Двигатели АЛ-21Ф-3 и Р-29Б-300 отличались высоким расходом воздуха (до 105 кг/сек), что предъявляло особые требования к состоянию лопаток компрессора. Их предписывалось регулярно осматривать, для чего в нишах основных стоек МиГ-23БН имелась пара специальных люков, как раз по размеру головы. На практике ими пользовались редко (для открытия люка требовалось отвернуть дюжину тугих винтов), добираясь ко входу в двигатель привычным путем – через воздухозаборник, что требовало известной ловкости (выбираться приходилось ногами вперед, а протискиваясь в тесном канале зимой, приходилось снимать верхнюю одежду). У МиГ-23Б такой способ осмотра вообще был основным, так как входное устройство двигателя АЛ-21Ф-3 находилось в стороне от люков.
Мощные двигатели обеспечили МиГу репутацию 'пылесоса', способного втянуть всякий залежавшийся предмет, а то и сорвать шапку и рукавицы, что случалось не однажды. Несколько раз в компрессор всасывало даже чеки с висевших на крыльевых узлах бомб, после чего их стали ставить только с наружной стороны, подальше от воздухозаборника. Однажды произошел исключительный случай, когда у летчика, рулившего с приоткрытым фонарем, из кабины вытянуло секретную карту, тут же нырнувшую в двигатель.
В эксплуатации двигатель АЛ-21Ф-3 отличался крайне малым расходом масла. Удачная конструкция и технологическое исполнение позволяли заправлять его маслосистему не чаще раза в несколько месяцев. В двигателе Р- 29Б-300 использовалось токсичное масло ВНИИНП-50-1-4Ф, едкое при попадании на кожу (оно разъедало даже изоляцию электрожгутов), а его пары были токсичны для дыхания, что было особенно ощутимо после привычных МС-8 и МС-20, которыми даже мыли руки после грязной работы – масла неплохо смягчали кожу! АЛ-21Ф-3 эксплуатировался на синтетическом масле ИМП-10, хорошо служившем и в жару, и в холод. Масло не давало осадка, не коксовалось и впоследствии было введено в качестве унифицированного для обоих двигателей.
К достоинствам АЛ-21Ф-3 относились также удобство подходов к агрегатам, тщательное исполнение всех уплотнений, стыков магистралей и 'опрятный' внешний вид. Однако двигатель с 'мягкими' титановыми лопатками компрессора был крайне уязвим к попаданию даже мелких камешков и мусора с полосы: из-за малых радиальных зазоров по корпусу они могли привести к поломке, малейшие забоины на лопатках не допускались., и в этом случае двигатель однозначно требовалось снимать и отправлять в ремонт. Р-29Б- 300 был более 'терпимым' к попаданию посторонних предметов, без особых последствий пропуская даже мелкий мусор, разлетавшийся на 1-й ступени компрессора и беспрепятственно проскакивавший весь двигатель. После зачистки забоин и вмятин на лопатках, попадавших в разрешенный допуск, двигатель мог служить дальше. Замена двигателя оставалась процедурой грязной, тяжелой и трудоемкой, требовавшей расстыковки самолета, проводки управления, трубопроводов и арматуры его систем (впрочем, то же относилось и к любой другой машине подобной схемы, от МиГ-21 до Су-17). В ходе войсковых испытаний отмечалось, что процедура занимает 175 человеко-часов силами пятерых техников и еще четырех специалистов групп обслуживания по системам. На практике, с учетом занятости техсосотава повседневными делами, замена двигателя на самолете затягивалось на 3-4 рабочих дня.
Помимо 722-го апиб, МиГи-бомбардировщики получил 642-й апиб в Вознесенске (ОдВО). Этот полк был известен тем, что в 1 961 году первым в ВВС освоил новейшие тогда Су-7Б. На базе полка проводились войсковые испытания самолета и после пятнадцатилетней службы машин этого типа полк имел наибольший опыт эксплуатации истребителей-бомбардировщиков Сухого. Предполагалась их замена на Су-17, однако, в конце концов, полк перешел на МиГ-23БН и МиГ-27.
