Однако еще 1 октября 1234 г. архиепископ Нарбонны заставил верных дать клятву, что они будут доносить на всех еретиков или лично ему, или его подчиненным, как будто он не знал еще о существовании специальных инквизиторов; даже когда последние получили поручение действовать, их власть, ответственность, обязанности и права оставались совершенно неопределенны. В них еще видели епископских помощников в отправлении старой судебной практики против ереси. Многие вопросы, касающиеся мер против еретиков, были разрешены по римским статутам Григория от 1231 г., канонам Тулузкого собора 1229 г. и соборов Безье и Арля 1234 г., предназначенным организовать епископскую инквизицию.
Чтобы определить главные принципы, которыми должна была руководствоваться инквизиция, в 1243 и 1244 гг. созвали в Нарбонне большое собрание епископов провинций Нарбонны, Арля и Э; длинный ряд канонов, принятых по этому случаю, стал уставом инквизиторской деятельности. Эти каноны были адресованы: «Нашим любимым и верным сынам о Господе Иисусе Христе, братьям-проповедникам и инквизиторам». Епископы отказывались от права суда и приведения в исполнение решений. Решения этой эпохи постановлялись от имени инквизиторов; если в них принимал участие епископ или другое важноелицо, их упоминали как членов суда.
Передача инквизиции древней епископской юрисдикции по делам еретиков осложняла отношения между епископами и инквизиторами. В Италии епископская независимость была уничтожена давно, и епископы не могли серьезно помешать присвоению их юрисдикции. В Германии князья и епископы никогда не позволяли инквизиторам из нищенствующих прочно и навсегда основаться в стране. Во Франции, и в особенности в Лангедоке, хотя прелаты и были более независимы, чем в Италии, распространение ереси требовало деятельности и бдительности, превышавших их силы, и они были вынуждены принести в жертву часть своих прерогатив, чтобы избежать более тяжелой обязанности неуклонно исполнять свои функции в преследовании ереси. Во всяком случае, они уступили не без борьбы.
Инквизиторы сначала позволяли себе выносить решения от своего имени, не упоминая епископов. Но почти тотчас же кардинал-легат Альбано указал инквизиторам, чтобы они не осуждали еретиков и не накладывали епитимьи, не согласовав предварительно решения с епископами. В 1246 г. на соборе в Безье епископы уступили штрафы, из которых покрывались издержки инквизиции, и выработали другой ряд подробных указаний для руководства инквизиторов, «охотно уступая смиренным просьбам, с которыми вы к нам обратились». В течение некоторого времени папы продолжали считать епископов ответственными за подавление ереси в их епархиях и истинным источником правосудия. В 1245 г. Иннокентий IV разрешил инквизиторам изменять или смягчать приговоры с согласия епископа. В 1247 г. он говорит об епископах как о настоящих судьях ереси, предписывая им без устали работать над обращением грешников раньше, чем вынести решение, влекущее смерть, пожизненную тюрьму или паломничество за моря; даже в случаях упорствующих еретиков они должны обсудить с инквизитором или с другими сведущими лицами вопрос, требуют ли спасение грешника и интересы веры, чтобы приговор был вынесен или отложен.
Однако уже в 1248 г. Валансьенский собор прямо обязал епископов объявлять и исполнять решения инквизиторов под угрозой, что им будет запрещен вход в их собственные церкви.
Инквизиторы в 1246 г. ждали еще, чтобы епископы оплачивали их расходы, поэтому они пока признавали себя простыми помощниками епископских судов. Кроме того, епископы должны были возводить тюрьмы для заключения обращенных, и хотя эту обязанность принял на себя король, тем не менее собор в Альби в 1254 г. постановил, чтобы эти тюрьмы находились под наблюдением епископов. Тот же собор выработал подробные указания, как поступать с еретиками. Это было последнее проявление епископской власти в этом вопросе. Все последующие постановления исходили уже непосредственно от Святого Престола.
Вопрос об участии епископов в решениях долго вызывал споры. Иннокентий IV вновь принял решение в 1254 г. осуждения на смерть или на пожизненное тюремное заключение постановлять с согласия епископа. В 1255 г. он приказал епископу и инквизитору совместно обсудить все темные места законов против еретиков и установить также легкие наказания в виде лишения должностей и бенефиций. Это признание епископской юрисдикции было отменено в 1257 г. Александром IV, который сделал инквизиторов независимыми, освободив их от обязанности советоваться с епископами даже в тех случаях, когда дело шло о еретиках, упорствующих и уличенных в своем преступлении. Он повторил это решение в 1260 г. Однако в 1262 г. Урбан IV снова подтвердил необходимость совещания с епископами во всех случаях, когда приговор влек смертную казнь или пожизненное заключение; в том же духе высказался в 1265 г. Климент IV. В 1273 г. Григорий X предписал, чтобы инквизиторы, постановляя приговоры, советовались с епископами или их доверенными. Решение Григория относительно согласия епископа и инквизитора во всех случаях тяжелых осуждений впоследствии никогда не отменялось.
В 1288 г. Николай IV предписал все суммы, получаемые от штрафов и конфискаций, передавать людям, избранным с согласия епископа и инквизитора, и поставил, что они могут расходоваться только с разрешения епископа, которому должен представляться подробный отчет о расходах. Это было серьезным ограничением независимости инквизиторов; но Бенедикт XI в 1304 г. запретил епископам требовать отчеты; отныне инквизиторы должны были представлять их только в папскую канцелярию или особым уполномоченным папы.
Если были колебания в упорядочении отношений между церковными судебными властями, то в отношениях инквизиции со светской властью не было неопределенности. Уже в самые первые годы инквизиция оказывала услуги властям, подчиняя ересь светским законам. Поэтому и светские, и церковные власти стремились дать ей прочную организацию, чтобы она могла еще деятельнее помогать раскрытию и наказанию религиозных преступлений. Папство присвоило и подтвердило к своей выгоде суровые эдикты императора Фридриха. Иннокентий IV 15 мая 1252 г. разослал ко всем владетельным лицам Италии буллу «Об истреблении», устанавливавшую систематическое преследование как существенный элемент социального строя каждого государства и каждого города, хотя плохо определенный круг действий епископов, инквизиторов и монахов свидетельствует, насколько области их компетенции были еще слабо разграничены. Исполнительной власти было приказано изгонять еретиков, приравненных к колдунам. Всякий открывший еретика мог завладеть его личностью и его имуществом. Всякий главный магистрат через три дня после вступления в свои служебные обязанности должен был избрать по указанию своего епископа и двух монахов от каждого нищенствующего ордена двенадцать добрых католиков при двух нотариусах и двух или более служащих, обязанность которых заключалась в задержании еретиков, в конфискации их имущества и в выдаче их епископу или его викариям. Их содержание и расходы по их поездкам должны были оплачиваться государством; их свидетельство принималось без присяги; никакое свидетельство не имело силы против единогласного свидетельства троих из них. Они несли свои обязанности в течение шести месяцев; их полномочия могли быть продлены на следующий срок; в любое всякое время они могли быть смещены по просьбе епископа и монахов. Третья часть поступлений от штрафов и конфискаций причиталась им. Они были освобождены от всякой службы, несовместимой с их обязанностями; никакой закон, существующий или могущий выйти, не должен мешать их деятельности. Глава светской власти должен был командировать к ним, по их просьбе, своего заседателя или рыцаря; всякий житель должен был под угрозой крупного штрафа оказывать им содействие по первой просьбе. Когда эти следователи или инквизиторы посещали часть области, подчиненной их юрисдикции, их должен был сопровождать уполномоченный монарха, избранный ими самими или епископом. Прибыв в город или деревню, этот уполномоченный должен был принудить трех людей, пользовавшихся хорошей репутацией, или даже всех жителей под присягой указать всех еретиков, или указать их имущество, или лиц, у которых происходят тайные сборища или которые живут не так, как все верные католики. Государство должно было задерживать всех