«Красным террором» на фронтах Гражданской, помимо собственно ЧК, занимались и сами красноармейские части, и присланные сюда большевистские комиссары, и революционные трибуналы. Но в целом за ЧК оставалась главная координирующая роль в этом процессе. Все особые отделы в армиях (военная контрразведка) с 1919 года выведены из ведения «Военконтроля» армии и подчинены Особому отделу ВЧК, который в годы Гражданской войны возглавлял известный соратник Дзержинского Михаил Кедров, бывший военный врач и большевик-эмигрант. Кедров лично в 1919–1920 годах не раз выезжал на Западный, Южный и Северный фронты Гражданской, руководя действиями чекистских особых отделов красных частей. Как полагают, именно за увиденные им бесчисленные ужасы гражданской бойни и творимого под его руководством «красного террора» ЧК на фронте Кедрова затем настигла расплата сумасшествия, некоторое время он жил в состоянии совершенно померкнувшего рассудка. Да и в терроре обычных красных командиров и комиссаров решающее слово оставалось часто за особистами из ЧК. А так называемые войсковые части ВЧК, отряды ВОХР, специальные отряды ЧОН (Части особого назначения) при Красной армии и вовсе напрямую подчинялись чекистскому руководству. Отряды ЧОН были наиболее задействованы на фронте в операциях в духе «красного террора», действуя непосредственно в координации с ЧК, к тому же кадрово они тоже часто состояли из тех же бойцов чекистского фронта. Именно в таком отряде ЧОН, например, на Украине сражался писатель Николай Островский, литературный отец одержимого революцией героя Павки Корчагина.
Такой отряд ЧОН на Алтае возглавлял и будущий детский писатель Аркадий Гайдар. Именно им он командовал в свои юные шестнадцать лет, а не полком, как любили говорить в свое время советским школьникам, упрекая их в изнеженности и инфантильности. Причем Гайдар, гонявшийся по алтайским лесам за бандой атамана Соловьева, за излишнюю жестокость и бессудные расстрелы нескольких арестованных по подозрению в связях с соловьевцами позднее даже отстранен от командования отрядом, и по поводу его деятельности на Алтае сами чекисты некоторое время вели следствие. Эти походы Алтайского ЧОНа позднее вспоминал сам классик детской литературы Советского Союза, когда писал в своем дневнике: «Снились люди, убитые мной в юности». И именно эти всплывшие в перестроечные годы в архивах факты позднее позволили развенчать глянцевый культ «отца Тимура и его команды» в книгах, подобных «Соленому озеру» Владимира Солоухина.
Поняв в конце 1918 года опасность со стороны усилившихся белых армий и их накатывающих фронтов (а знаменитая карта «Советская республика в кольце фронтов» от 1919 года действительно впечатляет), советская власть на фронт бросила все лучшие кадры своей спецслужбы. В марте 1919 года ленинский ВЦИК даже приказал повсеместно вернуть на службу в ЧК тех членов партии, кто начал там работать, но был переведен на другие участки советской службы. С этого же времени начальниками губернских ЧК и особых отделов ЧК в красных войсках разрешено было ставить только лиц, имевших не менее двух лет партийного стажа в РКП(б).
В эти годы Дзержинский направил на фронты для руководства чекистской работой почти всех своих самых приближенных сотрудников из первого состава руководства ВЧК. Да и сам Дзержинский весной 1920 года был без отрыва от руководства всей ВЧК командирован на Украину для руководства действиями чекистов на Юго-Западном фронте по окончательному разгрому белых и повстанцев Махно, а также для создания сильной и полноценной ЧК на Украине. Здесь же, в Харькове, на Дзержинского белыми было организовано неудачное покушение в 1920 году. А еще до того в 1919 году у Дзержинского была командировка на фронт в Пермь, когда на Урале Красная армия быстро сдавала позиции наступавшему белому войску Колчака, когда колчаковцы гнали красные войска 300 километров и те смогли остановиться только уже в Удмуртии под Глазовом.
Яков Петерс долгое время был главой Туркестанской ЧК, где местный колорит и исламская религия еще долго затрудняли полное установление советской власти. Василий Манцев, бывший начальник следственного отдела ВЧК, возглавил ЧК на Украине, где прославился особенной жестокостью при «наведении порядка» на отбитых у Деникина, Петлюры и Махно территориях. На Южном фронте операциями ЧК заведовал Георгий Атарбеков, руководивший и партизанской борьбой союзных красным кавказских горцев в тылу белой армии Деникина. На Кавказском фронте – член коллегии ВЧК Карл Ландер, на Западном фронте против поляков – член коллегии ВЧК Филипп Медведь. Сюда же в качестве комиссара Западного (польского) фронта направлен Иосиф Уншлихт, вскоре возвращенный в Москву и вместо Петерса назначенный первым заместителем Дзержинского в ВЧК.
