В ноябре 1991 года в знак протеста против введения чрезвычайного положения в Чечено-Ингушетии совместно с Сайд-Али Сатуевым и Лом-Али Чачаевым (последние, по некоторым данным, принимали участие в террористической акции в Буденновске) осуществил угон самолета из аэропорта Минеральные Воды в Турцию, за что получил признание руководства ОКЧН. Басаев заставил летчиков вылететь в Турцию, где террористы сдались местным властям и после переговоров добились переправки в Чечню в обмен на освобождение заложников.
Осенью 1991 года одновременно с Д. Дудаевым выставлял свою кандидатуру на пост президента Чечни. После прихода к власти Дудаев создал диверсионно-разведывательную группу, базировавшуюся в 12-м городке Грозного с целью защиты «свободы и интересов ЧРИ и её президента».
В конце 1991 - начале 1992 года Басаев принимал участие в боях в Карабахе на стороне Азербайджана.
Летом 1992 года Басаев находился в Абхазии, но ничем определенным не занимался. В июле вернулся в Чечню, где его застало начало абхазских боевых действий. Уже через 5 дней с группой вооруженных людей (15-20 человек) Басаев выехал в Абхазию. В Пятигорске его попытались задержать, но он захватил рейсовый автобус, объявил пассажиров заложниками и под их прикрытием выехал в Карачаево-Черкесию, где группа оторвалась от преследователей, освободила заложников и через перевалы вышла в Абхазию. Там Шамиль Басаев первое время командовал лишь своей небольшой группой, затем - интернациональной разведывательно-диверсионной ротой, считавшейся лучшей в абхазских частях. О нем отзывались как о грамотном командире, заботившемся о жизни своих подчиненных.
По неофициальным данным, большой вклад в формирование Басаева как военного специалиста и профессионального диверсанта внесли российские военспецы и советники, работавшие на абхазской стороне. Примечательно, что с представителями спецслужб у Басаева до определенного момента были вполне деловые отношения. В 1997 году в редакцию газеты «Свободная Грузия» поступили материалы, свидетельствующие о причастности Басаева в период его службы в Советской армии к агентурному аппарату КГБ. Это в последующем повлияло на поступление в институт. Впрочем, найти досье не удалось. Судя по всему, оно было уничтожено в начале 90-х годов.
Однако, как свидетельствуют очевидцы, это обстоятельство несколько раз спасало его от смерти. Две группы его кровников, отправившиеся, чтобы ликвидировать Басаева, были уничтожены спецназом ГРУ. Была ли это случайность или что-то иное, установить не удалось.
В 1992 году он входил в состав группы «смертников», занесенных при жизни в поминальные списки в мечетях Чечни (институт так называемых «моджахедов» - борцов за веру, отдавших себя Аллаху в религиозной войне).
К 1993 году Басаев возглавил батальон, в котором за период его нахождения в Абхазии подготовку прошли около 5 тысяч боевиков различных национальностей. Батальон отличался жестокостью действий, был укомплектован уголовниками, дезертирами из СА, гражданскими лицами с экстремистскими наклонностями, в основном из села Гехи Урус-Мартановского района Чечни.
Осенью 1993 года они уничтожили гражданских беженцев из Абхазии в районе Гагры и поселка Леселидзе, расстреляв несколько тысяч безоружных людей; в Сухуми они организовали резню мирного населения неабхазского происхождения.
С 1992 года Басаев являлся командующим гагринским фронтом в Абхазии. В январе 1993 года на совместном заседании президентского совета Абхазии и парламента Конфедерации народов Кавказа он был назначен командующим экспедиционным корпусом в Абхазии. Басаеву было вменено в обязанность «координировать, объединять, направлять в нужное русло и контролировать прибывающий поток чеченцев».
В декабре 1993 года на 5-м съезде Конфедерации народов Кавказа он был утвержден командующим войсками КНК, начальником штаба войск КНК был назначен адыгеец Амин Зехов.
Затем указом Ардзинбы он был утвержден в должности заместителя министра обороны республики.
В Чечню Ш. Басаев с батальоном (380-450 человек), который в Грозном стали называть «абхазским», вернулся в феврале 1994 года и занял обособленное место среди командиров боевых групп. В отличие от Р. Лабазанова и Б. Гантамирова, группировка Басаева не стремилась включаться в дележ сфер экономического влияния и политические или криминальные разборки, хотя ситуацию с грабежами составов в Чечне поставил под контроль именно Басаев.
