10 декабря 1953 года Президиум ЦК КПСС на своем заседании утвердил проект обвинительного заключения, текст сообщения «В Прокуратуре СССР», а также проект указа Президиума Верховного Совета СССР об образовании и составе Специального присутствия Верховного суда СССР. Согласно обвинительному заключению, суду подлежали бывшие министры: внутренних дел СССР Л. П. Берия: государственной безопасности, а перед арестом — Государственного контроля СССР В. Н. Меркулов; внутренних дел Грузинской ССР В. Г. Деканозов; внутренних дел Украинской ССР П. Я. Мешик; первый заместитель министра внутренних дел СССР Б. З. Кобулов; начальник 3-го управления МВД ССР С. А. Гоглидзе и начальник следственной части по особо важным делам МВД СССР Л. Е. Влодзимирский.
Из восьми судей только двое имели отношение к органам юстиции: Е. Л. Зейдин, первый заместитель председателя Верховного суда СССР и Л. А. Громов, председатель Московского городского суда. Остальные являлись партийными или профсоюзными функционерами (Н. А. Михайлов — секретарь Московского обкома КПСС, Н. М. Шверник — председатель ВЦСПС, М. И. Кучава — председатель Грузинского республиканского Совета профсоюзов), военными (И. С. Конев, Маршал Советского Союза — председатель Специального присутствия; К. С. Москаленко, генерал армии), а также К. Ф. Лунев — первый заместитель министра внутренних дел СССР (ранее заведующий административным отделом Московского обкома партии).
Включение в состав Специального присутствия генерала армии Москаленко, который не только арестовывал Берию, но и принимал непосредственное участие в следственных действиях, являлось грубейшим нарушением уголовно-процессуального законодательства и ничем не было оправдано. Почему Руденко не протестовал против этого — не понятно. Ведь если бы поручили эту функцию любому иному военачальнику, ничего не изменилось бы в судьбе Берии и его соучастников. Видимо, это была прихоть Хрущева или какого-то другого партийного «босса». Более того, после суда Москаленко принимал участие в расстреле Берии. Чтобы один и тот же человек арестовывал, вел следствие, судил и приводил приговор в исполнение — такого не было даже во времена «скорострельной юстиции» при Сталине.
Все преданные суду лица обвинялись по статьям Уголовного Кодекса РСФСР, предусматривающим ответственность за государственные (контрреволюционные) преступления, в частности по ст. 58-1, п. «б» (измена Родине, совершенная военнослужащими), ст. 58-8 (совершение террористических актов), ст. 56-11 (организационная деятельность, направленная к подготовке или совершению контрреволюционных преступлений), а Берия, кроме того, еще и по ст. 58-13 (активные действия или активная борьба против рабочего класса и революционного движения, проявленные на ответственной или секретной (агентура) должности при царском строе или у контрреволюционных правительств) и по ч. 2 Указа Президиума Верховного Совета СССР от 4 января 1949 года «Об усилении уголовной ответственности за изнасилование». Все статьи Уголовного Кодекса о контрреволюционных преступлениях предусматривали высшую меру уголовного наказания — расстрел, с конфискацией имущества.
В сообщении «В Прокуратуре СССР» отмечалось: «Следствием установлено, что Берия, используя свое положение, сколотил враждебную Советскому государству изменническую группу заговорщиков, ставившую своей преступной целью использовать органы Министерства внутренних дел как в центре, так и на местах против Коммунистической партии и правительства СССР в интересах иностранного капитала, стремившуюся в своих вероломных замыслах поставить Министерство внутренних дел над партией и правительством для захвата власти и ликвидации советского рабоче-крестьянского строя в целях реставрации капитализма и восстановления господства буржуазии». Берии инкриминировалось то, что он продвигал на руководящие должности в Министерство внутренних дел участников заговорщической группы, подвергал преследованиям и гонениям честных работников МВД, саботировал, мешал проведению важнейших мероприятий партии и правительства, пытался оживить остатки буржуазно-националистических элементов в союзных республиках, посеять вражду и рознь между народами СССР, поддерживал преступные связи с иностранными разведками. Берия и его сообщники, по версии следствия, совершили ряд изменнических актов, пытаясь ослабить обороноспособность Советского Союза, а также террористических актов. Берия, как отмечалось в сообщении, обвинялся и в иных преступлениях, свидетельствующих о его глубоком моральном падении.