Начальник отдела по борьбе с контрреволюцией ВЧК в 1918 году Иван Полукаров тоже командирован Дзержинским на фронт, где умер от гулявшего по России тогда тифа. Александр Скороходов, недолго возглавлявший после гибели Урицкого Петроградскую ЧК, также отправлен на передовую, здесь в 1919 году попал на Украине в плен к петлюровцам и расстрелян ими на станции Жмеринка. На Украину же направлен из центра высокопоставленный чекист Пузырев, осенью 1919 года убитый здесь в бою. Один из руководителей Саратовской ЧК Сергей Афанасьев при наступлении белых отправлен на фронт в качестве представителя ЧК и комиссара, в начале 1919 года он в боях за станцию Деркуль попал в окружение, до последнего отстреливался от казаков из пулемета и, не желая попадать в плен, застрелился из личного нагана. Таких примеров героического и даже фанатичного поведения сотрудников ЧК на фронте в архивах достаточно, в эту структуру чаще всего попадали действительно верящие в большевистские идеи и преданные советской власти люди.
В 1920 году в бою с поляками погиб известный чекист Владимир Дукельский. Его родной брат Семен Дукельский тоже служил в эти годы в ЧК, но не погиб на фронтах Гражданской войны, а сделал в 20 – 30-х годах в органах госбезопасности СССР большую карьеру: он был начальником Воронежского управления ГПУ, а в 1937 году и вовсе поставлен Сталиным руководить Комитетом кинематографии Советского Союза (взамен расстрелянного тогда в репрессии главного советского «киноведа» Шумяцкого), хотя на ниве руководства кино кадровый чекист Дукельский надолго не задержался. На польском фронте в 1920 году убит и другой видный чекист – командовавший здесь всеми частями войск ВЧК при Западном (польском) фронте Петр Боревич, его застрелили польские диверсанты в советском тылу под Полоцком.
Другой известный чекист из поляков Чеслав Путовский погиб позднее в затянувшейся борьбе с басмачами на посту начальника Таджикской ЧК. Так же уже после окончания официальной Гражданской войны на Северном Кавказе в бою погиб начальник Ставропольского ГПУ Виктор Гофицкий, как говорилось в чекистских документах, «в операции по ликвидации банды Ключника под Ставрополем» (на самом деле это были восставшие от голода местные казаки и крестьяне). Первый начальник Оренбургской ЧК Семен Штыб был направлен руководить подавлением антисоветского движения горцев Кавказа, где в 1923 году погиб на операции против одной из банд в горной Чечне. В напряженной борьбе на Северном Кавказе чекисты достаточно высокого ранга гибли часто. В марте 1920 года восставшими горцами имама Нажмуддина Гоцинского убит первый начальник Дагестанской ЧК Султан-Саид Казбеков, перебежавший к большевикам из рядов местных левых эсеров.
Член коллегии ВЧК Глеб Бокий оставил пост главы Петроградской ЧК и организовывал подполье в занятом немцами Минске. Федор Фомин работал в тылу врага на Украине на нелегальном положении. Начальник Секретно-политического отдела ВЧК Сергей Уралов в конце 1919 года, в дни решающего наступления красных войск на Колчака, назначен главой ЧК по только что освобожденной Сибири. Позднее в должности главного полпреда ВЧК по Сибири его сменил другой приближенный к Дзержинскому чекист Иван Павлуновский, до того бывший заместителем начальника Особого отдела ВЧК. При всех других показателях обвинить первое поколение чекистского руководства в личной трусости или желании отсидеться в эти тревожные годы в московских кабинетах не получится. Другое дело, что многие из этих высокопоставленных командированных Дзержинским на фронты чекистов (особенно Василий Манцев с Мартином Лацисом на Украине) и здесь поощряли зверства «красного террора», да и сами в них активно участвовали.
Дзержинский и собственного племянника Романа Пилляра, взятого им в ЧК, не стал беречь в Москве и тоже командировал на фронт и для работы в тылу врага. Молодой чекист Пилляр работал нелегально в занятой немцами Литве, арестовывался германской контрразведкой, весной 1919 года при работе в тылу поляков арестован ими и приговорен к смерти, выводился на имитированный расстрел, пока не был в декабре 1919 года обменян ЧК на пленных поляков. Пилляр и затем работал в разведке в Германии, после смерти высокопоставленного дяди Феликса продолжал делать успешную карьеру в ГПУ – НКВД, был начальником НКВД по всей Средней Азии, эту карьеру прервал на должности начальника Саратовского управления НКВД арест и расстрел в 1937 году по делу о «польской организации» внутри НКВД.
