«… делото ЮКОС — не представлява конфликт на държавата с бизнеса, а политически и финансово мотивирано нападение на един бизнес (чиито представители са чиновниците) срещу друг. Държавата в случая е заложник на интересите на конкретни физически лица, макар и те да са натоварени с пълномощия на държавни служители.»
Към 2003 година Ходорковски вероятно е имал вече практически план за освобождение: независим бизнес, опозиция в парламента, ново свободно поколение. Този план наистина може да се разглежда като опит за смяна на обществения строй, като метеж, вследствие на който многобройните пленници се опитват да получат свобода. Изглежда, че президентът именно така е разбрал това и арестът на Ходорковски през октомври не е бил промяна на статута му, а констатация — знай си мястото, ти си пленник и винаги ще бъдеш пленник. Когато през октомври арестуваха Ходорковски, цялата страна, всички хора, ние с вас, които и досега мислим, че Ходорковски е в затвора, а ние сме на свобода, всъщност проумяхме онова, което той проумя през 1998 година — че е бил пленник и преди.
Спомняте ли си анекдота за палача, който толкова изкусно резнал шията на осъдения, че главата останала на мястото си? И осъденият попитал: «Е, и какво?» «Ами завърти си главата», отговорил му палачът. Завъртете си главите и вие. Опитайте се да обедините всички, които са за свободата. Опитайте се да излезете изпод контрола на държавата. Опитайте се да отнемете от чиновниците корупционния им хляб. Опитай те се да възпитате децата свободни, поне своите. Опитайте се да имате за всичко това достатъчно пари и кураж. И веднага ще се разбере кой е пленник у нас.
Няколко пъти и в различни интервюта Леонид Невзлин казва, че от самото начало обединението на ЮКОС със «Сибнефт» било капан за Ходорковски. В полза на тази версия говори фактът, че Абрамович предлага на Ходорковски да обединят «Сибнефт» и ЮКОС две седмици след злощастната презентация за корупцията в Кремъл. Може да се предположи, че президентът лично се е обидил на Ходорковски заради презентацията му за корупцията. Две седмици са били необходими на Абрамович, за да обясни на президента или на някого в администрацията му как елегантно може да се отнеме на Ходорковски цялата му петролна империя. Приблизително по същия начин, използван и от Кенет Дарт: да се обединят «Сибнефт» и ЮКОС, да се получи блокиращият пакет акции в обединената компания, а после върху акциите на ЮКОС да се наложи запор, да се свика събрание на акционерите, на което акциите на ЮКОС нямат право на глас, да се избере нов Съвет на директорите и по такъв начин да се добие контрол върху компанията.
За разлика от Кенет Дарт, който има съюзник в лицето на регионалните власти, Абрамович би се сдобил със съюзник в лицето на федералната власт и в такъв случай ЮКОС не би могъл спешно да освободи намиращите се под запор акции преди свикването на Управителния съвет. По-нататък Ходорковски би могъл да бъде шантажиран, за да продаде акциите си по занижени цени или да емигрира и да получи дивиденти от Абрамович, без да се опитва да проверява дали справедливо се разплащат с него.
Ходорковски не вярва на тази версия на Невзлин. Няколко пъти от затвора той казва и пише, че не смята предложението на Абрамович за обединяването на ЮКОС и «Сибнефт» за преднамерена интрига. Не иска да вярва, че на 26 април 2003 година, одобрявайки сделката ЮКОС-«Сибнефт», президентът хладнокръвно е следил как Ходорковски сам влиза в капана и сам го щраква.
Сигурно скоро няма да разберем какво се е случило в действителност. Знаем само, че едва започнал да се реализира, амбициозният план за реформиране на страната, измислен от Ходорковски (независим бизнес, силна опозиция, свободно поколение), тръгва накриво.
Още през пролетта изявилата желание да се обедини с «Яблоко» партия «Съюз на десните сили» започва война срещу «Яблоко». И в Съюза, и в «Яблоко» разумно разсъждават, че електоратът на тези две партии до голяма степен е еднакъв. Аз например до самите избори се колебаех дали да гласувам за Съюза на десните сили или за «Яблоко» и взех решение едва пред избирателната урна. Оттогава много пъти съм се срещал с Григорий Явлински и с Борис Немцов — Явлински мисли, че съм гласувал за «Яблоко», Немцов мисли, че за неговия съюз. А аз няма да кажа за кого в крайна сметка съм гласувал, защото на изборите през 2003 година не исках да гласувам нито за «Яблоко», нито за Съюза на десните сили, исках да гласувам за тяхната обединена партия, но такава нямаше.
