Гръцкото въстание предизвиква незабавна реакция от страна на Портата. Първото, което предприемат османските власти, са масовите погроми над гръцкото население: още през лятото на 1821 г. са избити хиляди гърци от Цариград и други градове, в това число и видни фанариоти, между които цариградският патриарх и одринският владика. Впоследствие, със затягането на борбите и разрастването на въстаническото движение, турските зверства и погроми стават най-често прилаганото средство за потушаване на въстанието. В резултат на това гръцкото население изживява големи трудности и дава огромни жертви за своята свобода и независимост: избиване на по-голямата част от населението на о. Хиос, унищожаване на Месолонгион и жителите му, опустошаване на Пелопонес, повсеместни погроми и жестокости навсякъде, където минават или се установяват султански войски. Всичко това изкопава дълбока пропаст в гръцко-турските отношения, придава ожесточеност на борбата, прави невъзможно по- нататъшното оставане на Гърция под османска власт.
Ако се обърнем към хода на военните действия в Гърция след избухването на въстанието, ще видим, че те се развиват с променлив резултат. Ако през 1821 г., когато въстаническото движение е в подем, турците търпят редица поражения, то през 1822 г. положението се променя в полза на Портата. Янинският отцепник Али паша е разбит и принуден да капитулира, което дава възможност на Портата да мобилизира повече сили за потушаване на гръцкото въстание. Всъщност през пролетта и лятото на 1822 г. три султански армии предприемат общо настъпление към Пелопонес. Настъпват османските войски и в Югозападна Гърция срещу полунезависимите сулиоти в планинските райони, в Етолия и Акарнания, към гр. Месолонгион. Над Гърция и нейното правителство, установило се в гр. Аргос, надвисва смъртна опасност. Появяват се признаците на паника, правителството на Негрис се евакуира на корабите.
Въпреки всичко въстаническите сили устояват на османския натиск. За това твърде много допринасят Тодор Колокотронис и Димитър Ипсиланти. Те не следват примера на правителството, не се установяват на корабите, а се заемат с организиране на съпротивата. С част от бойците Ипсиланти се затваря в Аргос, решен да брани крепостта, Колокотронис събира други войски, с които непрекъснато напада армията на Махмуд паша Драмали, започнала обсада на града. При това гърците опустошават отстъпваната под силата на османското оръжие своя земя, поради което турските войски остават без продоволствие и гладуват. През август 1822 г. османците снемат обсадата на Аргос, оттеглят се към Коринт, но са нападнати от отрядите на Колокотронис (около 9 хиляди души) и търпят големи загуби. Армията на Махмуд паша Драмали се разпада.
Неуспех търпят османците и при Месолонгион. Гръцката отбрана тук се ръководи от Ал. Маврокордато, Марко Боцарис и Петро Мавромихалис. Предприетата в началото на 1823 г. атака срещу града завършва с пълен провал. Турските части, подложени на непрекъснати нападения от страна на гръцките чети и оставени без продоволствие, загубват способност за сериозни действия, поради което отстъплението им от Месолонгион се превръща в истинско бягство, разложение, дезертьорство, разпадане. В резултат на това Гърция получава временен отдих.
През лятото на 1823 г. Портата предприема нови решителни действия за потушаване на гръцкото въстание: османският и алжирският флот дебаркират на остров Евбея с 10 000 души; към Гърция се устремяват нови османски армии — едната, предназначена за нахлуване в Пелопонес, другата — за поход към Западна Гърция и Епир, третата — за превземане на крепостта Месолонгион. Но и този път гръцката революция отстоява независимостта на страната. Срещнали упоритата съпротива на гръцките отряди, султанските войски, определени за нахлуване в Пелопонес, се прехвърлят на о. Евбея. Армията, определена за нахлуване в Западна Гърция и Епир, пък се бунтува поради неполучаване на заплатите. Само частите, определени за действия срещу Месолонгион, се придвижват напред, но търпят много загуби в сражения с гръцките отряди. След двумесечна обсада на града османската армия е принудена да се оттегли към Шкодра. От есента на 1823 г. отново настъпва затишие по фронтовете в Гърция.
