Княжеството. На такава стъпка биха попречили както международната обстановка, така и пряката намеса на Турция и предявяващите апетити за разширяване за сметка на чужди територии Гърция, Сърбия, а дори и Румъния. Ето защо организацията си поставя за цел да осигури автономия на Македония, предвидена съгласно чл. 23 и чл. 67 от решенията на Берлинския конгрес. Веднъж осъществен този успех, присъединяването към майката родина може да се реализира по познатия вече опит от съединението на Княжеството с Източна Румелия.
Почти едновременно с революционната организация в поробена Македония, революционна организация за освобождение на Македония е създадена и в Княжеството. Това е споменатият вече Върховен македоно-одрински комитет (ВМОК), създаден през 1895 г. в София. Целта на тази организация е да подпомогне освободителната дейност на поробеното население в Македония чрез изпращане на добре обучени и екипирани въоръжени чети по долината на Места, Струма и Вардар. Командири в тези чети са завършили Военното училище български офицери, родом както от Македония, така и от селища в Княжеството. Влияние в тази организация имат намиращите се в Княжеството македонски дейци, но така също правителството и князът.
През продължителен период от дейността си ВМОК сътрудничи с ВМОРО, но около 1901 г. настъпват различия, които прерастват в спорове. Върховният комитет, оглавяван от генерал Ив. Цончев, продължава да изпраща все по-интензивно чети, които не винаги действат съгласувано с комитетите на ВМОРО в поробените територии. През септември 1902 г. четите на Върховния комитет предизвикват въстание в Горноджумайско, Петричко и Малашевско, но ВМОРО, основавайки се на обстоятелството, че не е осъществено предварително съгласуване, не само не подкрепя въстанието, но дори му се противопоставя. Срещу въстаналите райони е изпратена над 15 000 турска войска, която твърде скоро се справя с въстаналите селища.
Идеята за всеобщо въстание обаче зрее все повече сред дейците на ВМОРО. На 24 януари 1903 г. в Солун се провежда конгрес на ВМОРО, на който за съжаление не присъства Гоце Делчев, а Даме Груев е в заточение. Този конгрес решава да бъде обявено всеобщо въстание в Македония и Одринско през лятото на същата година. Поробената територия предварително е разделена на революционни окръзи, в които през м. април трябва да бъдат проведени окръжни конгреси, които да начертаят конкретна програма за въстание във всеки окръг. Предвиждало се е въстанието да се проведе като партизанска война, която да привлече вниманието, съчувствието и намесата на Европа за изпълнение на чл. 23 и 67 от Берлинския договор и даване на автономия на Македония.
Научил за решенията на конгреса, Гоце Делчев, въпреки становището си, че положението за въстание не е още назряло, ги приема и започва подготовка в комитетските организации. На път за конгреса на Серския революционен окръг обаче при сражение с турски аскер той загива на 4 май 1903 г. при с. Баница.
Няколко дни преди това се завръща от заточение Даме Груев и се включва веднага в подготовката на въстанието. Той провежда конгреса на Битолския революционен окръг в родното си село Смилево. Едва тук той научава за гибелта на верния си събрат и съратник Делчев.
Конгрес на 12 май провежда и Одринският революционен окръг в местността „Петрова нива“ в Странджа планина. С оглед на създалата се обстановка се решава въстанието да избухне на Илинден. Създаване на свободни зони се предвижда само в Битолския и Одринския окръзи. В останалите въстанието е трябвало да протече, както казахме вече, под формата на партизанска война.
Все с оглед привличане на вниманието на Европа, в началото на 1903 г., независимо от ВМОРО, в Солун възниква конспиративен център от т.нар. „гемиджии“, български младежи, които организират и провеждат в средата на м. април поредица от крупни атентати, като взривяване на ж.п. линия, на електрическата централа на Солун, разрушаване чрез подземен тунел на най-голямата банка в града — „Ото-манбанк“, хвърляне на бомби в някои увеселителни заведения и подпалване на френския кораб „Гвадалквивир“. Полицията успява да унищожи един след друг почти всички солунски атентатори, но случилото се в града възбужда духовете в Европа. Това обаче не донася големи реални резултати за подобряване положението на поробеното българско население.
