они преисполнились к нему чувством глубокого уважения, искренней симпатии. Это, конечно, очень облегчало совместную работу».
Конечно, Руденко хоть и был главным обвинителем от СССР, тем не менее главенствующую роль играл Вышинский и его комиссия (некоторые исследователи полагают, что она была лишь исполнительным органом «Комиссии Политбюро ЦК ВКП(б) по организации и руководству Нюрнбергским процессом»), в которую входили прокурор Союза Горшенин, председатель Верховного суда СССР Голяков, нарком юстиции СССР Рычков и три заместителя Берии — Абакумов, Кобулов и Меркулов. Вышинский все возникавшие ключевые вопросы согласовывал со Сталиным.
Еще до открытия процесса в Нюрнберге наряду со следственной группой, подчиненной Руденко (ее возглавлял Александров), работала и специальная следственная «бригада» Главного управления контрразведки «СМЕРШ», которую возглавлял М. Т. Лихачев. Взаимоотношения этих двух групп нельзя было назвать теплыми. Между ними постоянно возникали трения. Контрразведчики сообщили в Москву о том, что следователь Александров «слабо парирует» антисоветские выпады обвиняемых, в частности Геринга, Йодля, Кейтеля. Со своей стороны, Александров докладывал Горшенину, который еще находился в Москве, что «никаких выпадов» со стороны обвиняемых ни против СССР, ни против него лично не было, и просил «пресечь различного рода кривотолки в связи с проводившимися допросами обвиняемых, так как это создает нервозную обстановку и мешает дальнейшей работе».
Но случались «нюансы» и во время процесса, которые создавали ненужные проблемы довольно слажено работающем коллективе советской делегации. Об одном из таких эпизодов поведал Шейнин. Сделал он это в собственноручных показаниях, данных им в тюрьме. Кстати, по его мнению, это была одна из причин, почему органы госбезопасности «стряпали» на него «липу». Как писал Шейнин, Лихачев с первых же дней появления в Нюрнберге «вызвал к себе отрицательное отношение со стороны всего коллектива, так как был крайне заносчив, абсолютно бездельничал, пьянствовал и развратничал». «И вот дошло до того, — писал Шейнин, — что Лихачев вовлек в сожительство молоденькую переводчицу, проживавшую в одном с нами доме, и она забеременела. Лихачев принудил ее сделать аборт и, найдя немца-врача, заставил его произвести операцию, прошедшую неудачно».
По словам Шейнина, эта «уголовщина» переполнила чашу терпения Руденко, и он сообщили о поведении Лихачева прокурору Союза, приехавшему в Нюрнберг. Горшенин поставил об этом в известность ЦК партии и начальника СМЕРША Абакумова. Лихачев был отозван из Нюрнберга и посажен на десять суток под арест, а вместо него прислали полковника В. П. Сюганова.
