Летные характеристики самолета значительно улучшились, J 35D стал первым серийным вариантом, достигшим в горизонтальном полете значения скорости М=2. Кроме улучшения летных характеристик, установка более мощного двигателя позволила увеличить вес нагрузки на внешних узлах подвески до 2 200 кг.
Изменения в составе радиоэлектронного оборудования включали новый автопилот Saab FH5, радиолокатор Ericsson PS-ОЗ, совмещенный с модернизированной системой управления оружием S7A. Внешне вариант D отличался удлиненными каналами воздухозаборников и измененной верхней частью киля.
Первый образец J 35D, созданный но базе планера J 35А, взлетел 27 декабря 1960 года. Серийное производство началось в 1962 году, поставка в Flygvapnet — в следующем году. Задержки в поставках РЭО привели к тому, что первая партия из тридцати J 35D, выпущенная в 1962 году, не оснащалась радиолокаторами.
Самолеты второй производственной серии, выпущенные в период с 1964 по 1965 год (девяносто самолетов с номерами 35305- 35328), получили обозначение J35D1. Третья производственная серия (серийные номера 35329- 35393), получившая обозначение J35D2, была оснащена полным комплектом радиоэлектронного оборудования, включая радиолокатор PS-03A, систему управления оружием S7A FCS и автопилот 05.
Самолеты Saab J 35D, поступившие на вооружение с неполным составом электронного оборудования, в дальнейшем прошли модернизацию и стали соответствовать стандарту D2, после чего необходимость в делении на типы пропала, и самолеты получили единое обозначение J 35D. Модификации затронули не только радиоэлектронное оборудование. Было также установлено катапультное кресло 73SE-F, обеспечивающее аварийное покидание самолета во всем диапазоне высот и на скоростях выше 100 км/ч. Позднее на все 'Дракены' установили катапультное кресло RS35 класса '0–0'.
Следом за J 35D был выпущен разведывательный вариант — S 35Е (S Spaning разведчик, Е или Erik пятый тип). Первый J 35Е (серийный номер 35901), переделанный из J35D, взлетел 27 июня 1963 года, за ним последовал серийный самолет, совершивший первый полет 13 мая 1965.
За исключением установки фотокамер и демонтажа вооружения S 35Е мало отличался от J 35D. С другой стороны, размещение громоздких фотокамер в носовой части 'Дракена' стало серьезным вызовом инженерным талантом конструкторов. Французская фирма OMERA/Segid доработало камеру OMERA 31 под требования инженеров Saab, что сделало возможным компоновку пяти камер в носовой части самолета. Для обеспечения удобного доступа к разведывательному оборудованию носовой конус монтировался на направляющих и сдвигался вперед. В корневой части крыла вместо пушечного вооружения разместили две длиннофокусные камеры SKa 24-600. Обзор вниз из кабины обеспечивался перископом (своеобразный аналог видоискателя фотокамеры), а рекодер позволял записывать комментарии пилота и фиксировать данные о местоположении самолета, курсе и высоте полета. Разведывательный вариант оснащался новой навигационной системой и системой оповещения об облучении РЛС. В хвостовой части фюзеляжа на воздухозаборниках охлаждения форсажной камеры разместили кассеты выброса ложных целей. Для обеспечения возможности ночной съемки предусматривалась подвеска восьми магниевых осветительных бомб. На крыльевом пилоне устанавливался контейнер со средствами радиопротиводействия.
В период с 1965 по 1966 год 30 Saab S 35Е (номера 36902-35931) были поставлены Flygwapnet. Начиная с серийного номера 35912, самолеты оснащались выпуклым фонарем кабины пилота, более мощным двигателем RM6C с форсажной камерой ЕВК 67 и новой моделью катапультируемого кресла Saab RS35 класса '0–0'. В период с осени 1966 года на базе планера J 35D (номера 35932-35960) было выпущено еще 29 S 35Е.
Стандартное оснащение разведывательного 'Дракена' включало четыре подвесных 500-литровых бака. Полеты предполагалось осуществлять на малых высотах и больших крейсерских скоростях. Использование таких режимов ' неожиданно выявило дефекты, которые при обычной эксплуатации встречались крайне редко. Прежде всего, это были проблемы, связанные с отказами двигателей RM 6С, у которых участились случаи появления трещин и разрушения лопаток турбины.
S 35Е шведских ВВС находились в строю до 1979 года. В начале 70-х самолеты прошли модернизацию и получили улучшенный комплект фо тооборудования и возможность подвески на центральном фюзеляжном пилоне контейнера Vinlen Blue Baron для проведения ночной съемки.
