ФБР са отклонявали от курса разследвания, които е можело да предотвратят атаките от 11/9, казвайки, че бюрото е имало доказателства, че Световният търговски център е възможна мишена.
На 9 май 2002 г. Райт, който работи в Чикаго, свиква пресконференция във Вашингтон, за да обвини официално бюрото, че не е разследвало както трябва терористите в Америка, независимо от заповедите на директора на ФБР Робърт Мюлър да си остане у дома и да си мълчи. В същото време той завежда съдебно дело срещу бюрото в Окръжния съд във Вашингтон, обвинявайки ФБР в нарушаване на неговите права по Първата поправка129, като му забранява да говори за прегрешенията на бюрото.
Райт обвинява старшите официални лица от ФБР, че „преднамерено и многократно са задушавали и пречели“130 на усилията да се изкоренят терористите и че са пречели на завеждането на дела, които са можели да осуетят техните операции.
Съдебното дело на Райт е заведено само един ден, след като Конгресът смъмря ФБР, че не е успяло енергично да действа въз основа на препоръката от юли 2001 г. от офиса му във Финикс, че авиационните школи трябва да бъдат проверени за жители на Близкия Изток, които желаят да бъдат обучавани за пилоти.
Експертите по антитероризъм във Финикс са загрижени, след като забелязват, че няколко араби от Близкия Изток търсят информация за фунютионирането на летища, мерките са сигурност там и обучението за пилоти. Един пише докладна записка до Вашингтон131: „Централата на ФБР трябва да обсъди този въпрос с други елементи на американската разузнавателна общност и да я разпита за всякаква информация, която подкрепя подозренията във Финикс.“
Докладната записка е написана от специалния агент Кенет Дж. Уилямс от Финикс и гласи132: „Поддръжниците на Осама бин Ладен и Ал-Мухджиун са посещавали граждански авиационни университети/колежи в Аризона.“
Официалните лица от ФБР просто предават докладната, която всъщност посочва името на бин Ладен, на около дванадесет от офисите му за „анализиране“.
Много по-сериозен въпрос, засягащ ФБР, възниква, когато петима души, включително бивш и настоящ агент, са обвинени през май 2002 г. в използване на конфиденциална правителствена информация, за да манипулират цените на фондовата борса и да изнудват фирми за пари133.
В обвинителните актове, внесени в Бруклин, фондовият съветник от Сан Диего Амр Ибрахим Елгинди е обвинен в подкупване на агента от ФБР Джефри А. Ройър да му даде информация за публично търгувани компании. Ройър, който е работил за ФБР от 1996 до 2000 г., след това напуска бюрото и отива да работи във фирмата на Елгинди —
Според помощник-прокурора Кенет Брийн134 Елгинди се е опитал да продаде акции за 300 хиляди долара на 10 септември 2001 г. и казал на брокера си, че цените на пазара ще паднат. Властите разследват, за да проверят дали Елгинди е имал някакви предварителни сведения за атаките от 11/9.
Говорител на ФБР заявява, че бюрото е „стресирано“ от обвиненията във възпрепятстване на правосъдието, рекет, изнудване и търговия с вътрешна информация.
„Обичам Америка и по същия начин обичам ФБР, особено неговата цел и мисия — казва агент Райт на новинарите, отразявайки мислите на мнозина от персонала на бюрото135. — Същевременно обаче мисията е поставена на сериозен риск до степен, в която ненужно са дадени американски жертви.“ „След като знам това, което знам — добавя Райт, — мога уверено да кажа, че докато отговорността по разследването на тероризма не се изземе от ФБР, аз няма да се чувствам сигурен.“
Бившият агент от ФБР Гари Олдрич описва топръководството на бюрото като „некомпетентни квадратни глави и тъпаци“136. И Олдрич заявява, че са пропуснати множество възможности да се спре атаката.
Олдрич обвинява Бил и Хилъри Клинтън за краха на ФБР, както и на други федерални агенции. Той казва, че крещящото неуважение на семейство Клинтън към процедурите на националната сигурност отслабва правителството и го прави уязвимо и че те демонстрират по-голяма загриженост за политическите си опоненти, отколкото за враговете в чужбина.
Според няколко източника от ФБР, когато на власт пристига Клинтъновата администрация, фокусът в бюрото се измества от антитероризма към разследване на милициите, привържениците на „бялото превъзходство“, групите, настроени срещу абортите, и други „десни“ екстремисти137.
„Когато напуснах [ФБР] през 1998 г., вътрешният тероризъм беше приоритет номер едно — казва пенсионираният агент Айвън К. Смит, бивш шеф на секциите по анализ, бюджет и обучение в Отдела за национална сигурност на ФБР138. — Доколкото знам, на 11 септември той продължаваше да е по-висш приоритет, отколкото чуждия тероризъм.“
След появата на Клинтънови, действията на ФБР са насочени навсякъде другаде, но не и към чуждите терористи. Агенти ветерани казват, че четиридесет кашона доказателства, събрани от бомбения атентат в Световния търговски център през 1993 г., така и не са анализирани, включително почти десет кашона материали от филипинската страна на разследването139.
Липсата на интерес от Клинтъновата ера към чуждия тероризъм не е ограничена до ФБР. Официални лица от Министерството на търговията казват на репортера Пол Спери, че им е било наредено да „санират“ антитерористичен доклад от 2000 г., като отстранят пасажите, споменаващи ислямските заплахи. В доклада са включени само „десните“ групи140.
На 23 март 2004 г. обаче Ричард А. Кларк, бивше величие по антитероризма при Клинтън и Буш, разказва на
Към средата на 2002 г. дори директорът на ФБР Робърт Мюлър е принуден да признае, че бюрото е изпуснало много „червени знамена“, включително докладните от Финикс, както и две докладни записки от офиса в Оклахома Сити141. Там агенти и един пилот на ФБР докладват за „голям брой“ араби, обучаващи се за пилоти в местни летища и предупреждават, че тези занимания може да са свързани с „планирана терористична дейност“.
Разкритията за злоупотреби на ФБР пораждат необичайна двучасова пресконференция в края на май 2002 г., в която отбранително настроеният Мюлър казва на репортерите: „Нямаше конкретно предупреждение за атака в конкретен ден. Това обаче не означава, че не е имало червени знамена, че не е имало точки, които е трябвало да се съединят до степента, която е била възможна.“ Мюлър дори признава, че е сгрешил през есента на 2001 г., когато е отрекъл съществуването на някакви предупреждения за атаката преди 11 септември.
Той очертава плана си за реорганизиране на ФБР, който се състои предимно от разместване на агенти от „Войната срещу дрогата“ във „Войната срещу тероризма“ и създаване на нов Разузнавателен офис, оглавен от аналитик от ЦРУ. Мнозина наблюдатели виждат това като план за сливане на ФБР и ЦРУ в антитерористична сила, чийто единствен резултат ще е да даде по-централизирана власт на Вашингтон. Същият този план — да се комбинира най-лошото от двата свята — по-късно е отразен в предложенията за ново Министерство на вътрешната сигурност.
Един информатор на правителството, самопризнал се мошеник от Флорида на име Ранди Глас, казва, че