Суд состоялся в помещении штаба Московского военного округа, где содержался после ареста Берия. Судебное заседание открылось 18 и закончилось 23 декабря вынесением смертного приговора всем подсудимым. В день окончания суда приговор был приведен в исполнение в присутствии Генерального прокурора СССР Руденко.
После расследования дела Берии Роман Андреевич вплотную занялся и другими «одиозными» материалами. В тюрьмах тогда сидели Абакумов, Рюмин, Рапава — бывший нарком государственной безопасности Грузии, а затем министр юстиции этой республики (он был арестован при Сталине по делу о так называемой мингрельской националистической группы, после освобождения с апреля по июнь 1953 года занимал пост министра государственного контроля Грузинской ССР; вторично арестован в августе 1953 года), Рухадзе — бывший министр государственной безопасности Грузинской ССР, арестованный в 1952 году; Надария — телохранитель Берии и многие другие лица, так или иначе связанные с ним.
Наиболее известным было дело В. С. Абакумова. Оно возникло почти чем через год после окончания так называемого «ленинградского дела». 12 июня 1951 года министр государственной безопасности СССР генерал-полковник В. С. Абакумов был арестован, несмотря на то, что был одним из инициаторов этого процесса. Ему было тогда 42 года. Он происходил из рабочей среды, образование имел только в объеме городского училища, которое окончил в Москве. Однако благодаря исключительной энергии, трудолюбию, природной сметке и уму, сумел достичь высших воинских чинов. В 1939 году Абакумов был еще рядовым сотрудником НКВД СССР, оперуполномоченным в секретно-политическом отделе. Затем неожиданно круто выдвинулся, получив должность начальника Ростовского управления НКВД, а вслед за этим — заместителя наркома госбезопасности и начальника управления особых отделов РККА. Во время Великой Отечественной войны Абакумов занимал уже пост заместителя наркома обороны СССР и начальника Главного управления контрразведки, знаменитого «СМЕРШа».
По словам Генерального прокурора Союза Сафонова, указание на арест Абакумова и возбуждение в отношении него уголовного дела по ст. 58-1 п. «б» (измена Родине) он получил непосредственно от властей. Прямо из кабинета Генерального прокурора Абакумов был препровожден в Сокольническую тюрьму, так называемую «Матросскую тишину». Вслед за ним были арестованы и его ближайшие соратники: начальник следственной части по особо важным делам МГБ СССР Леонов, его заместители Лихачев, Комаров и Шварцман, начальник секретариата министерства Чернов и его заместитель Броверман.
Помимо них Сафонов в нарушение всех существующих законов арестовал и жену Абакумова — 30-летнюю Антонину Николаевну, которая вместе с грудным ребенком была помещена в Сретенскую тюрьму. Надо признать, что у Сафонова хватило смелости отказать в санкции на арест бывшей жены министра — Т. Смирновой. В Прокуратуре СССР ограничились лишь ее интенсивными допросами.
Так было создано дело о «враждебной деятельности» ответственных сотрудников МГБ СССР. Характерно, что толчком к возбуждению этого дела послужило письмо одного из сотрудников МГБ, старшего следователя подполковника Рюмина, который донес Сталину о «смазывании» руководством МГБ террористических вылазок врагов против руководителей партии и правительства. Доносчик, как водится, сразу же получил повышение — стал начальником следственной части, а затем и заместителем министра государственной безопасности (им был тогда Игнатьев).
В течение первых месяцев дело Абакумова расследовалось в Прокуратуре СССР. Им непосредственно занимался заместитель Генерального прокурора Мокичев, так как Сафонов после автомобильной аварии попал в больницу.
Рюмин, спровоцировавший возбуждение этого дела, всеми силами стремился к тому, чтобы забрать расследование его из органов прокуратуры. Хотя к следствию был привлечен очень узкий круг ответственных работников Прокуратуры СССР, Рюмин через свои каналы, получал подробную информацию о всех мероприятиях прокуратуры и, соответственно переработав ее, использовал в своих целях. Более того, от арестованного по ложному доносу прокурора отдела по надзору за следствием в органах госбезопасности Прокуратуры СССР Дорона он путем применения незаконных методов и истязаний добивался показаний даже в отношении Генерального прокурора и других руководящих работников органов прокуратуры. Впоследствии Дорон был освобожден.
