Следственная часть занималась шпионажем, антисоветскими формированиями и руководило следственной работой на периферии:
1-й отдел обслуживал оперативное управление Генерального штаба, штабы фронтов и армий. Остальные управления и отделы Генштаба, Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий.
2-й отдел — штаб ВВС, вооружение и тыл ВВС, Академии ВВС и периферийные части ВВС, ПВО, ВДВ.
3-й отдел — Главное Автобронетанковое управление, управления фронтов, армий, танковых армий, корпусов и бригад, Главное артиллерийское управление Красной Армии;
4-й отдел — руководил агентурно-оперативной работой особых органов (по родам войск) на Карельском, Ленинградском, Волховском, Северо-Западном, Калининском фронтах, в 7-й отдельной армии, резервных армиях, руководил агентурно-оперативной работой на Западном, Брянском, Юго-Западном, Южном, Северо-Кавказском фронтах, занимался борьбой с изменой, дезертирством и самострелами, организацией заградительной службы, обслуживал редакции военных газет, органы военной прокуратуры, военные трибуналы, военные академии, Центральный дом Красной Армии;
5-й отдел — Главное интендантское управление, Управления фронтов, интендантские отделы армий, Управление снабжения горючим, Главное санитарное управление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные сан. и вет-службы, Главное автодорожное управление, Главвоенстрой, Военпроект (академии);
6-й отдел обслуживал пограничные войска и учебные заведения войск НКВД, внутренние войска и войска охраны тыла фронтов, железнодорожные, промышленные и конвойные войска, органы военного снабжения войск НКВД;
7-й отдел занимался действующим учетом управления особых отделов, отчетностями фронтовых особорганов, учетом изменников, шпионов, диверсантов, террористов, паникеров, дезертиров, самострельщиков и антисоветских элементов, особым учетом изменников Родины, агентов разведки и лиц, скомпрометированных по показаниям последних, проверкой номенклатуры ЦКВКП(б), НКО, НКВМФ, шифроработников, допуском к секретной, мобилизационной работе, проверкой командируемых за границу и личного состава Красной Армии и ВМФ;
8-й отдел — агентурно-оперативное обслуживание шифроорганов, инспектированием шифроорганов особых отделов, учетом и пересылкой шифров;
9-й отдел — курировал Главный морской штаб, разведуправление ВМФ, школу разведупра, управление наркомата и учреждения центрального подчинения и их периферийные объекты, управление, штаб, узел связи ВВС ВМФ, управление ПВО ВМФ;
10-й отдел — руководил контрразведывательной работой особых органов фронтов и округов;
11-й отдел — обслуживал инженерные и химические войска, саперные армии, оборонительное строительство и войска связи;
12-й отдел — Главное управление формирований и комплектования Красной Армии.
Иван Александрович Чернов пришел на работу в органы в 1932 г. После школы НКВД занимался оперативной работой.
В 1936 г. проводил операцию в Китае: через Монголию организовывал доставку оружия для воинских частей Мао Цзэ-дуна в Яньани. Затем служил в Разведуправлении Красной Армии — помощником начальника отдела специальных операций в Генштабе. Занимался Китаем. В сентябре 1941 г. подал рапорт о направлении в Действующую армию и его вызвали в Управление особых отделов к Абакумову. Так старший батальонный комиссар Чернов впервые встретился с будущим начальником ГУКР СМЕРШ.
Абакумов в упор посмотрел на Чернова и сказал:
— Вы отстали от чекистской жизни, будете замначотделения, большего дать не можем.
Иван Александрович попытался ему объяснить, что у него три шпалы, да и все-таки работал помощником начальника отдела, мол, куда еще ниже. Но тут же понял, что говорить об этом бесполезно. «Но раз идет война — разве можно отказаться», — подумал он.
Спустя десятилетия, И.А. Чернов вспоминал: «С наступлением холодов перебрался я на Лубянку, там оставалась группа управленцев и небольшая часть оперативного состава — основные силы были эвакуированы в Куйбышев. Работали днем и ночью, спали когда придется, урывками, а мылись во внутренней тюрьме, где был душ».
А вот что вспоминал о B.C. Абакумове ветеран-особист А.И. Нестеров: «Он пришел к нам уже сложившимся чекистом. Опыта у него хватало — все-таки почти десять лет в органах. На основе мельчайших деталей не всегда, но довольно часто он делал правильные выводы и принимал верные решения. В чем ему нужно было отдать должное — хватка у него была крепкая. Он требовал беспрекословного исполнения своих указаний и уж о данных поручениях никогда не забывал и если что-то решал, от своего решения не отступал никогда, жестоко настаивая на своем. Работать с ним было нелегко, но всегда была уверенность в том, что назавтра он не скажет: «Я ничего подобного вам не поручал».
Чекисты высоко ценили Абакумова, хотя многие и побаивались его».
5 октября 1941 г. в 17 часов 30 минут члену Военного совета Московского военного округа генералу К.Ф. Телегину поступили сообщения из Подольска: комендант Малоярославского укрепрайона комбриг Елисеев сообщал, что танки противника и мотопехота заняли Юхнов, прорвались через Малоярославец, идут на Подольск. До Москвы от Малоярославца по шоссе менее ста километров. По тому времени это два с половиной часа в пути. Информация, прямо скажем, страшная. Генерал Телегин о случившемся тут же доложил в Генеральный штаб и приказал командующему ВВС МВО полковнику Сбытову проверить данные, поступившие от Елисеева. Летчики Сбытова несколько раз вылетали в сторону Юхнова и информация подтвердилась…
В это время из Генштаба доложили Верховному, потому что вскоре Телегину позвонил Берия и спросил:
— Откуда вы получили сведения, что немцы в Юхнове, кто вам сообщил?
А после доклада генерала сказал свое резюме:
— Слушайте, что вы там принимаете на веру всякую чепуху? Вы, видно, пользуетесь информацией паникеров и провокаторов.
Затем позвонил сам Сталин:
— Телегин? Это вы сообщили Шапошникову, что танки противника прорвались через Малоярославец?
— Да, я, товарищ Сталин, — ответил генерал.
— Откуда у вас эти сведения?
— Мне доложил из Подольска комбриг Елисеев. А я приказал ВВС немедленно послать самолеты и перепроверить, и еще также проверку осуществляю постами ВНОС.
— Это провокация. Прикажите немедленно разыскать этого коменданта, арестовать и передать в ЧК, а вам на этом ответственном посту надо быть более серьезным и не доверять всяким сведениям, которые приносит сорока на хвосте.
Никто не хотел верить в очевидное. Уж слишком быстро немцы подошли к столице Советского Союза.
К начальнику Управления особых отделов вызвали и полковника Сбытова. Все по тому же вопросу. Причем требование было: прибыть немедленно. Можно только представить, что он испытал, поднимаясь по этажам дома № 2 на улице Дзержинского в кабинет Абакумова.
«Когда Сбытов вошел к нему в кабинет, Абакумов резко и грозно спросил:
— Откуда вы взяли, что к Юхнову идут немецкие танки?
— Это установлено авиационной разведкой и дважды перепроверено.
— Предъявите фотоснимки.
— Летали истребители, на которых нет фотоаппаратов, но на самолетах есть пробоины, полученные от вражеских зениток. Разведка велась с малой высоты, летчики отчетливо видели кресты на танках.
— Ваши летчики — трусы и паникеры, такие же, видимо, как и их командующий. Мы такими