Францисканцы старались привести своих инквизиторов к повиновению, давая им полномочие на определенный срок. Доминиканцы не применяли этого способа. Все подобные меры были не в состоянии установить подчинение и дисциплину ввиду постоянного вмешательства Св. Престола. Инквизиторские полномочия давались папой, и их мог отобрать только папа. В 1439 г. Евгений IV, а в 1474 г. Сикст IV подтвердили постановления Климента IV, согласно которым инквизиторы могли быть перемещены генералами и провинциалами своих орденов. В 1479 г. Сикст IV распорядился, чтобы все жалобы, возбуждаемые инквизиторами, направлялись к генералу их ордена, за которым было признано право наказывать и перемещать их.
Следствием этого противоречивого законодательства было то, что инквизиторы являлись ответственными перед своими начальниками как монахи, но не как инквизиторы; в качестве последних они давали отчет только папе и утверждали, что их могут сместить только в случае доказанной неспособности выполнять свою задачу вследствие старости, болезни или невежества. Они полагали, что их викарии и подчиненные были подсудны только им одним; всякая попытка провинциала устранить кого-нибудь из этих подчиненных являясь действием, направленным против инквизиции, могла вызвать подозрение в ереси. Злоупотребления и беспорядки, вызванные подобным положением вещей, вынудили Иоанна XXIII вмешаться и объявить, чтобы инквизиторы во всем были подчинены своим старшим. Но Великий Раскол подорвал авторитет папы. После восстановления единства в Констанце в 1418 г. Мартин V подтвердил распоряжение своего предшественника. Но те, кто был назначен самим папой, не признавали подчинения старшим членам своего ордена. Инквизитор даже мог преследовать своего старшего. Его юрисдикция была на деле почти беспредельна, так как угроза подозрения в ереси тяготела и на великих мира сего, и на малых. В угоду инквизиции было даже отменено право убежища в церквях, и даже сама неприкосновенность нищенствующих орденов не защищала их от ее юрисдикции. В теории короли были также подсудны ей. Епископский сан сохранял еще значительную часть своего прежнего огромного престижа, чтобы оградить от нападений инквизиторов, если последние не представляли особых папских грамот. Если вера епископа казалась подозрительной, то инквизитор был обязан тщательно собрать все доказательства и представить их на рассмотрение Рима.
Епископы ускользали от суда инквизиции, но не от повиновения инквизиторам. В грамоте о назначении, получаемой последними от папы, говорилось, что архиепископы, епископы, аббаты и все остальные прелаты должны следовать их приказаниям во всем, что касалось задачи инквизиции, под страхом отлучения от Церкви, отрешения от должности и интердикта. Несмотря на то, что папа, обращаясь к епископу, называл его «уважаемым братом», а обращаясь к инквизитору, называл его «дорогим сыном», инквизиторы считали себя, как прямых уполномоченных Святого Престола, выше епископов, и если лицо одновременно вызывали епископ и инквизитор, то оно должно было сначала явиться по вызову последнего. Инквизитору должны были повиноваться, как самому папе, и епископ не мог уклониться от этого. Инквизитор был подходящим орудием для приведения епископов в подчинение папе.
Нередко инквизиция служила ступенью на епископскую кафедру.
Инквизиторское служение давало также возможность возвышения и в своем ордене. По каноническим законам, всякий, кто препятствовал инквизитору в его деятельности или подстрекал к этому других, подвергался отлучению от Церкви; по истечении года его уже на законном основании объявляли еретиком, передавали в руки светской власти и сжигали без суда и без надежды на снисхождение. Власть, предоставленная инквизитору, становилась еще более грозной благодаря растяжимости понятия «преступление, выражавшееся в противодействии инквизиции»; это преступление было плохо квалифицировано, но преследовалось оно с неослабной энергией. Если смерть освобождала обвиненных от мести Церкви, то инквизиция не забывала их и гнев ее обрушивался на их детей и внуков.
