Отношения со студентами, которые безоговорочно доверяли не разделявшему их убеждений, но абсолютно благородному и сочувствующему их положению профессору, имели для него и оборотную сторону. Студенты видели в нем своего защитника и посредника в отношениях с начальством, что в свою очередь вызывало к нему недобрые чувства среди тех, кто призывал не церемониться с бунтовщиками. По университету то и дело начинали распространяться слухи, что Дмитрия Ивановича вот-вот уволят, и это делало атмосферу вокруг него еще более тревожной. Во время его длительных поездок в Донбасс ректорату даже пришлось вывесить на видном месте объявление, информирующее, что профессор Менделеев находится в научной командировке. Бесконечная война студентов со «старым миром» действовала на Дмитрия Ивановича угнетающе:
В 1884 году противники действовавшего с 1863 года либерального университетского устава сумели добиться его отмены. Взамен пироговского проекта устава, с его концепцией триединства воспитания, образования и науки, был принят диаметрально противоположный ему проект графа Толстого. Помимо нелепых изменений в учебном процессе, новый устав отменял выборное начало при назначении ректора, декана и профессоров, а самих профессоров объявлял, по сути, посторонними лицами, допущенными к чтению лекций. Студенты также считались «отдельными посетителями университета», которым запрещалась любая корпоративная деятельность. Была повышена плата за обучение, что еще больше затрудняло прием студентов из бедных слоев общества. Наконец, студентов вновь обязали носить форменную одежду, чего не был уже много лет. Этих мер хватило всего на три года относительного затишья.
В марте 1887 года полиция арестовала троих студентов университета с самодельными бомбами, предназначенными для покушения на Александра III. Царя вместе с семьей хотели взорвать во время богослужения. Среди них был один из лучших учеников Менделеева Александр Ульянов. Дмитрию Ивановичу принадлежат слова о том, что он ненавидит революцию уже только за то, что она забрала у науки двух самых талантливых его учеников — Ульянова и Кибальчича. Немедленно вслед за этими арестами к университету были применены совершенно чудовищные санкции, отнюдь не придуманные самим правительством, а предложенные в специальном проекте профессором М. И. Владиславлевым. Первым делом министр просвещения И. Д. Делянов (автор «циркуляра о кухаркиных детях», предписывавшего не принимать в гимназию «детей кучеров, прачек, мелких лавочников») потребовал от руководства университета предоставить ему список 800—1000 студентов, которых можно отнести к недостаточно обеспеченным слоям населения. Студенты, испугавшись, что их могут зачислить в голоштанные революционеры, в массовом порядке стали отказываться от получения стипендий. Узнав, что его требование вызвало бурное обсуждение в совете университета, министр немедленно уволил ректора И. Е. Андриевского, деканов Н. А. Меншуткина и Ю. Э. Янсонса. Секретари физико-математического и юридического факультетов сами отказались от своих должностей. Новым ректором был назначен Владиславлев, который немедленно приступил к чистке. 126 студентов, вернувшись к началу учебного года на занятия, узнали о том, что они отчислены лично ректором. Всем, кто намерен был поступать на первый курс, нужно было иметь свидетельство о благонадежности от директора гимназии, а иногородние могли стать студентами только в том случае, если имели возможность жить у родственников, дававших подписку постоянно наблюдать за приезжими. Плата за обучение была повышена до 25 рублей, не считая еженедельной оплаты посещенных лекций того или иного профессора. Стремление ректора сократить (если не убить вообще) новый набор увенчалось успехом: в 1887/88 учебном году было набрано всего 200 новых студентов вместо 650.
Ситуация в университете вызывала у Дмитрия Ивановича приступы всё более усиливавшегося пессимизма. Отвращение к происходящему заставило его отказаться от места штатного профессора, которое он мог занять после смерти в августе 1886 года Александра Михайловича Бутлерова, уход которого он тяжело переживал. Такое решение было им принято даже несмотря на то, что средства, отпускаемые на оплату труда сверхштатных профессоров, как и все университетские финансы, теперь контролировал лично Владиславлев — холуй перед начальством и хам по отношению к профессорам, приват-доцентам и лаборантам. Владиславлев открыто подозревал их всех в подстрекательстве студентов к неповиновению.
В начале декабря питерские студенты были взбудоражены слухами о беспорядках в Московском университете, при подавлении которых оказались убитые и раненые. Эта новость стала последней каплей, переполнившей чашу их терпения. И без того разгневанные недавним увольнением своего любимца профессора истории русской литературы О. Ф. Миллера и упорными слухами, что Владиславлев после Рождества устроит массовое отчисление из университета, студенты, наплевав на запреты, стали собираться на бурные сходки. Владиславлев ответил вызовом полиции, которая стала являться в университет ежедневно, как на работу. Студентов никто не желал слушать, положение складывалось патовое. Тогда группа из двадцати профессоров призвала ректора и министра прекратить занятия в университете. Их голос хотя и не сразу, но все-таки был услышан, университет закрыли до конца января. За это время злопамятный Владиславлев отчислил еще 80 студентов…
Менделеев не принимал участия в этих событиях. В нем всё более крепло желание покинуть университет, на глазах превращавшийся из храма свободы и знаний в место бескомпромиссной и беспринципной борьбы. Он понимал, что рано или поздно это решение будет им принято. Впрочем, масштабы внутреннего бедствия были для профессора Менделеева значительно более разрушительными, если не сказать убийственными, о чем свидетельствует тот факт, что летом 1888 года он вновь начал думать об уходе из жизни и составил новое завещание. Лишенный возможности отвратить студентов от бунтарских действий (Владиславлев запретил профессорам контактировать со студентами вне лекций, оставив это право только за собой; правда, воспользоваться им он не мог по той причине, что разъяренные студенты, увидев приближение ректора, кричали «вон!» с таким чувством, что он тут же бежал за полицией) или хотя бы объяснить чиновникам от просвещения суть студенческих требований, он, слава богу, нашел в себе силы отогнать черные мысли и с головой уйти в свои исследования растворов, выведение закономерностей промышленного развития и море других дел, которых по-прежнему жаждала его творческая натура. Внешне его жизнь, если не считать университетских событий, была насыщена вполне оптимистическим содержанием. Научная работа, командировки в конце 1880-х годов сопровождались следовавшими буквально один за другим знаками признания его заслуг в разных странах мира: от Общества естествоиспытателей Брауншвейга, Югославянской академии наук и искусств, Американской академии искусств и наук, Королевской академии наук в Копенгагене и, конечно, особо ценимыми им английскими наградами и почетными званиями.
В ноябре 1888 года он получает редкое, а по отношению к русскому ученому исключительное, приглашение прочесть в Королевском институте Великобритании лекцию на тему по своему выбору. Зная сложности Менделеева с английским языком, британцы предложили следующий выход: известный ученый- механик Вильям Андерсон, в совершенстве знающий русский язык (в молодости он жил и учился в Петербурге), берется самым бережным образом перевести его лекцию, а виднейший член Королевского института, кембриджский профессор химии Джон Дьюар, готов прочесть ее в присутствии русского коллеги. Менделеев с радостью согласился. Темой лекции он избрал приложение третьего принципа Ньютона к