Служба МиГ-23Б и БН в 722-м и 642-м апиб продолжалась недолго. С 1975 года на смену им стали поступать новые МиГ-27, а прежние машины полки сдавали в части на востоке страны. В других объединениях советских ВВС ими были оснащены 129-й апиб в Талды-Кургане (САВО) и 58-й апиб в Степи (ЗабВО). Полк в Степи принял эстафету у 722-го апиб весной 1975 года, когда в него перегнали МиГ-23Б из Смуравьево, одновременно пополнив десятком новеньких МиГ-27 с завода. В течение десятилетия 58-й апиб летал смешанным составом на МиГ-27 и МиГ-23Б. В середине 80-х в полку первая эскадрилья летала на МиГ-27Д, а вторая на МиГ-23Б. Самолет не доставлял особых хлопот летному и техсоставу. Двигатель был слегка капризен при запуске в жаркую погоду, а грязезащитный щиток на носовой стойке в ходе эксплуатации был снят со всех машин, поскольку выяснилось, что вопреки ожиданиям, он лишь усиливал подьем грязи и увеличивал шансы на попадание ее в воздухозаборник двигателя (по той же причине лишились щитка и большинство МиГов- истребителей). За последние годы эксплуатации имело место одно летное происшествие на Миг-23Б – невыход носовой стойки шасси при заходе на посадку. После длительной эксплуатации в механизме закрытия створок появились большие люфты, своевременно не выявленные. При уборке шасси одна из створок 'провалилась', а при попытке выпуска шасси она заклинилась. Летчик эволюциями самолета пытался вытолкнуть стойку, но безуспешно. В такой ситуации, по инструкции, необходимо было, убрав основные 'ноги', садиться на брюхо. Однако летчик поступил иначе и, в нарушение рекомендаций, посадил машину на две ноги. Самолет получил небольшие вмятины на брюхе и на следующий день уже был в строю.
В эксплуатации первые МиГи-бомбардировщики заслужили хорошую репутацию и положительные отзывы летчиков и техников, уважительно относившихся к 'ладно скроенному' и надежному самолету. Служба 'бэшек' в полку продолжалась до 1986 года, когда самолеты стали списывать и передавать на местную базу хранения, заменяя МиГ-27М и МиГ-27Д. В 1988 г. эксплуатация всех МиГ-23Б и БН в ВВС была прекращена.
К концу 1974 года иркутский завод дал первые полсотни МиГ-23БМ (далее по тексту МиГ-27), необходимые для комплектования одного авиаполка. В отличие от обычной практики, когда перевооружение велось постепенно, с поэскадрильным переходом частей на новый тип, что упрощало работу предприятиям МАП и позволяло не снимать полки с боевого дежурства, было принято решение разом перевести на новый самолет целый полк, с тем, чтобы на его базе в полном объеме провести войсковые испытания. В их ходе предстояло оценить эксплуатационную пригодность машины, собрать необходимую статистику по надежности самолета, систем и оборудования в повседневной работе, выявить особенности в обслуживании, недоработки и конструктивно-производственные недостатки (ответственность за КПН возлагалась на разработчика и завод- производитель, а предыдущие этапы доводки самолета обычно все их не искореняли – опыт и квалификация испытательных бригад, работавших в тесной связи с конструкторами и способных на месте устранять дефекты, были существенно выше среднего уровня строевого состава и сложившаяся процедура войсковых испытаний как раз была направлена на 'отлов' КПН с принятием мер промышленностью – доработками конструкции, изменениями в серии и изменением регламента эксплуатации). Параллельно отрабатывались организационные мероприятия при работе с новой техникой – методики подготовки, штаты, нормативы и наряды сил на обслуживание, проводился хронометраж операций с выявлением 'узких мест'.