В начале Великого Раскола инквизиторы должны были приносить подобную феодальной присягу папе, от которого они получали полномочия, а также и его преемникам: очевидное доказательство, что папы смотрели на инквизицию как на орудие для удовлетворения своих честолюбивых замыслов и личных интересов.
Народы Севера были удалены от центра ереси в то время, когда верховное главенство папы укреплялось инквизиторами из нищенствующих орденов. Ни на Британских островах, ни в Дании, ни на Скандинавском полуострове эдикты Фридриха II не получили применения.
Однако в середине XIII в. королевский статут «О сжигании еретиков» впервые установил смертную казнь как нормальное наказание за ересь в Англии. Этот же статут запрещал проповедь всем, кроме тех, кто имел на это официальное право; он запрещал распространение еретических учений и книг; уполномочивал епископов хватать уклонившихся и содержать их в тюрьме, пока они не будут оправданы или не откажутся от своих заблуждений; он предписывал епископам в течение трех месяцев со дня ареста разобрать дело подозреваемых. В случае более легких преступлений епископы могли наложить по своему усмотрению тюрьму и штраф; последний поступал в королевское казначейство. В вопросе об упорной ереси или о возвращении в ересь, что по каноническим законам влекло передачу виновного в руки светской власти, единственными судьями были епископы и их уполномоченные; когда осужденного передавали светскому суду, то шериф графства или мэр и сержанты ближайшего города должны были сжечь его в присутствии народа. Закон 1414 г. установил по всему королевству вид инквизиции полусветской, полудуховной, действие которой особо облегчала английская система великих расследований. При таком законодательстве костры умножились. В 1533 г. Генрих VIII полностью сохранил закон 1414 г. и сожжение на костре для упорствующих еретиков и рецидивистов. В это время всегда опасное вмешательство политики в религию и обратно сделало из костра настоящее орудие террора. Одной из первых мер Эдуарда VI была отмена этого закона. С реакцией, наступившей при Филиппе и Марии, зажглось много костров по стране. Парламент Елизаветы отменил все законодательство Филиппа и Марии; но закон «О сжигании еретиков» сделался частью английского закона, и только в 1677 г. Карл II отменил его и решил, что духовные суды в случаях атеизма, богохульства, ереси, схизмы и других преступлений против религии могли только присуждать к отлучению от Церкви, отрешению от должности, разжалованию и к другим церковным наказаниям, за исключением смертной казни. В Шотландии смертная казнь была отменена позднее, чем в Англии; последнее преследование за ересь на Британских островах произошло в 1687 г., когда в Эдинбурге был повешен молодой студент-медик Экенхид.
В Ирландии воинствующий францисканец епископ Оссори Ричард Ледред вел продолжительную борьбу с мнимыми еретиками. В Ирландии гражданские чины сначала отказались принести присягу, предписанную канонами, что они будут содействовать инквизиторам в их работе; но Ледред заставил их подчиниться и сжег в 1325 г. несколько обвиненных. Но позднее он был сам обвинен в ереси и должен был бежать, и только в 1354 г. он смог вернуться в свою епархию, хотя еще в 1335 г. папа Бенедикт VII сожалел, что в Англии отсутствует инквизиция, и убеждал Эдуарда III поддержать епископа Оссори в его борьбе с еретиками. Даже сам дублинский архиепископ Александр был обвинен как покровитель ереси в 1347 г., так как восстал против насилия Ледреда; его преемник, архиепископ Иоанн, получил в 1351 г. указ принять самые строгие меры к наказанию тех, кто бежал из Оссори и искал убежища в его епархии.
Когда волнения, поднятые гуситами, приняли опасный оборот, чтобы ересь не распространилась на Севере, Мартин V в 1421 г. уполномочил шлезвигского епископа назначить одного францисканского монаха инквизитором Дании, Норвегии и Швеции; но нет следов его деятельности в этих странах; там инквизиция никогда реально не существовала.
Так как дело обращения схизматиков и еретиков в Средние века находилось исключительно в руках доминиканцев и францисканцев, то основанные ими церкви всегда были устроены так, чтобы охранять в
