продолжалась до самой войны.
С началом военных действий в июне 1941 года и приближением фронта ситуация в городе становилась все более напряженной. Призываются в армию военнообязанные, идет запись добровольцев, среди которых много девушек. 28 июня объявляются трудовая и гужевая повинности. Мужчины от 16 до 50 лет и женщины до 45 лет привлекаются на работы по возведению оборонительных сооружений. Тогда же начинаются дежурства местной ПВО, установлены сигналы воздушной и химической тревоги. Спешно эвакуируют предприятия, вывозят музейные ценности, а все, что вывезти невозможно, прячут в парках города. Пятого июля в небе над городом и районом появились первые немецкие бомбардировщики и стали поступать сообщения об авиаударах. С начала августа в Гатчине вводится карточная система распределения продовольствия и других товаров, начинает ощущаться их нехватка.
Тринадцатого сентября 1941 года из города начинают выходить части Красной армии, и их отход прикрывает 267-й Отдельный пулеметно-артиллерийский батальон, первым вступивший в бой с передовыми частями немецких войск на улицах Гатчины. Часть солдат из прикрывавших групп не смогли выбраться из города и были захвачены немцами в плен, в том числе и командир одной из них А.С. Григории, которого оккупанты вскоре казнили.
Заняв город, немцы начинают здесь обустраиваться: меняют названия улиц, таблички с которыми вывешиваются на немецком языке, занимают лучшие здания под различные военные и административные органы управления, даже на Коннетабль водружают свастику вместо шара. В городе действует комендантский час. Распоряжение оккупационных властей вывешиваются на заборах и стенах домов на немецком и русском языках, а репрессивная машина фашистов работает в Гатчине в полную силу — здесь было устроено несколько концентрационных лагерей. Самый большой имел название «Дулаг-154» и располагался в разных частях города. Сюда помещали в основном военнопленных, многие из которых умирали от голода или были там расстреляны. Зимой 1942 года смертность в лагере достигала 140–170 человек в день, а вспыхнувшая эпидемия тифа лишь усугубила ситуацию. Существовали и лагеря смерти для гражданских лиц, например печально известный концлагерь в поселке торфоразработок. С началом деятельности партизанских отрядов и подпольных групп рядом со зданием Съезжей части была сооружена виселица, где казнили пойманных подпольщиков. Антифашистское движение в Гатчине было представлено группами: на базе партизанских отрядов (группы Н.В. Разумихина, И.А. Рыбакова, П.П. Явдосюка, и др.); молодежи (группа «Двадцати пяти»); рабочих железнодорожного депо (группа М.Н. Гринкина, и др.) и врачей местной больницы (группа Н.А. Поклонова, A.M. Дашенко, М.В. Олейниковой).
Самой многочисленной была подпольная группа Николая Васильевича Разумихина, в составе которой в разное время находилось более ста человек. Одной из задач группы была расклейка по городу листовок и газет, которые сбрасывались с самолетов за городской чертой. Вторым важным направлением борьбы с оккупантами были саботаж при ремонте немецких вооружений и порча техники, что было возможно, так как многие участники группы работали в ремонтных мастерских. Члены группы похищали оружие и боеприпасы, выносили с немецких складов продовольствие, и все это переправлялось партизанским отрядам, действующим в районе. Перевалочной базой служила мастерская по изготовлению гробов, которой руководил Николай Бабкин. В 1943 году группа Разумихина была раскрыта немецкой контрразведкой. Этому содействовал предатель, внедренный к подпольщикам. Группа была разгромлена — в живых осталось менее половины ее состава, а ее руководители — казнены.
30 июня 1942 года в парке Сильвия были расстреляны двадцать пять юношей и девушек, комсомольцев-подпольщиков, схваченных по доносу предательницы. В тот день фашисты казнили Надежду Федорову, Александра Дрынкина, Евдокию Потапову, Катю Шилову, Валю Дмитриеву, Игоря Иванова, Ивана Максимкова, Алексея Николаева, Алексея Орлова, Бориса Соколова, Мишу Лебедева, Мишу Матвеева, Сергея Степанова, Бориса Мавринского, Колю Александрова, Юрия Черникова, Мишу Завалейкова, Алексея Куприянова, Александра Гололобова, Анатолия Баринова, Василия Раевского, Григория Горбачева, Евгения Крушельницкого, Костю Ловинецкого, Ивана Клочьева.