В период вооруженного противостояния между руководством Дудаева и оппозицией в 1993 году занял выжидательную позицию, выступал посредником на переговорах. Вместе с тем резко осуждал разгон городского собрания в Грозном. В декабре 1993 года поддерживал требования оппозиционеров об отставке Дудаева.
С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: «Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысячи долларов за эту поездку должен» (Независимая газета. 1996. 12 марта.). В интервью газете «Известия» (1996. 25 апр.) Басаев сообщал, что в течение 1992-1994 годов трижды выезжал со своим «абхазским батальоном в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны».
Летом 1994 года Басаев вступил в боевые действия против оппозиции на стороне Дудаева. В июле в Грозном «абхазский батальон» вел боевые действия с группировкой Лабазанова. Формирование Басаева сыграло свою роль во время неудачной попытки штурма Грозного оппозицией. Басаев считался одним из наиболее близких соратников чеченского президента. Личный состав «абхазского батальона» осуществлял охрану Д. Дудаева.
К началу боевых действий с федеральными войсками под командованием Ш. Басаева находилось около 2 тыс. человек. После разгрома в Ведено в батальоне осталось 200-300 человек. 3 июня 1995 года ракетно-бомбовым ударом был уничтожен дом дяди Басаева - Хасмагомеда Басаева, в результате чего погибли 12 родственников Ш. Басаева, в том числе родная сестра Зинаида (1964 г.р.) и семеро детей.
14 июня 1995 года Басаев во главе отряда численностью до 200 человек начал проведение террористической акции в Буденновске Ставропольского края. Это привело к большим жертвам среди мирного населения, были взяты заложники. По мнению многих источников, теракт в Буденновске был местью за гибель близких. Подробности операции Басаев огласил за несколько часов до её начала. Маршрут движения бандгруппы предположительно пролегал через Веденский р-н - Новогрозненский, территорию Дагестана, Ставропольский край.
По рассказам Басаева, для операции в Буденновске он лично отбирал и готовил боевиков: «Моя поездка в Буденновск обошлась где-то в двадцать пять тысяч долларов. Правда, большая часть ушла на покупку КамАЗов и машины «жигули» - пятнадцать тысяч долларов. А по дороге раздали тысяч восемь-девять. Когда мы захватили больницу, то все власти были в растерянности. По телевизору передают, что переговоры идут, деньги предлагают, а на самом деле ничего этого не было. Они два дня в растерянности были, даже боялись кого-нибудь прислать. Только через сутки опомнились, и первый раз к нам чеченец из города пришел. В первый момент я удивился, когда Черномырдин мне позвонил. Но уже по тому, что он меня просил не поддаваться на провокации, не отвечать на них огнем, я понял, что он не мог управлять ситуацией. Премьер-министр, а власти у него было не очень много. Об операции Дудаев не знал. В тот момент у меня не было с ним связи второй месяц. Да даже если бы и была, то я не стал бы его посвящать в такие тонкости. Это мое правило» (Независимая газета).
Группировка Басаева пользовалась наибольшим авторитетом среди НВФ, а сам он все больше становился «сплачивающим фактором личности». После событий в Буденновске Басаев стал национальным героем Чечни, его авторитет в глазах чеченцев значительно вырос.
Возглавляемый им отряд боевиков располагал значительными материальными средствами, включая БМП, установки «Град», ПЗРК «Стрела» и «Стингер».
Летом-осенью 1995 года Басаев неоднократно угрожал правительству России новыми террористическими актами (в том числе с применением радиоактивных веществ) на территории РФ в случае, если не будут прекращены боевые действия и свернуты переговоры.
Лично принимал участие в казнях лиц, сотрудничавших с Москвой. Такой же жестокости требовал и от своих подчиненных.
21 июля 1995 года «за особые заслуги перед Отечеством, проявленные мужество, самоотверженность по отражению российской агрессии» приказом Д. Дудаева ему было присвоено звание бригадного генерала (досрочно).
В начале октября 1995 года отряд Басаева в 300 человек расположился лагерем в лесах недалеко от поселка Чапаево Новолакского района Дагестана. Глава районной администрации попросил боевиков покинуть территорию района. На это Басаев заявил, что это чеченская земля (до депортации 1944 года на территории нынешнего Новолакского района проживали чеченцы) и он останется там, сколько захочет.
