Фердинанд I поверява на Стамболов да състави правителство, което в продължение на почти седем години (с малки промени) управлява България. Това управление затвърди престижа на България, разкри потенциалните възможности на българския творчески гений и сложи здравите основи на съвременната българска държавност, икономика и култура.
Стамболов приема новия княз като истинско спасение за страната. От своя страна Сакскобургготският принц и нововъзкачил се на българския престол княз Фердинанд I, с прозорливия си ум, точен нюх и наблюдателност, веднага преценява качествата на този самобитен и голям български държавник. Разбира много неща, но най-важно от всичко било, че при този бивш хъш той ще премине отлична школа по балканска политика — твърде различна по характер, темперамент и най-вече критерии — от европейската.
Затова отношенията между двамата в началото са изключително дружелюбни. Смешно звучат някои описания в „монографии“ и „мемоари“, които уверяват читателя, че веднага след като видял новия княз, Стамболов изпаднал в сво-его рода депресия. „Затворил се три дни в търновския си дом и пил на провала от мъка.“ А.Х. Биман обаче в спомените си за Стамболов ни предава по съвсем друг начин истинската причина за тридневния „гуляй“, обяснена лично от знаменития български държавник в тесен кръг от съмишленици и приятели: „С никакви думи не можех да изкажа моята радост, когато князът пристигна на българския бряг.“ А след като князът полага клетва, същият представен в „депресия“ от тенденциозни писачи Стамболов добавя: „Аз употребих после клетвата на княза в Търново три дни, за да гуляя с приятели, задето се избавих. Те бяха три от най-честитите дни в живота ми.“ Иди, след тези редове, че вярвай на „мемоари“ от съвременници и на „подбрани факти“ от „обективни“ историци!
Охладняването между княза и Стамболов идва по-късно и има своите мотиви. Сега засега княз Фердинанд се превръща автоматически в главен прицел на руската ненавист, каквато досега е бил Стамболов. Оберпрокурорът на руския Свети Синод, Константин Победоносцев, душеприказчик на императора Александър III, обявява на всеослушание, че Фердинанд не е нищо друго освен опасен „агент на папата“. Властите в Петербург са изпратили телеграма до Михаил Хитров, руския пълномощен министър в Букурещ, покровител и щедър платец на всички заговори срещу княз Александър I и Регентството. Депешата гласи: „Императорското правителство реши да смята принц Кобург за узурпатор, който е извън закона. Затова никое действие, насочено лично срещу Кобурга с оглед изгонването му от България, не може да се смята за наказуемо или подчинено на юрисдикция. Моля Ви да окажете подкрепа на доверени лица, готови за всякакво активно участие в свалянето на принц Кобург в България.“
Ето при тези обстоятелства, съсредоточил върху себе си императорската омраза на Русия и обявен официално от Петербург за „човек, белязан за унищожаване“, княз Фердинанд I се възкачва на българския престол.
Сега вече не само Стамболов, но и Фердинанд I се превръща в прицел номер едно за дейността на специално изпращани атентатори. Първият от тях е Мактич, появил се само три месеца след встъпване на княза на престола. Срещу 6000 златни франка, той е трябвало да убие Фердинанд. Разузнаването на Стамболов обаче го проследява от Одеса през Цариград, Варна до София и го залавя в столицата при напълно разобличаващи го обстоятелства. Следващият диверсант е познатият вече капитан Набоков, залавян веднъж като атентатор срещу Стамболов. Сега е изпратен със значителна група диверсанти, дебаркирали край Бургас, където веднага са обкръжени и обезвредени. Същата участ постига и описания криминален престъпник Христо Иванов, изпратен също от Одеса през Цариград, за да убие Фердинанд на точно определена дата в Пловдив.
Тези вътрешни премеждия са умело парирани от отличната разузнавателна служба на Стамболов. Основни си остават обаче външнополитическите проблеми. Въпреки успешното приключване на държавната криза, Фердинанд I не е признат от никоя европейска сила, в този смисъл от никоя европейска държава. Никой дипломатически представител в София не присъства на приеми и тържества с участието на княза. Дипломатическите ложи в Народното събрание при четене на Тронното слово от княза са празни. Напуснал блестящия живот на аристократична Европа, младият княз се задоволява с полупорутения турски конак в София, без да показва каквото и да било колебание към дълга, който е поел.