Главният щаб на въстанието — Даме Груев, А. Лозанчев, Б. Сарафов — издават няколко дни преди избухването на въстанието възвание до поробеното население, с призив „да вземе оръжие в ръка“ срещу вековния поробител. Задграничното бюро на ВМОРО в София по същото време отправя декларация до дипломатическите мисии в българската столица, в която се посочват основните искания на революционните организации — автономия на Македония и Одринско, назначаване на главен управител, независим от Високата Порта и под международен надзор.
Въстанието избухва наистина на връх Илинден — 20 юли 1903 г. (2 август н.ст.) и обхваща Битолска, Леринска, Костурска, Кичевска, Прилепска и Охридска околии. Овладени са важни съобщителни възли, създадени са укрепени райони, особено в югозападната част на Македония. Освободен е град Крушево, където въстаниците обявяват „Крушевската република“. Особено добре са охранявани планинските проходи и преди всичко проходът, свързващ Лерин с Костур.
Около 20 000 недобре въоръжени въстаници влизат в кървава схватка с около 80 000 войска и башибозук. Боевете се водят ожесточено почти във всички въстанали райони на Битолски окръг. Особено тежки са сраженията при Смилево, Костур, планината Бигла. Загиват над 6000 души, опожарени са около 200 села. Въстаническите действия, макар и откъслечни, продължават близо три месеца и стихват едва с настъпването на късна есен. Прогонени от селищата си, десетки хиляди бежанци търсят спасение и убежище в свободна България.
На празника Преображение — 6 август 1903 г. (19 август н.ст.) пламва и въстанието в Одринския революционен окръг. Център на въстаническите действия е Странджа планина. Още в първите дни са освободени крайбрежните селища Ахтопол и Василико (Царево). Над 2500 души въстаници създават свободна зона в планината и продължават дни наред ожесточени сражения с около 10 500 добре въоръжена армия. Потушаването на въстанието в Одринския окръг предизвиква също значителна вълна от бежанци, търсещи спасение в Княжеството.
Съгласно предварителния план Скопският, Солунският и Серският революционни окръзи не въстават и в тях се развива само интензивна четническа дейност, достигаща на места до тежки и продължителни сражения.
Поражението на Илинденско-Преображенското въстание нанася сериозен удар върху ВМОРО и освободителното движение в Македония. България практически е била лишена от възможност да окаже пряка помощ на въстанието, защото неминуемо е щяла да бъде нападната от всички съседи и преди всичко Турция, на която Княжеството е още васално подчинено.
През 1904 г. българското правителство се опитва да се подсигури с двустранни споразумения за евентуално нов подобен случай, но резултат не се получава. Става ясно, че аспирациите на Сърбия и Гърция към населените предимно с българи Македония и Одринско стават все по-големи.
Независимо от това князът и правителството на генерал Рачо Петров употребяват всички усилия за привличане вниманието и намесата на цивилизована Европа в трагедията, която се разиграва в Македония и Одринско. За съжаление — отново без реални резултати.
Все по-определено се налага идеята за военно освобождаване на поробените български земи. В началото на 1904 г. князът и правителството подготвят широкообхватен и конкретен план за създаване на елитна българска армия. Военният бюджет достига 30% от общия размер.
Безуспешни се оказват и мерките, взети от страна на великите сили за провеждане на т.нар. Мюрщегски решения (при срещата на Франц Йосиф и Николай II на 5. X. 1903 г. Мюрщег), за налагане реформи в районите на въстанието. Русия, изхождайки от свои интереси и перспективни планове, изключва от обсега на тези решения Одринска Тракия. В останалите райони са проведени съвсем палиативни реформи, които почти с нищо не променят тежката участ на поробените.
Мюрщегските решения за реформи са само оправдание за съвестта на Русия и Австро-Унгария пред Европа.
По това време Англия още се надява за включване на България в своята орбита на влияние и затова лорд Лансдоун (няколко месеца по-късно) твърдо настоява за назначаване на християнин губернатор на Македония, а малко по-късно външният министър на Великобритания лорд Еду-ард Грей предлага напълно аргументирано (опасявайки се може би от предстоящо създаване на Балкански съюз под покровителството