В октябре 1995 года Шамиль Басаев взял на себя ответственность за обстрел российской бронегруппы 506-й мотострелковой бригады, в результате которого погибли 18 человек. Но на следующий день Аслан Масхадов опроверг это сообщение. О своей непричастности к этому нападению заявил и Ширвани Басаев, сообщивший, что в момент нападения он находился в расположении 506-й мотострелковой бригады и, наоборот, предлагал её командиру организовать совместный отпор нападавшим.
Является одним из наиболее радикальных сторонников независимости Чечни в руководстве сепаратистов. 19 июля 1995 года в интервью заявил, что если население республики в ходе референдума выскажется за вхождение в состав РФ, он «не смирится и будет бороться и дальше».
В декабре 1995 года был одним из руководителей штурма Грозного.
16 января 1996 года в турецком черноморском порту Трабзон был захвачен теплоход «Аврасия». Захват был осуществлен прочеченской группировкой Мухаммеда Токчана. Басаев подтвердил, что трое из террористов его старые друзья: «Вместе воевали в Абхазии. Не так давно они были у меня в гостях. Вот мы и обсудили план с захватом судна. Не знаю, правда, почему они сдались, не довели дело до конца» (Комсомольская правда в Москве. 1996. 31 янв.).
7 марта 1996 года боевики на сутки захватили большую часть города Грозного. По неуточненным данным, ими руководил Ш. Басаев. Агентство РИА «Новости» опубликовало слухи о том, что 4 марта боевики Басаева прорвали окружение в районе села Бамут и направились в район военного аэропорта «Ханкала» на окраине Грозного «якобы с целью захвата прибывшего туда министра обороны России Павла Грачева».
В 1996 году во время встреч с населением и бесед с боевиками и журналистами Басаев категорично заявлял, что боевых действий не прекратит, будет «вести их до победного конца и не допустит работы на территории Чечни каких-либо пророссийских органов».
В апреле 1996 года Басаев и его боевики усиленно занимались подготовкой базы НВФ в одном из труднодоступных районов юга Чечни, где для этого имеются удобные природные укрытия. По его указанию там создавались запасы боеприпасов и продовольствия.
В середине апреля 1996 года между Басаевым и Гелисхановым возникли определенные противоречия по вопросу раздела сфер влияния в Ножай-Юртовском районе ЧР.
В конце апреля 1996 года, после смерти Дудаева, Шамиль Басаев на совещании полевых командиров был избран командующим боевыми формированиями Чеченской Республики Ичкерия вместо Аслана Масхадова.
Весной-летом 1996 года в российско-чеченских переговорах Ш. Басаев не участвовал. Против его присутствия высказался Президент РФ Борис Ельцин.
В июне 1996 года боевики Басаева прибыли для отдыха и лечения в Абхазию. Прокуратура автономной республики, покинувшая в сентябре 1993 года зону конфликта и с тех пор функционирующая в Тбилиси, выдала санкцию на его арест. Уголовное дело против Басаева было возбуждено в 1994 году. По данным Генеральной прокуратуры Грузии, после падения 2 ноября 1992 года города Гагра Шамиль Басаев и его единомышленники совершили ряд тягчайших преступлений в оккупированных ими районах.
Считался кровным врагом Хаттаба, но к 1998 году их отношения нормализовались.
По имеющимся сведениям, Басаев на протяжении последних лет, кроме участия в военных действиях, занимался контрабандой оружия (из Чечни в Абхазию и обратно), наркотиков, имеет крупные денежные накопления в валюте. Ему и его людям не раз поручались операции по доставке оружия в Чечню из Азербайджана через Дагестан. Басаев немало нажил на мародерстве и грабежах непосредственно в ходе боевых действий. В 1996 году контролировал добычу и переработку нефти в Веденском, Ножай-Юртовском, Курчалойском и Грозненском районах Чечни.
Награжден высшим орденом республики «Комэнси» («Честь нации»).
По другим сведениям, после операции в Буденновске весь личный состав вооруженного формирования Басаева был представлен Д. Дудаевым к званию «Герой Чечни». Трое заместителей Басаева получили орден «Честь нации». А сам Басаев - выговор за невыполнение поставленной боевой задачи: Буденновск не был конечной целью операции.
В ноябре 1996 года Басаев отказался от предложенного ему поста вице-премьера Чечни в коалиционном правительстве республики. Он пожелал остаться на должности командующего центральным фронтом, возглавляя одновременно таможенный комитет.
С сентября 1996 года - председатель таможенного комитета в сформированном З. Яндарбиевым коалиционном правительстве ЧРИ.