В конце 1951 года на очередном докладе дела Абакумова у Сталина Рюмин выразил сомнение в том, что прокуратура сумеет «раскрутить» Абакумова. Сталин с его мотивировкой согласился. В феврале 1952 года это дело было передано для расследования в МГБ СССР. Арестованного Абакумова сразу же переместили из «Матросской тишины» в Бутырскую тюрьму, а затем в Лефортово. Одновременно с этим была арестована еще одна группа ответственных работников МГБ; а заодно с ними и несколько ведущих врачей Кремлевской больницы (Рюмин готовил тогда так называемое «дело врачей»).
Для арестованного Абакумова и его «сообщников» наступили самые тяжелые дни. Бывший руководитель Министерства госбезопасности на себе почувствовал, что значит попадать в руки чекистов. Начались бесконечные изощренные пытки и истязания обвиняемых. На Абакумова надели наручники, поместили в тесный карцер (обычную холодильную камеру) без окон, без притока свежего воздуха, где несколько суток держали на хлебе и воде, беспрерывно включали холодильную установку. Описывая эти зверства в письме на имя Берии и Маленкова, Абакумов просил их «избавить его от Рюмина и его друзей» и вновь передать дело в прокуратуру.
Рюмину не удалось полностью насладиться плодами своей победы над бывшим шефом. В конце 1952 года его отстранили от ведения следствия и вскоре вообще уволили из органов МГБ СССР, а сразу же после смерти Сталина, в марте 1953 года, он был арестован.
Однако и Абакумов не был выпущен из тюрьмы. Его дело все еще расследовалось, хотя и не столь интенсивно. Незадолго до судебного разбирательства оно, как когда-то и при Сталине, рассматривалось на Секретариате ЦК КПСС, где фактически предрешался приговор, утверждалась судебная коллегия. А. А. Волин, в то время председатель Верховного суда СССР, рассказывал авторам, что на заседании Секретариата он предлагал направить дело для производства дополнительного расследования, так как в нем многое было неясно. Однако с ним не согласились.
Суд над Абакумовым начался 14 декабря 1954 года в Доме офицеров Ленинградского военного округа (там же, где судили участников так называемого ленинградского дела). Председательствовал на заседании Военной коллегии Верховного суда Зейдин, а обвинение поддерживал Генеральный прокурор Союза ССР Р. А. Руденко. Абакумов виновным себя не признал, сказав, что его дело сфабриковано Берией, Кобуловым и Рюминым. Тем не менее Абакумов и некоторые его соучастники были приговорены к расстрелу. Приговор, как и в сталинские времена, привели в исполнение незамедлительно. Абакумову даже не дали возможности его обжаловать. Главного его изобличителя Рюмина Военная коллегия Верховного суда приговорила к расстрелу еще раньше, в июне 1954 года.
Спустя сорок лет Военная коллегия Верховного суда СССР по протесту заместителя Генерального прокурора СССР пересмотрела дело Абакумова и других и переквалифицировала их действия на статью 193-17 п. «б» УК РСФСР (злоупотребление властью и превышение власти при наличии особо отягчающих обстоятельств).
В сентябре 1955 года Генеральный прокурор поддерживал государственное обвинение еще по одному громкому делу. Суду Военной коллегии были преданы бывшие грузинские «друзья» Берии — Рапава, Рухадзе, Церетели, Савицкий, Кримян, Надария, Хазан и Парамонов. Процесс проходил в Тбилиси. Руденко требовал смертного приговора для семи подсудимых. Суд к этой мере наказания приговорил шестерых, Парамонова и Надария — соответственно к 25 и 10 годам исправительно-трудовых лагерей.
В апреле 1956 года открылось судебное заседание в Баку. Военная коллегия Верховного суда СССР слушала дело по обвинению «соратника» Берии — бывшего первого секретаря ЦК компартии Азербайджана и председателя Совета Министров республики М. Д. Багирова. Вместе с ним на скамье подсудимых оказались еще пятеро руководителей органов внутренних дел Дагестана, Армении и Азербайджана. Расследование проводила Главная военная прокуратура.