Амбициозен, аристократ с размах, познаващ много добре съвременното ниво на европейската култура, изкуство и наука, ползващ се от подкрепата на майка си княгиня Клементина (дъщеря на френския крал Луи Филип), той отдава всички сили за културния подем на българската интелигенция и общественост, за невероятно бързия разцвет на българската икономика. Само седем години след встъпването му на престола, при това изолирана от всички велики сили, България се оказва с най-високи икономически показатели на глава от населението сред всички балкански държави, освободени десетилетия по-рано. Същото се отнася за културата, изкуството, науката, дори архитектурата.
Онези, които приписват съществуващи и несъществуващи недостатъци в характера на Фердинанд I, не могат да отрекат, че невероятно бързото реевропеизиране на България и превръщането на София (доскоро провинциално турско селище) в най-представителната столица на Балканите, са в голяма част дело на културата, вкуса и енергията на Фердинанд I, на верния му критерий за „европейско ниво“, използвал не само поканени от Европа специалисти, но и целия потенциал на младата българска интелигенция. Духовен възпитаник и блестящ ценител на европейската цивилизация от XIX век, решителен, понякога болезнено амбициозен, надарен с вярно око и тънък усет за слабостите и достойнствата на отделната личност (с отлично чувство за хумор, дори и към самия себе си), той си позволява хапливи, но верни забележки към един или друг от своите приближени, министри и съветници, което му спечелва, при много от тях, сервилно прикривана омраза.
Много честолюбив, той идва в новата си родина преди всичко със самочувствието на мисионер на европейската цивилизация, призван да върне един хилядолетен народ, преживял петвековно робство и духовно унищожение, към лоното на своята култура, създавана в продължение на столетия от велики царе и книжовници в европейския Югоизток. Миражите за Византия ще се появяват в политическите му амбиции значително по-късно през царуването му. И трябва да кажем — не без основание.
През целия този начален период от управлението на Фердинанд I Русия не престава да търси възможности за провал на русофобското правителство в София. Всъщност прицелът й е както Фердинанд, така и Стамболов. В това отношение сановниците от Петербург се оказват изобретателни двуличници. Именно руските емисари успяват да пробудят носталгия по „добрия“ княз Александър Батенберг в група офицери, начело с майор Коста Паница, които подготвят съзаклятие за сваляне както на „диктатора“, така и на княза. Заговорът е разкрит, водачът е арестуван на 20 януари 1890 г., съден и разстрелян, въпреки предишното му дълго и вярно приятелство със Стамболов.
Като отмъщение за това убийство, емигрантите организират покушение срещу министър-председателя, но на 15. III. 1891 г. успяват да убият само неговия финансов министър Христо Белчев. Стамболов остава и сега твърд крепител на държавната власт, и след бурен съдебен процес с няколко смъртни присъди, хвърля в затвора дори и бившия министър Петко Каравелов. Руските рубли пълнят щедро джобовете на заговорниците емигранти, но и Стамболов заплаща по заслуга на българската тайна полиция. Благодарение на настръхналата си бдителност, той успява да предотврати немалко покушения и заговори, но заедно с това прекарва през преизподнята на полицейските си участъци внушителен брой невинни хора.
Жертва на непримиримия двубой между имперската политика на Петербург и „твърдия отпор“ на Стамболов на 12. И. 1892 г. става и блестящият български дипломат д-р Георги Вълкович, който успява да разкрие канала за прехвърлянето на руските агенти и резиденти от Одеса през Цариград за България.
Всичко това обаче не е могло да задържи невероятния и за европейците икономически, културен и духовен прогрес на младото княжество. В тези броени тежки години са създадени редица нови държавни институции, селското стопанство показва невероятно бърз напредък, развива се образованието, културата, здравеопазването, строят се стотици километри нови ж.п. линии, развива се с непознати за другите балкански страни темпове българската промишленост, осигурява се протекционизъм за българските индустриални произведения. Дава се възможност за развитие на общественото самоуправление, а оттук и бърз напредък на съвременната урбанизация. София притежава електрически ток само няколко години след въвеждането му в големите европейски столици и преди много други големи европейски градове. Още през 1887 г., въпреки клаузите на Берлинския договор (забраняващ самостоятелно сключване на търговски договори на България с други страни). Народното събрание приема „Закон за сключване на търговски договори с всички държави, които биха пожелали това“. Само две години по-късно Англия, Германия,