Най-опасен и труден период от развитието на борбата на гръцкия народ за свобода и независимост се явява експедицията на Ибрахим паша в Гърция. Разбрал, че не може със собствени сили да сломи гръцкото въстание, султан Махмуд II се обръща за помощ към своя египетски васал, като обещава да му предаде о. Крит. Постига се договореност египетският флот да подпомогне османския и алжирския в борбата срещу Крит и гръцките острови, а синът на египетския валия Ибрахим паша със сухопътни войски да усмири Гърция. През юни 1824 г. обединеният флот превзема о. Псара. През пролетта на 1825 г. османски войски навлизат в Континентална Гърция, а Ибрахим паша започва овладяването на Пелопонес, превзема Наварин, Триполица и се насочва към Месолонгион. След неколкомесечна обсада при непрекъснати сражения и бомбардировки на 23 април 1826 г. крепостта пада. По-голяма част от Континентална Гърция също е покорена, обезкръвена и опустошена. Към лятото на 1826 г. въстанието се оказва едва ли не потушено.
В този момент изгрява звездата на талантливия клефтски войвода Георги Караискакис. С отряд от около 600 души той навлиза в Атика и отново започва освобождението на Гърция. Неговото име е всеизвестно, към него се стичат нови доброволци, армията му бързо расте. Тази именно лошо въоръжена, гладна и зле облечена „войска“ разбива редица османски гарнизони и прогонва османците от планинските селища. До началото на 1827 г. отново значителна част от Континентална Гърция е освободена. Продължава борбата за отстояване на гръцката независимост и в Пелопонес, където гръцките въстанически отряди организира и ръководи популярният вече народен войвода Колокотронис. Османските сили обаче още имат превъзходство и държат под свой контрол редица позиции и в Континентална Гърция, и в Пелопонес.
Изостряне на противоречията в гръцкото общество
Въпреки тежките изпитания, които преживява Гърция по време на въстанието, противоречията в гръцкото общество не се притъпяват и не изчезват, а напротив, задълбочават се. Особено остро се проявяват те в промеждутъците на затишие по фронтовете, в моментите, когато външната опасност изглежда отминала. Съгласно Епидавърската конституция от края на 1821 г. държавните органи на въстаническа Гърция имат едногодишен мандат. Налага се свикване на второ Национално събрание, което да „доучреди“ появяващата се нова държава. Това става в края на 1822 г. и началото на 1823 г. Второто Национално събрание на Гърция предоставя най-важните позиции в управлението на страната на умерено- консервативното течение — Ал. Маврокордато е избран за „архиканцлер“ и председател на законодателния съвет. Местните органи на самоуправление са премахнати и заменени с назначени управители на епархии (окръзи), подчинени на централната власт; Т. Колокотронис се назначава за главнокомандващ на въстаническите войски в Пелопонес, а Марко Боцарис — на тези в Етолия и Акарнания. Всъщност цялата власт се съсредоточава в ръцете на едрата буржоазия и земевладелците, а на представителите на демократичната линия се оставя само борбата срещу външната опасност и османското господство.
Изборът на Маврокордато за председател на съвета предизвиква остра реакция от страна на Колокотронис. Изпълнителният съвет също се изказва против съсредоточаването на всички власти в ръцете на водача на умерено консервативното течение. Тогава Маврокордато се оттегля на о. Идра и с военна сила разгонва противопоставилия му се изпълнителен съвет. През есента на 1823 г. всъщност в Гърция възникват две правителства — на едрата буржоазия начело с Маврокордато с резиденция в Триполица и на буржоазно-демократичните сили и народа начело с Колокотронис с резиденция в Кранидион.
Противоречия избухват и относно земята. Едрата буржоазия държи земите на турските чифликчии да бъдат разпродавани на селяните. Последните пък, разорени от постоянните войни, не могат да плащат исканите суми за данъци, а камо ли за закупуване на обработваната от тях дотогава земя. На редица места селските маси пристъпват към разпределяне на изоставените чифлишки земи. Колокотронис и другите народни войводи се обявяват в подкрепа на селяните, но правителството с военна сила усмирява броженията. Нещо повече, в края на 1824 и началото на 1825 г. Колокотронис и други популярни въстанически водачи са арестувани и дадени под съд, страната се оказва разцепена на враждуващи лагери, пред гражданска война. Срещу правителството се надига негодувание. И под натиска на масите, както и предвид нарастването на външната опасност поради експедицията на Ибрахим паша в Гърция, в началото на юли 1825 г. е публикуван декрет за обща амнистия. Излезлият на свобода Колокотронис поема върховното командване на гръцките войски в Пелопонес. Вътрешните борби временно стихват, силите на страната се насочват за преодоляване на отново надвисналата смъртна опасност.
