Программа строительства подводных лодок наконец начала давать свои плоды, флот получал достаточное количество новых единиц. В июне 1941 года впервые был достигнут уровень 15 новых лодок в месяц. Но не только долгое время постройки, необходимость испытаний, обучения экипажа замедляли поступление новых лодок в состав действующего флота. Верфи тратили менее половины своих ресурсов на строительство новых кораблей, что крайне огорчало Деница. Львиную долю возможностей верфей занимал ремонт и переоснащение подводных лодок и надводных кораблей. Проблемы сырья, скорости постройки, планов верфей с монотонной регулярностью возникают на совещаниях Редера с Гитлером. Однако удовлетворительная программа так и не была выработана. Гитлер всегда соглашался с Редером и обещал поддержку, но требования других видов вооруженных сил всегда получали приоритет. Морская война должна была стать основной только после завершения русской кампании, которое ожидалось осенью 1941 года.
Штаб РВМ давно высказывался в пользу действий подводных лодок в отдаленных морях, чтобы помочь надводным рейдерам. В июне 1940 года первая лодка была послана в Южную Атлантику. За ней последовали другие. Это были более крупные корабли, чем те, которые действовали в Северной Атлантике. Они должны были нарушить британское судоходство, вызвать задержки в следовании конвоев, вынудить конвои рассыпаться. Эти лодки, а также первая группа, отправленная в район Фритауна в феврале 1941 года поработали отлично. Однако тоннаж в пересчете на день пребывания в море оказался ниже, чем у лодок в Северной Атлантике из-за долгого перехода. Они пополняли запасы с судов снабжения, высланных из Германии, блокадопрорывателей из нейтральных портов и с надводных рейдеров. Хотя были отправлены новые группы лодок, Дениц настоял на том, чтобы морское верховное командование не отвлекало слишком много лодок из Северной Атлантики. Он резонно указал, что там лодки добиваются более значительных результатов, а чтобы обнаруживать конвои требуется еще больше лодок.
В июне 1941 года после похода 'Бисмарка' англичане переловили почти все суда снабжения, находящиеся в море. В июле подводные лодки лишились еще одного ценного места заправки. Под давлением британской дипломатии Испания запретила немцам использовать для этой цели Канарские острова. В результате сократилось время пребывания немецких лодок у берегов Западной Африки. До самой осени 1942 года тоннаж, потопленный лодкой за день пребывания в море, падал, так как британские противолодочные силы становились все мощнее. Наконец появились подводные лодки-танкеры, поэтому удалось послать группу лодок к Кейптауну и даже в Индийский океан, где они добились значительных успехов.
Подводные танкеры, впервые появившиеся в конце весны 1942 года были специальными подводными лодками, которые обеспечивали ударные лодки топливом, запасными частями, боеприпасами, торпедами, водой, медикаментами, оборудованием и даже людьми. В результате подводный танкер позволял ударной лодке находиться в море в 2 раза дольше.
Если подводные танкеры позволили лодкам начать действия в Южной Атлантике, весной 1943 года открылся еще один театр. Германские лодки начали действовать в Индийском океане, используя японскую базу в Пенанге, на западном побережье Малайского полуострова. Патрулирование там продолжалось до самого конца войны.
Одной из самых тяжелых проблем для Деница было постоянное стремление Гитлера и Штаба PВМ использовать подводные лодки для решения задач, к которым они были совершенно не приспособлены. Они служили в качестве метеорологических станций в Атлантике. Они охраняли побережья от вторжения, которое противник даже не планировал. Они сопровождали надводные корабли. Что самое плохое, их посылали в качестве аварийных команд на разные театры военных действий. Во всех этих случаях подводным лодкам приходилось играть роль отсутствующих надводных кораблей, авиации и даже баз. Для всех этих операций приходилось отзывать лодки из Северной Атлантики, что вызывало сокращение потопленного тоннажа. Кроме того некоторые из этих задач приводили к высоким потерям.