Борейки се за моя глас и за гласа на такива като мен, щабът на Съюза на десните сили беше измислил рекламна кампания «Яблоко» без Явлински“, чийто замисъл беше да обясни на избирателя, че идеологията на лидера на „Яблоко“ Григорий Явлински почти не се различава от идеологията на комунистите. По улиците се появиха плакати с Явлински и лидера на комунистите Генадий Зюганов. Появиха се и плакати с нарисувана ябълка с листенце, на което пишеше „КПРФ“. Тези плакати бяха платени от щаба на Съюза на десните сили. На митингите на „Яблоко“ щабът на Съюза на десните сили изпращаше младежи, студенти, но не под знамето на Съюза, а под червеното знаме на комунистите. Това беше спектакъл, чийто замисъл беше да убеди избирателите на „Яблоко“, че „Яблоко“ и комунистите са заедно.
Сметките им обаче излязоха погрешни. Първо, привържениците на „Яблоко“ не бяха толкова уплашени от възможния съюз на Явлински със Зюганов. Моят баща например цял живот гласува за комунистите и аз за много неща споделям възгледите му и бих гласувал за комунистите, ако те се бяха отказали от сталинската риторика. Второ, привържениците на Съюза на десните сили са доста интелигентни хора. За тях не беше трудно да разгадаят, че „черната“ пиар кампания срещу „Яблоко“ се води от щаба на Съюза на десните сили. Съюзът започна да губи рейтинга си.
„Яблоко“ прие предизвикателството. В отговор на враждебните акции на Съюза на десните сили щабът на „Яблоко“ започна да публикува по вестниците поръчкови статии за „грабителската приватизация“, за която бил виновен Чубайс, за реформата в РАО ЕЕС13, която Чубайс ръководел неправилно. Привържениците на „Яблоко“ са също интелигентни хора. За тях също не беше трудно да разберат кой хвърля кал по Чубайс и на тях не им хареса пропагандната кампания, която партията водеше срещу Съюза на десните сили.
Позволявам си да мисля, че и едните избиратели, и другите биха искали да видят как техните партии се борят за свобода, а виждаха единствено как те се борят за практически съвпадащия електорат, за гласове, за места в Думата. Надделяваше страхливата политика, а липсваше смисълът. По време на онази избирателна кампания аз пишех репортажи в „Комерсант“ за предизборните телевизионни дебати. Веднъж в студиото на „Първи канал“ се срещнаха лидерът на „Яблоко“ Григорий Явлински и лидерът на някаква дребна православна партия, когото запомних с това, че вместо политическа програма той прочете десетте Божи заповеди, а вместо отговори на въпросите пак прочете десетте Божи заповеди. Този човек попита в пряк ефир Явлински как се отнася към абортите и дали не му се струва, че абортите са убийство и значи хората, разрешаващи абортите, погазват заповедта „Не убивай!“. Явлински каза, че е съгласен — абортите наистина са убийство.
След предаването бяхме застанали с Явлински на стълбището, аз пушех и размахвах ръце:
— Григорий Алексеевич, разбирате ли, че преди пет минути се изказахте за забрана на абортите?
— Разбирам — отговори Явлински. — Аз, естествено, съм против забраната на абортите. Разбирам, че, първо, жената има право да се разпорежда с тялото си, а второ, ако аборти те бъдат забранени, смъртните случаи няма да намалеят, а ще се увеличат, защото аборти ще се правят нелегално. Но, Валерий, как да обясня всичко това на избирателите за минутата ефирно време, което ми се предоставя? Това не са теле дебати, а профанация. Дават ни по минута за отговор, вместо да ни дадат възможност редовно да се изказваме по важни за страната проблеми.
— Григорий Алексеевич, това, естествено, не са теле дебати, а профанация, но сега вие ми обяснихте всичко, което мислите за абортите, само за четвърт минута. И на мен ми останаха още четирийсет и пет секунди, за да ви кажа, че за нищо на света няма да гласувам за партия, която иска забрана на абортите, макар жена ми да не е направила нито един аборт през живота си и за мен би било трагедия, ако това й се беше наложило.
Не мисля, че Явлински чак толкова е държал на моя глас, но струва ми се, че успях да го убедя. При една следваща дискусия той намери повод и се изказа срещу забраната на абортите със същите аргументи, които сподели с мен тогава на стълбището.
Мисля, че ние, избирателите, очаквахме от лидерите на Съюза на десните сили и „Яблоко“ смелост, а те си мислеха, че очакваме лоялност. В статията си „Кризата на либерализма в Русия“ Ходорковски пише:
