Летом 1996 в России состоялись президентские выборы. После нападения боевиков на Грозный 6 августа генерал Лебедь был назначен на пост секретаря Совета безопасности РФ и в этом качестве возглавил российскую делегацию на переговорах с чеченскими сепаратистами в Хасавюрте.
В августе 1996 Зелимхан Яндарбиев и Александр Лебедь в селении Новые Атаги объявили о создании наблюдательной комиссии для контроля за выполнением условий прекращения огня, а также наблюдательного совета, в который должны были войти секретари Советов безопасности Дагестана, Ингушетии и Кабардино-Балкарии. В 1996 были заключены соглашения между РФ и ЧРИ, по которым решение вопроса о статусе ЧРИ было отложено до 2001 года. Предполагался также обмен пленными по принципу 'всех на всех', о котором правозащитники дискретно сказали, что 'это условие не соблюдалось чеченцами'. В 1997 президентом ЧРИ был избран Масхадов.
После подписания Хасавюртовских соглашений мира и спокойствия в Чечне и прилегающих к ней регионах не наступило. Чеченские криминальные структуры безнаказанно делали бизнес на массовых похищениях людей, захвате заложников (в том числе официальных российских представителей, работающих в Чечне), хищениях нефти из нефтепроводов и нефтяных скважин, производстве и контрабанде наркотиков, выпуске и распространении фальшивых денежных купюр, терактах и нападениях на соседние российские регионы. После гибели Дудаева в республике стало усиливаться влияние исламских экстремистов, лозунг создания национального государства был заменен на построение исламской республики на Северном Кавказе. На территории Чеченской Республики Ичкерия были созданы лагеря для обучения боевиков — молодых людей из мусульманских регионов России. Сюда направлялись из-за рубежа инструкторы по минно-подрывному делу, специалисты по партизанской войне и исламские проповедники. Значительную роль в жизни ЧРИ стали играть многочисленные арабские наёмники. Главной их целью стала дестабилизация положения в соседних с Чечнёй российских регионах и распространение идей сепаратизма на северокавказские республики (в первую очередь Дагестан, Черкесия, Балкария).
В апреле 1997 года взорвана бомба в здании железнодорожного вокзала на станции Армавир (Краснодарский край), 28 мая 1997 года — бомба на втором этаже здания вокзала станции Пятигорск (Ставропольский край). В 1998 банда полевого командира Хаттаба произвела несколько нападений на российских военнослужащих в Дагестане.
В июне 1998 года президент Ичкерии Масхадов после столкновений между своими сторонниками и религиозными экстремистами в Гудермесском районе объявил ваххабизм в ЧРИ вне закона. Был выпущен указ о запрете всех проповедующих данное учение общественно-политических организаций, в том числе ряда работавших в Чечне саудовских и кувейтских религиозных фондов. Однако реализовать запрет не удалось, так как экстремистов поддержали Басаев и Яндарбиев. В марте 1999 был осуществлён взрыв на Центральном рынке Владикавказа, в результате которого произошли многочисленные человеческие жертвы.
В августе 1999 с территории ЧРИ отряды полевых командиров Басаева и Хаттаба вторглись на территорию Дагестана. Ожесточённые бои продолжались свыше трёх недель. Официальное правительство ЧРИ, неспособное контролировать действия различных вооружённых группировок на территории Чечни, отмежевалось от действий Шамиля Басаева, но практических действий против него не предприняло.
После разгрома отрядов Шамиля Басаева и Хаттаба российские федеральные войска, продолжая их преследование, были введены в ЧРИ. Началась вторая чеченская кампания.
Руководители сепаратистов не раз заявляли о намерении перенести войну на российскую территорию. Поэтому, когда с началом второй чеченской кампании произошла Москве (9 и 13 сентября 1999 г.) и Волгодонске (16 сентября 1999 г.), эти преступления потрясли Россию и мир. Первые данные расследования этих взрывов показали, что теракты организованы карачаевскими и дагестанскими ваххабитами, которые были связаны с арабскими наёмниками, осуществившими нападение на Дагестан. Теракты способствовали появлению массового убеждения, что за ними стоят чеченские сепаратисты.
B 2001 году, по завершении второй чеченской кампании, были проведены «выборы» (инсценировка выборов) президента Чеченской Республики как субъекта РФ. Президентом стал перешедший на сторону федеральной власти Ахмат Кадыров.
9 мая 2004 Ахмат-хаджи Кадыров-старший погиб в результате теракта. Его преемником стал Алханов.
В марте 2005 президент самопровозглашённой Ичкерии Масхадов был уничтожен в ходе спецоперации. Также существует мнение, что он был уничтожен не в ходе отдельной операции спецслужб, а ранее, затем его тело было подброшено в подвал одного из домов.(? тело было снято вне пределов населенного пункта, в лесном лагере) Федеральные силы заявили, что уничтожили его в результате спецоперации, проведённой российскими войсками в селении Толстой-Юрт под Грозным. Полномочия президента Ичкерии перешли к вице-президенту Садулаеву.
В июне 2006 президент самопровозглашённой Ичкерии Абдул-Халим Садулаев был убит в результате спецоперации, проведённой российским ФСБ и чеченским спецназом в городе Аргун. Полномочия президента Ичкерии перешли к вице-президенту Умарову. Его заместителем стал Басаев. В июле 2006 Басаев был убит в результате взрыва сопровождаемого им грузовика со взрывчаткой. По версии ФСБ, взрыв стал следствием спецоперации, хотя источники, связанные с чеченскими сепаратистами, склонны утверждать о случайности и неосторожном обращении со взрывчаткой.
В феврале 2007 года А.Алханов ушёл с поста президента (формально по собственному желанию). Обязанности президента возложены на премьера Кадырова (младшего сына Ахмата Кадырова), который командует республиканскими силовыми структурами.
Тем временем на территории республики и соседних регионов сохраняется диверсионная и террористическая активность сепаратистов.
В период контроля территории региона сепаратистами в Чечне работали рынки рабов: в Грозном и Урус-Мартане, где продавали людей, в том числе, похищенных из других российских регионов. В документальном фильме 'Рынок рабов' телекомпании «ВИД», снятого на основе свидетельств заложников, рассказывается об обстоятельствах похищения и жизни в плену. Заложники похищались из Северного Кавказа, Ростова, Волгограда, Москвы. В частности, в фильме упоминается случай, когда в Урус-Мартане был сделан заказ на '17-летнюю блондинку, ростом 172 сантиметра, с третьим размером груди, девственницу'. Через неделю девушка была похищена в Новороссийске и привезена в Чечню. Места ('зинданы'), где содержались рабы, были оборудованы решётками, цепями, нарами, окошками для подачи еды. По данным авторов фильма, в зинданах Грозного и Урус-Мартана содержалось более 6 тысяч человек. Поводом для съёмок фильма стало похищение в Чечне журналистов Ильяса Богатырева и Владислава Черняева.
По оценкам Тишкова, в Чечне за 1990-е годы более 46 тысяч человек обращено в рабство или использовалось на принудительных работах [
Правящая группировка сепаратистов в своей информационной политике пропагандировала антисемитизм. (Вахаев Л. Политические фантазии в современной Чеченской республике] // Чечня и Россия: общества и государства. Сборник материалов к конференции, 1999). Историк Лема Вахаев приводит один из