Обычно 2 подводные лодки в течение всей войны действовали в качестве метеорологических судов в Северной Атлантике. Это было совсем небольшое распыление сил, однако в январе 1941 года Гитлера начала всерьез беспокоить перспектива британского вторжения в Норвегию, которую он считал решающим военным театром. Он приказал собрать там все подводные лодки. Приказ был изменен, в Норвегию отправлялось всего 20 лодок, но и это стало серьезным ударом по операциям в Атлантике. В марте эти лодки были отданы в распоряжение адмирала, командовавшего морскими силами в Норвегии, что позволило наладить взаимодействие с остальными силами флота. Количество лодок в Норвегии постоянно менялось. Летом 1941 года оно сократилось, к началу 1942 года опять резко выросло, так как Гитлера снова обуяло беспокойство. Штаб РВМ согласился с Деницем, что подводные лодки должны топить как можно больше судов в Атлантике, но предупредил, что следует провести перераспределение сил, так как союзники все-таки могут высадиться в Норвегии. Подводные лодки могли решать сразу 2 задачи, одновременно нанося удары по следующим в Мурманск конвоям. Утверждения, что рост потопленного в Атлантике тоннажа есть наилучшая гарантия против всяких вторжений, и что подводные лодки не смогут отразить высадку десанта, Штаб PВМ просто отмел. А послать в Норвегию можно было только подводные лодки — других кораблей в Германии просто не имелось. Похоже, Гитлер окончательно запутался в собственной политике. Сначала он говорил о потопленном тоннаже, потом указывал на важность атак мурманских конвоев. Но совместить эти задачи было невозможно, так как эти конвои следовали редко и нерегулярно, а других целей в арктических водах просто не имелось. Подводные лодки достигли некоторых успехов в Арктике, особенно во время согласованных усилий по уничтожению конвоя PQ-17 в июле 1942, однако общий тоннаж на день патрулирования был очень низким, так как целей было мало, а сопровождение конвоев было сильным. К декабрю 1942 года количество подводных лодок в Норвегии снова сократилось, так как союзники высадились в Северной Африке.
Редеру обычно удавалось противостоять внезапно возникающим бредовым идеям Гитлера вроде постройки транспортных подводных лодок для вторжения в Исландию. Однако операции блокадопрорывателей и вспомогательных крейсеров все-таки приходилось проводить, несмотря на их более чем сомнительную ценность, так как других сил Редер просто не имел. В июне 1941 года несколько лодок были отправлены на Балтику, где они должны были помешать действиям русского флота, но в конце августа их отозвали, оставив русский флот в покое.
Самой бессмысленной и тяжелой затеей стала посылка лодок на Средиземноморский театр. С апреля по июль 1941 года Редеру удавалось противостоять требованиям Гитлера отправить лодки, чтобы помочь ведению Африканской кампании. Но в июле Гитлер решил проверить, могут ли итальянцы обеспечить надлежащую базу. В августе был отдан приказ, и, несмотря на протесты флота, в сентябре 6 подводных лодок были отправлены на Средиземное море, за ними последовали еще 6 в ноябре, а потом пришлось отправить еще несколько лодок. Такое распыление сил привело к резкому сокращению количества действующих в Атлантике подводных лодок. Дениц регулярно протестовал, как правило Редер его поддерживал, хотя и считал, что все-таки следует проявлять какую-то активность на Средиземном море, чтобы поддержать Роммеля и противостоять британскому наступлению в Северной Африке. Дениц указывал, что концентрация британского флота делает достижение успеха крайне маловероятным. Кроме того из-за господствующих течений любая подводная лодка, посланная в Средиземное море, почти не имеет шансов прорваться обратно в Атлантику, учитывая все более прочную британскую завесу в Гибралтарском проливе. К декабрю почти все лодки, имевшиеся на Атлантическом театре были сосредоточены либо на Средиземном море, либо западнее Гибралтара, так как от Деница потребовали держать в этом районе не менее 25 подводных лодок.
Подводные лодки добились определенных успехов на Средиземном море, потопив 1 линкор, 2 авианосца, пару крейсеров и несколько торговых судов, однако потери в лодках оказались очень велики из-за спокойных вод и мощных британских эскортных сил. Когда в середине декабря 1941 года подводные лодки в районе Гибралтара были освобождены для действий против судоходства на маршруте Гибралтар — Англия, они тоже не слишком преуспели, так как море здесь тоже было спокойным, а англичане резко увеличили свои противолодочные силы. Теперь у них впервые появились эскортные авианосцы. Подводные лодки уничтожили 1 авианосец, 1 эсминец и 2 транспорта, но при этом англичане уничтожили 5 лодок. В январе 1942 года пришел приказ ОКМ послать еще 2 — 3 лодки в Средиземное море. Остальные лодки из района западнее Гибралтара были передвинуты в Северную Атлантику.
США постепенно наращивали мощности своих верфей и оказывали Британии все более серьезную