Началось все с того, что 26 июня полевой жандармерией была задержана за кражу на рынке женщина, которая назвалась Верой и оказалась закоренелой преступницей. Зная, что оккупационные власти больше интересуются подпольщиками и партизанами, она заявила, что может раскрыть подпольную группу, действующую в городе и планировавшую перейти в состав какого-нибудь партизанского отряда. Вскоре было арестовано двадцать пять молодых людей. До сих пор многое в деятельности этой группы покрыто тайной. Из разрозненных свидетельств и показаний в послевоенное время было установлено, что инициатором создания молодежного подполья выступила Александра Дрынкина, в чьей комнате в доме на улице Радищева собирались ее знакомые. Там было принято решение похитить немецкое оружие и пробираться к партизанам. Судя по документам, единого руководства у подпольщиков не было. Так, когда к ним примкнул Сергей Степанов, то вокруг него образовалась еще одна группа из десяти человек, остававшаяся в составе большого подполья. Связь между членами группы осуществлялась по большей части через Надю Федорову, местную жительницу, сумевшую устроиться на работу в немецкую комендатуру. Кроме этого, Надя собирала сведения обо всех передвижениях немецких войск в пределах города и передавала их разведке фронта. Много было сделано молодыми патриотами, а могло быть сделано еще больше, если бы не предательство. Установить личность уголовницы Веры смогли только в 1967 году. Ею оказалась некая Воронцова. По приговору суда, проходившего в Гатчинском дворце культуры, она была расстреляна.
После войны город и его парки пришлось восстанавливать буквально из руин. В 1944 году, когда в Гатчину вошли наши войска, там от более чем 50-тысячного довоенного населения осталось менее 3800. Историк В.К. Макаров писал в своем дневнике: «26 февраля. Поездка в Гатчину. Автобус у Дома ученых… (зам. митрополита, Белехов, Доброклонский, Балаева, фот[ограф] Величко…). Мозинские ворота — целы. Ингербургские — стоят столбы с трофеями, сгорели, нет створок. Все здания по проспекту Павла I сгорели. Госпиталь не сгорел. Кирха сгорела, разрушена. Адмиралтейские ворота — в целом сохранились, вензель Павла на решетке, Павильон Венеры — снаружи цел. <…> Мост у Коннетабля — спешной работы. Александровские ворота — увы, взорваны целиком, Коннетабль стоит без острия (на нем была свастика)… Смоленские ворота — сильно разрушен один столб… Кирасирские казармы сгорели… Дворец сгорел, за исключением части Кухонного каре… Фасад и площадь, и церковь… Бренновские комнаты… Полная гибель стенного… Березовый домик (не видел, говорят, разобран)… Орловский обелиск стоит… По парку не ходили».
Погиб в огне войны старый Варшавский вокзал, и вместо него по проекту архитектора Д.П. Бурышкина было построено новое здание в стиле неоклассицизма. Центр одноэтажного здания, фасад которого обращен на привокзальную площадь, выделен объемной двухуровневой частью с фронтоном и выступающей полукруглой колоннадой, стилизованной под триумфальную арку. Верхнюю часть центра венчает скульптурная композиция с ниспадающими знаменами. Прямоугольные окна крыльев здания декорированы пилястрами и простым наличником. Края вокзала, так же как и центр, выделены ризалитами меньшей высоты. Боковые фасады здания украшены классическими портиками. Противоположный, выходящий на платформу, фасад аналогичен главному фасаду вокзала, только центральная часть в виде арки решена в ином ключе. Вместо одной центральной колоннады арка украшена двумя симметричными двухколонными портиками с треугольным фронтоном. Стены арки украшены легкой рустовкой, а пролет венчает рельефный замковый камень. Завершает центральную часть карниз, над которым сформирован высокий аттик, увенчанный скульптурной композицией из знамен.
